计算化学公社

标题: 频率计算结果全是NaN [打印本页]

作者
Author: agent99 时间: 2018-5-30 02:52
标题: 频率计算结果全是NaN
几何优化正常收敛，然后用优化好的结构在完全一致的泛函/基组/积分格点下算频率，结果算出来全是NaN：

                  1                   2                   3
                  A                   A                   A
Frequencies --       NaN                   NaN                   NaN
Red. masses --       NaN                   NaN                   NaN
Frc consts  --       NaN                   NaN                   NaN
IR Inten --       NaN                   NaN                   NaN
  Atom  AN    X    Y    Z       X    Y    Z       X    Y    Z
53 1    NaN NaN NaN    NaN NaN NaN    NaN NaN NaN
54 1    NaN NaN NaN    NaN NaN NaN    NaN NaN NaN
55 1    NaN NaN NaN    NaN NaN NaN    NaN NaN NaN
56 1    NaN NaN NaN    NaN NaN NaN    NaN NaN NaN

...

原子序号不是从1开始，因为部分原子是冻结的，之前的几何优化里也用了完全一致的冻结。我又仔细检查了一下，没有发现很不合理的冻结（比如几个冻结原子中间夹着一个非冻结原子这样）。
输出文件结尾的错误信息如下：

Maximum of*** iterations exceeded in RedStp.
Error termination via Lnk1e in /software/Gaussian/g09/l103.exe at Tue May 29 12:59:39 2018.

以前从来没有遇到类似情况，请问如何解决？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-30 04:21
如果把冻结设定去掉再做freq结果还是NaN否？
什么版本？

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-5-30 07:50
咨询一下，把原子冻结是在前面加上-1吗？冻结之后，冻结的原子的频率就会显示全部是0吗？谢谢指点

作者
Author: agent99 时间: 2018-5-30 08:15

sobereva 发表于 2018-5-29 14:21
如果把冻结设定去掉再做freq结果还是NaN否？
什么版本？

正在算没有冻结的，大概一两天后能看到结果。版本是G09D01

作者
Author: agent99 时间: 2018-5-30 08:19

小范范1989 发表于 2018-5-29 17:50
咨询一下，把原子冻结是在前面加上-1吗？冻结之后，冻结的原子的频率就会显示全部是0吗？谢谢指点

是加-1。不能说显示是0，应该是根本不显示，因为Hessian矩阵里就没有这些原子，所以不存在对应的本征值（频率）和本征向量（振动模式）

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-5-30 08:41

agent99 发表于 2018-5-30 08:19
是加-1。不能说显示是0，应该是根本不显示，因为Hessian矩阵里就没有这些原子，所以不存在对应的本征值（ ...

偶，好的，谢谢指点。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-5-30 09:51
本帖最后由小范范1989 于 2018-5-30 09:52 编辑

再咨询一下，加入我现在计算一个二聚体，其中一个分子固定，求freq。得到了如下的输出，也不是3n-6.而且也没有出现NaN。或者是不出现
同时，如果我不固定，求freq，这个是3n-6的情况。

我的疑问是，为什么固定一个优化的时候，不是3n-6而且也没有NaN的情况。或者是应该不出现。
谢谢指点

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-30 18:03

小范范1989 发表于 2018-5-30 09:51
再咨询一下，加入我现在计算一个二聚体，其中一个分子固定，求freq。得到了如下的输出，也不是3n-6.而且也 ...

固定的原子，实际上是把其在Hessian矩阵中对应的矩阵元直接清零。
你当前只有5个原子没有固定，因此实际上Cartesian坐标下的Hessian矩阵有效部分是3*5=15维，因此对角化后输出的频率数目也是15。3N-6那是对整体所有原子都不固定而言的，对整体而言才能扣除6种整体运动模式。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-5-30 21:46

sobereva 发表于 2018-5-30 18:03
固定的原子，实际上是把其在Hessian矩阵中对应的矩阵元直接清零。
你当前只有5个原子没有固定，因此实 ...

偶，这样子，谢谢sob老师指点

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