计算化学公社

标题: 180多个原子体系的弱相互作用计算问题 [打印本页]

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-5-19 21:27
标题: 180多个原子体系的弱相互作用计算问题
计算两个大的有机分子在水中的弱相互作用，两个分子总共180多个原子，打算先用molclus+MOPAC或者XTB搜索能量低的构象，后再用molclus+Gaussian去再优化能量比较低的前一步得到的构象，但是对于这样的大体系，请问优化的最低用的方法和基组？M062X 6-31+G* 应该是优化不动额，可不可以优化的时候不加弥散？或者直接用半经验优化完的，直接去算加弥散的单点？

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-5-19 21:29
M062X/6-31G*即可

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-19 22:21
Gaussian里用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化。提升到3-zeta比用弥散便宜，用B3LYP-D3(BJ)也比M06-2X明显更便宜，还相对不容易出现虚频

半经验优化也可以接受

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-5-19 23:02

sobereva 发表于 2018-5-19 22:21
Gaussian里用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化。提升到3-zeta比用弥散便宜，用B3LYP-D3(BJ)也比M06-2X明显更便宜， ...

180个原子，是不是有点儿吃力？

作者
Author: niobium 时间: 2018-5-19 23:13

我本是个娃娃发表于 2018-5-19 23:02
180个原子，是不是有点儿吃力？

看机器配置和你怎么定义吃力了。哈哈。两天算吃力吗？

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-5-19 23:25
为什么要用高斯呢，用orca/nwchem不好么。。。

作者
Author: 望月凝香 时间: 2018-5-20 01:30

我本是个娃娃发表于 2018-5-19 23:02
180个原子，是不是有点儿吃力？

这个级别下400多个原子的共轭高聚物片段的激发态优化我都跑过，能跑动。
建议在自己的机器上跑，提交服务器很可能排不上队。

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-5-20 10:36
谢谢各位老师

作者
Author: Smes 时间: 2019-11-28 22:01

sobereva 发表于 2018-5-19 22:21
Gaussian里用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化。提升到3-zeta比用弥散便宜，用B3LYP-D3(BJ)也比M06-2X明显更便宜， ...

老师好，我看了几个关于计算弱相互作用能的，如果是这个帖子的例子，要计算弱相互作用能是不是：
对优化后的复合物进行BSSE计算，得到校正后的复合物单点能，然后从该符合复合物中拖出两个单体，分别计算单点，然后算复合物与两个单体之后的差值即最后能弱相互作用能。
还有个问题就是计算复合能量的时候加弥散，那两个单体是不是也要加呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 09:07

Smes 发表于 2019-11-28 22:01
老师好，我看了几个关于计算弱相互作用能的，如果是这个帖子的例子，要计算弱相互作用能是不是：
对优化 ...

对优化后的结构做counterpoise任务，直接就会给出考虑了BSSE的相互作用能，此文写了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

显然复合物和单体用的级别必须是严格一致的

作者
Author: Smes 时间: 2019-11-29 11:32

sobereva 发表于 2019-11-29 09:07
对优化后的结构做counterpoise任务，直接就会给出考虑了BSSE的相互作用能，此文写了
谈谈BSSE校正与Gaus ...

十分感谢老师

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