计算化学公社

标题: 关于gromacs求PMF的问题 [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-5-25 15:22
标题: 关于gromacs求PMF的问题
   请问sob老师和各位朋友，我在计算平均力势pmf，我使用umbrella方式pull之后，得到构型，在跑平衡时设置pull_coord1_rate＝0。
   初始构型，两个分子质心距离为0.2nm，但是平衡过程立刻结合，质心距离为0。（附上图）

   我的理解是在伞形采样模拟这部分，这个过程有两次npt平衡，mdp文件没区别（第一个是预平衡，第二次就是采集数据），这个过程需要限制在构型空间中定义好的窗口，即分子不能发生很大的平动（结合）。
   根据经验，我试着在第一次预平衡过程，freeze两个分子，但是在第二次平衡的时候仍然发生结合。所以在10ns的平衡过程，如果都限制两个分子的位置（或者冻住），这应该会影响到计算平均力势的数据。
   请问，有什么好的解决方式，或者分享相关的文献也好。

在此谢谢各位了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-5-25 15:54
不太清楚gromacs下的具体设置，但感觉是力常数设小了

US本质就是约束下的平衡模拟，约束力需要足够大，使得体系能沿着反应坐标充分采样，同时又要足够小，使得在一个窗口内的自由能差小于kT

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-5-25 16:33

fhh2626 发表于 2018-5-25 15:54
不太清楚gromacs下的具体设置，但感觉是力常数设小了

US本质就是约束下的平衡模拟，约束力需要足够大， ...

很感谢您的回复。40000kJ mol^-1 nm^-2挺大的了，我也设置了100000的力常数，也发生了结合。
我的理解是，每个初始构型进行伞形模拟时，都应该是“平衡”构型（也就是说，如果他要发生结合，即发生移动，会产生很大的力f=k*x），这个过程会收集到很多force（且f≠0），但是，我跑的10ns的所有构型的force都在0~-500kj/mol/nm上波动。

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-5-25 17:54

虔诚的人发表于 2018-5-25 16:33
很感谢您的回复。40000kJ mol^-1 nm^-2挺大的了，我也设置了100000的力常数，也发生了结合。
我的理解是 ...

100 kcal/mol/A是正常体系模拟的时候用的值，在你这个超大pipi堆叠中可能偏小，你加个0试试

US模拟理论上和初始结构无关，当然你初始结构太离谱的话会造成正交空间的采样问题，不过你这个体系不会存在这个问题

10 kcal/mol/A的力不小了，力常数可能还不够大

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-5-25 18:03

fhh2626 发表于 2018-5-25 17:54
100 kcal/mol/A是正常体系模拟的时候用的值，在你这个超大pipi堆叠中可能偏小，你加个0试试

US模拟理 ...

感谢你的回复，你再去算一下吧，谢谢

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-5-28 16:00
已经解决！

作者
Author: s345538842 时间: 2018-9-28 21:45
请问怎么解决的

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-10-15 11:26

s345538842 发表于 2018-9-28 21:45
请问怎么解决的

忘了，应该是我mdp代码有问题。

作者
Author: tianyongpan 时间: 2019-7-5 17:06

虔诚的人发表于 2018-10-15 11:26
忘了，应该是我mdp代码有问题。

可否上传一下你的pull代码，谢谢

作者
Author: daydayup 时间: 2019-10-24 17:03
本帖最后由 daydayup 于 2019-10-25 19:59 编辑

请问对于连续牵引模拟中保存的构型，后面构型的质心距离是差不多相同的吗？

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