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标题: 过渡态虚频振动与固定优化后振动不同 [打印本页]

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-27 13:57
标题: 过渡态虚频振动与固定优化后振动不同
如图所示，体系是羟基自由基夺苯甲醇苄基上的H，首先固定优化后做频率分析，只有一个虚频，且振动是H在C和O之间振动，然后读这个结构的chk文件优化过渡态，出来的结果振动完全变了，是只有一个虚频，但虚频的振动方式不对，以前很少遇到过这种情况，都是拿固定优化后能量最高点那个结构做振动分析，就会只有一个虚频，而且是在断键与成键之间振动,然后读这个结构的chk做过渡态优化，结果与之前的振动方式是一致的，为什么现在会不一样？请高手指正~

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-27 14:58
应该是你初猜的位置没那么理想，收敛到了其它的过渡态。固定优化本身并不是普适的、非常可靠的帮助找过渡态初猜的方法。
调整初猜再试吧。

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-27 16:40

sobereva 发表于 2015-4-27 14:58
应该是你初猜的位置没那么理想，收敛到了其它的过渡态。固定优化本身并不是普适的、非常可靠的帮助找过渡态 ...

固定优化的时候会出现Error in internal coordinate system.已经用了opt=modredundant,不能用cartesian和z-matrixl了,那这个错误应该怎么解决？@sobereva

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-27 17:15
试图手动修改一下冗余内坐标，特别是消除那些优化过程中会成为直线的键角和二面角，这会引起内坐标错误。

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-28 08:42

sobereva 发表于 2015-4-27 17:15
试图手动修改一下冗余内坐标，特别是消除那些优化过程中会成为直线的键角和二面角，这会引起内坐标错误。

知道了，谢谢~

作者
Author: Shannon 时间: 2015-4-28 12:31
分享下个人经验，和这个几乎完全一样的过渡态我找过，可能和楼主是同行，用PM3方法（PM6很多时候找不到过渡态，但pm3 基本上 HF能找到的过渡态都能找到）找到之后再用高等级点的方法 opt= (Ts,calcfc)直接就能出，几乎不会粗错。

初猜看起来已经非常接近这个反应的过渡态了，是用什么方法找的过渡态，有的GGA 类的 DFT方法可能找不到过度态的。

如果出现和内坐标有关的错误的话，改下冗余内坐标。或者接着粗错的地方，让高斯继续算有时也行。

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-29 08:48

Shannon 发表于 2015-4-28 12:31
分享下个人经验，和这个几乎完全一样的过渡态我找过，可能和楼主是同行，用PM3方法（PM6很多时候找不到 ...

我现在遇到的问题是，固定优化完只有一个虚频，振动方式也没问题，拿这个结构去过渡态优化，发现结构就变了，那个H又跑着和C成键了，好几次都这样，我都快崩溃了

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-29 17:19

lei234 发表于 2015-4-29 08:48
我现在遇到的问题是，固定优化完只有一个虚频，振动方式也没问题，拿这个结构去过渡态优化，发现结构就变 ...

体系不大，先用calcall试试。
而且绝对不要太依赖于固定优化，尝试其它初猜。

作者
Author: cedar-liu 时间: 2023-3-15 15:22

lei234 发表于 2015-4-29 08:48
我现在遇到的问题是，固定优化完只有一个虚频，振动方式也没问题，拿这个结构去过渡态优化，发现结构就变 ...

请问找到问题原因了吗我遇到了同样的问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-15 15:51

cedar-liu 发表于 2023-3-15 08:22
请问找到问题原因了吗我遇到了同样的问题

你楼上已经给了解决办法了

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