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标题: 如何定义胺分子umbrella motion的扫描坐标 [打印本页]

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Author: Dwppppp 时间: 2018-5-16 23:41
标题: 如何定义胺分子umbrella motion的扫描坐标
本帖最后由 Dwppppp 于 2018-5-16 23:45 编辑

大家好，我有一个关于柔性扫描胺分子umbrella motion如何定义坐标的问题。
我们知道三级胺分子离子态是平面结构，基态是三角锥，所以当被激发到激发态时会从三角锥转换为平面模式然后剩下的能量会导致氮原子和周围的三个碳沿着这个震动方向继续来回做震动，我想计算一下震动到不同位置的能量并且获得各个震动角度时最稳定的离子态结构。但我一直弄不明白怎么定义这个扫描的坐标。如图所示，我要研究该分子1，2，6，7四个原子的umbrella motion，我应该扫描什么呢？

作者
Author: agent99 时间: 2018-5-17 02:10
1-2-6-7的二面角？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-17 09:33
先尝试扫1-2-6-7二面角，如果发现达不到目的到时候再说。测试的时候可以先用半经验方法快速过一下

作者
Author: Dwppppp 时间: 2018-5-19 01:19
谢谢楼上两位的回答！确实是这个二面角没错，我之前好像扫错了顺序导致扫出奇怪的结构了。

我现在还有一个问题。这个二面角的初始角度是 -7.68 度，我往 -2.5 度每步扫没有问题，但是往+2.5度扫 2个结构之后就报错停了，改成1.5度还是两个结构后就报错。是因为接近0了所以报错了吗？怎么能让我完成对于往另一个方向(+)的扫描呢？
报错信息是： >>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB3LYP) = -287.393093532 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.3952D-02 -V/T = 1.9967

我大概知道这是因为结构不稳定所以SCF不收敛，但是0度附近应该是稳定的结构啊，还是说二面角从负扫到正中间需要做什么操作才能跳过去。谢谢大家帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-19 22:35
直接提取出现SCF不收敛对应的结构，看到底是怎么结构不合理

作者
Author: Dwppppp 时间: 2018-5-21 05:39
我看了结构并没有什么不合理，能量也还好，我尝试用了scf=xqc和scf=qc，成功的算出了往后的10个结构，但还是报错了。现在从正常离子态的-7.8°扫到了+10° （二面角1267），停止的结构如图，实在不知道看着挺正常的结构为什么总报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-23 18:38

Dwppppp 发表于 2018-5-21 05:39
我看了结构并没有什么不合理，能量也还好，我尝试用了scf=xqc和scf=qc，成功的算出了往后的10个结构，但 ...

别太依赖scf=qc，又慢能解决问题几率又不高
尝试其它做法
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

这种结构SCF不会有多难收敛

作者
Author: Dwppppp 时间: 2018-5-23 23:23
谢谢sob君，已经解决了收敛的问题。但是这次报错的是
Iteration 85 RMS(Cart)=  0.00000409 RMS(Int)=  0.02033888
Iteration 86 RMS(Cart)=  0.00000381 RMS(Int)=  0.02034269
Iteration 87 RMS(Cart)=  0.00000355 RMS(Int)=  0.02034624
Iteration 88 RMS(Cart)=  0.00000331 RMS(Int)=  0.02034955
Iteration 89 RMS(Cart)=  0.00000309 RMS(Int)=  0.02035263
Iteration 90 RMS(Cart)=  0.00000288 RMS(Int)=  0.02035551
Iteration 91 RMS(Cart)=  0.00000268 RMS(Int)=  0.02035819
Iteration 92 RMS(Cart)=  0.00000250 RMS(Int)=  0.02036068
Iteration 93 RMS(Cart)=  0.00000233 RMS(Int)=  0.02036301
Iteration 94 RMS(Cart)=  0.00000217 RMS(Int)=  0.02036518
Iteration 95 RMS(Cart)=  0.00000203 RMS(Int)=  0.02036721
Iteration 96 RMS(Cart)=  0.00000189 RMS(Int)=  0.02036909
Iteration 97 RMS(Cart)=  0.00000176 RMS(Int)=  0.02037085
Iteration 98 RMS(Cart)=  0.00000164 RMS(Int)=  0.02037249
Iteration 99 RMS(Cart)=  0.00000153 RMS(Int)=  0.02037402
Iteration100 RMS(Cart)=  0.00000143 RMS(Int)=  0.02037544
New curvilinear step not converged.
这个计算力场的迭代好像差一点点就可以了，有没有方法能增加最大步数呢。或者我还有什么问题导致这一步出现迭代不收敛的情况。

抱歉我太笨了这么多蠢问题 QAQ

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-23 23:29

Dwppppp 发表于 2018-5-23 23:23
谢谢sob君，已经解决了收敛的问题。但是这次报错的是
Iteration 85 RMS(Cart)= 0.00000409 RMS(Int)= 0. ...

据我所知没有可以控制这个的关键词，或许某不知名IOp能实现

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