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标题: 过渡态初猜结构虚频太多 [打印本页]

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-28 08:45
标题: 过渡态初猜结构虚频太多
图中是过渡态初猜结构的频率振动分析，第一个虚频是正确的，其它的都是错的，应该怎么处理，可以读这个结构的chk文件直接找过渡态吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-4-28 09:03
过渡态方面做得不多，但我觉得可以尝试固定第一个自由度主要涉及到的两个原子，然后进行优化，之后释放固定再计算频率看看虚频的个数，然后再作为初猜。

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-28 09:28

卡开发发发表于 2015-4-28 09:03
过渡态方面做得不多，但我觉得可以尝试固定第一个自由度主要涉及到的两个原子，然后进行优化，之后释放固定 ...

了解~

作者
Author: helpme 时间: 2015-4-28 10:07
使用你做freq的chk文件，可以试试 ts(noeigen, rcfc)。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-4-28 11:22

lei234 发表于 2015-4-28 09:28
了解~

当中unfix的过程可能比较重要，如果计算freq的时候那些处于fix的原子印象中是不计入Hessian的(长期不用Gaussian记得不特别清楚，最好确认一下)

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-28 16:26
初猜有多少虚频无所谓，搜索过渡态过程中会自动逐渐消除掉不该有的虚频

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-29 08:43

sobereva 发表于 2015-4-28 16:26
初猜有多少虚频无所谓，搜索过渡态过程中会自动逐渐消除掉不该有的虚频

请问可以读虚频很多的这个chk文件去优化过渡态吗？

作者
Author: panger 时间: 2015-4-29 11:26
搜索过渡态时本身结构如果有固定的原子是不是会引入额外的虚频，这样的话还能消去这些虚频吗？

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-29 14:36

panger 发表于 2015-4-29 11:26
搜索过渡态时本身结构如果有固定的原子是不是会引入额外的虚频，这样的话还能消去这些虚频吗？

我优化过渡态的时候没有固定过原子....

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-29 17:01

lei234 发表于 2015-4-29 08:43
请问可以读虚频很多的这个chk文件去优化过渡态吗？

可以。

作者
Author: lei234 时间: 2015-4-30 08:30

panger 发表于 2015-4-29 11:26
搜索过渡态时本身结构如果有固定的原子是不是会引入额外的虚频，这样的话还能消去这些虚频吗？

固定原子好像会有一个100左右的虚频，这个虚频似乎比较难去，我是不固定优化不出来这个过渡态了，固定了以后只是看看能垒大概有多大，结果是负的，所以应该没有过渡态，很容易形成产物，不知道你固定的目的是什么？

作者
Author: 宁宁叶子 时间: 2015-4-30 11:00
查看不需要的虚频，顺着不需要的虚频的震动方向旋转，慢慢调，应该会把不需要的虚频消掉吧。你可以试试。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-30 19:24

宁宁叶子发表于 2015-4-30 11:00
查看不需要的虚频，顺着不需要的虚频的震动方向旋转，慢慢调，应该会把不需要的虚频消掉吧。你可以试试。

我通常不建议这种流行的所谓的“消虚频”的做法，除非根据实际形势来看这么做的目的特别明确。
因为按照虚频挪动多大合适根本没法预知，而且各个变量之间是耦合的，一个虚频这么消掉后很容易伴随着其它虚频的产生。反复这么来回试，不仅麻烦，还费时间。
最简单稳妥解决问题的处理就是calcall，只要Hessian是精确的，优化算法会自动、稳妥地消除不需要的虚频，而且是以合理的方式去掉。

作者
Author: 宁宁叶子 时间: 2015-5-1 15:52
谢谢，好的，我也希望有一个快速准确的方法消去不需要的虚频。

作者
Author: young 时间: 2016-3-16 20:24
刚看到这个帖子，因为我最近也遇到了这个情况，请问您怎么解决的，谢谢了

作者
Author: lei234 时间: 2016-3-17 00:45

young 发表于 2016-3-16 20:24
刚看到这个帖子，因为我最近也遇到了这个情况，请问您怎么解决的，谢谢了

我也忘了，可以试试用calcfc找吧，或者先读它的check文件找找，看会不会自己消去一些小的虚频。

作者
Author: young 时间: 2016-3-18 08:42

lei234 发表于 2016-3-17 00:45
我也忘了，可以试试用calcfc找吧，或者先读它的check文件找找，看会不会自己消去一些小的虚频。

谢谢

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