计算化学公社

标题: vmd制作ELF等值面图发现只是分子的平移 [打印本页]

作者
Author: 一直在路上 时间: 2018-5-25 11:47
标题: vmd制作ELF等值面图发现只是分子的平移
按照http://sobereva.com/200这个教程用VMD制作ELF等值面图，却发现只是把分子进行了类似平移的操作，而不是成键处电子密度大有相应的大的云图，不知道是怎么回事？ (, 下载次数 Times of downloads: 62)
绿色是制作ELF后的等值面，isoval=1.0

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-25 11:55
记得始终带着nosymm关键词，免得Gaussian自动对体系平移旋转导致不对应

直接对电子密度绘制这样较大isovalue的等值面图基本毫无意义，这里有常识介绍
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239

如果非要用电子密度讨论成键，必须用价层电子密度，看
http://bbs.keinsci.com/thread-6869-1-1.html

电子密度分布和ELF完全是八竿子打不着的两码事。ELF的知识看http://bbs.keinsci.com/thread-2100-1-1.html

作者
Author: 一直在路上 时间: 2018-5-25 15:05

sobereva 发表于 2018-5-25 11:55
记得始终带着nosymm关键词，免得Gaussian自动对体系平移旋转导致不对应

直接对电子密度绘制这样较大isov ...

也不是电子密度，就是用ELF描述一个化学反应过程，如图：
(, 下载次数 Times of downloads: 48)
我就想做这么一个图，描述化学反应过程。但是做出来确是那个样子，IRC开始和后面的点做的等值面图看起来还正常，过渡态的点就出现这种情况了。
(, 下载次数 Times of downloads: 53) (, 下载次数 Times of downloads: 47)
左边是TS往前20点的图，右边是过渡态的图。就是通过我做的图，就不能像上述cope反应一样能清晰的看到成键过程

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-25 18:02

一直在路上发表于 2018-5-25 15:05
也不是电子密度，就是用ELF描述一个化学反应过程，如图：

我就想做这么一个图，描述化学反应过程。但 ...

肯定是什么步骤搞错了
如果你是用脚本自动做的图，仔细检查脚本
如果是手动操作作的图，估计载入错了结构之类
反正肯定是VMD的使用步骤问题，远程不好说清楚

作者
Author: 一直在路上 时间: 2018-5-25 20:31

sobereva 发表于 2018-5-25 18:02
肯定是什么步骤搞错了
如果你是用脚本自动做的图，仔细检查脚本
如果是手动操作作的图，估计载入错了 ...

将VMD重启之后就正常了，谢谢老师

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