计算化学公社

标题: pysoc计算报错 [打印本页]

作者
Author: zhang1992 时间: 2018-5-30 09:16
标题: pysoc计算报错
@sobereva 老师您好！
因为系统比较老我更新了python和glibc库，计算的报错是这个样子的，这个是哪里没有设置好呢？

  File "/opt/pysoc/bin/soc.py", line 24
print "prepare basis set"
                        ^
SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print("prepare basis set")
?forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 171, file /home/g16/wfn/test/CBP-tzvp-TD.gjf/soc_t
d_input.datImage             PC             Routine          Line       Source
soc_td          000000000041C386  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          000000000042832B  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          00000000004086DB  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402D1E  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402CCE  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00002B9B5318F0BD  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402BD9  Unknown             Unknown  Unknown

作者
Author: niobium 时间: 2018-5-30 09:30
python 2和3的问题吧

作者
Author: ggdh 时间: 2018-5-30 09:34
请使用python2

作者
Author: zhang1992 时间: 2018-5-30 09:50

ggdh 发表于 2018-5-30 09:34
请使用python2

要用2.7吗？我以为更到最新版就好了

作者
Author: zhang1992 时间: 2018-5-30 09:53

niobium 发表于 2018-5-30 09:30
python 2和3的问题吧

不太懂，能告诉我这是从哪看出来的么？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-30 17:58
其实pysoc耗时不多，怕折腾的话，就在自己机子上装个虚拟机，里面装上我文中用的CentOS 7.x，准能跑

作者
Author: superrice 时间: 2018-5-30 19:25
py2和py3的语法不一样。py3的是print ()，强制括号，py2可以没有。

作者
Author: niobium 时间: 2018-5-31 09:06
见7楼

作者
Author: zhang1992 时间: 2018-5-31 10:04

superrice 发表于 2018-5-30 19:25
py2和py3的语法不一样。py3的是print ()，强制括号，py2可以没有。

好的~

作者
Author: zhang1992 时间: 2018-5-31 10:04

zhang1992 发表于 2018-5-31 10:04
好的~

看到了

作者
Author: zhang1992 时间: 2018-5-31 10:04

sobereva 发表于 2018-5-30 17:58
其实pysoc耗时不多，怕折腾的话，就在自己机子上装个虚拟机，里面装上我文中用的CentOS 7.x，准能跑

我继续再试一下~

作者
Author: zhang1992 时间: 2018-5-31 10:42

ggdh 发表于 2018-5-30 09:34
请使用python2

又安装了一个python2.7就好了~

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-5 16:26

sobereva 发表于 2018-5-30 17:58
其实pysoc耗时不多，怕折腾的话，就在自己机子上装个虚拟机，里面装上我文中用的CentOS 7.x，准能跑

原本是8.3M的sob_Pysoc压缩包，拷贝到虚拟机中centos 7.2系统中后压缩包大小为1.0M,解压之后有很多文件缺失。社长大大，您知道这是怎么回事吗？

作者
Author: Charles_Gao 时间: 2018-9-5 19:11
网上的找到快速把python2的script转成python3格式的脚本~

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-6 00:33

zhongyuabc 发表于 2018-9-5 16:26
原本是8.3M的sob_Pysoc压缩包，拷贝到虚拟机中centos 7.2系统中后压缩包大小为1.0M,解压之后有很多文件缺 ...

如果你是拖拽拷过去的，改成复制-粘贴方式拷贝
如果还不行，通过建立共享文件夹，或者通过U盘来向虚拟机传递数据

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-7 15:38

sobereva 发表于 2018-9-6 00:33
如果你是拖拽拷过去的，改成复制-粘贴方式拷贝
如果还不行，通过建立共享文件夹，或者通过U盘来向虚拟机 ...

谢谢社长大大，我通过U盘能够正常传递数据。我在虚拟机上装了centos7.2系统，用的是g09E版本，前三周期元素用的6-31g*,Sn用的SDD赝势。按照您博文上的步骤走，运行pysoc.py出现下面信息：
QM_code gauss_tddft
open file gaussian.log
[[1, 4.8747], [2, 5.0294], [5, 6.7548], [6, 6.7899], [7, 6.8077], [11, 7.0576], [12, 7.2003], [13, 7.2798], [14, 7.3176], [15, 7.3322]]
3 6.3929
['ANG', 'Zeff', 'DIP']
ao_basis [['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['S', 1], ['P', 3], ['P', 3], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['SP', 4], ['SP', 4], ['D', 6], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1], ['S', 1]]
n_basis 257
hello1
hello2
open file gaussian.rwf
MOA_coeffs 524R
/bin/sh: /home/zhongys/g09/bsd/g09.profile: No such file or directory
/bin/sh: /home/zhongys/g09/rwfdump: No such file or directory
AO_overlap 514R
/bin/sh: /home/zhongys/g09/bsd/g09.profile: No such file or directory
/bin/sh: /home/zhongys/g09/rwfdump: No such file or directory
XY_coeffs 635R
/bin/sh: /home/zhongys/g09/bsd/g09.profile: No such file or directory
/bin/sh: /home/zhongys/g09/rwfdump: No such file or directory
MOB_coeffs 526R
/bin/sh: /home/zhongys/g09/bsd/g09.profile: No such file or directory
/bin/sh: /home/zhongys/g09/rwfdump: No such file or directory
MO_energy 522R
/bin/sh: /home/zhongys/g09/bsd/g09.profile: No such file or directory
/bin/sh: /home/zhongys/g09/rwfdump: No such file or directory
Error when reading gaussian output
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhongys/pysoc/bin/soc.py", line 491, in <module>
write_file(mo_ene, 'mo_ene.dat', '{}  ')
NameError: name 'mo_ene' is not defined
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 171, file /home/zhongys/g09test/soc_td_input.dat
Image             PC             Routine          Line       Source
soc_td          000000000041BBB6  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000427AEB  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000407F0B  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          000000000040254E  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          00000000004024FE  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00007FBA8DAEDB15  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402409  Unknown             Unknown  Unknown

请问社长大大这是因为g09的原因吗？

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-7 16:11

zhongyuabc 发表于 2018-9-7 15:38
谢谢社长大大，我通过U盘能够正常传递数据。我在虚拟机上装了centos7.2系统，用的是g09E版本，前三周期元 ...

我刚刚找到原因了，因为我g09安装包名字为g09E01,所以我应该把pysoc.py和soc.py中的g09改为g09E01

作者
Author: stephenmessi 时间: 2019-1-11 17:10
各位老师好，请问可不可以在服务器上运行td的文件，然后拖出来到虚拟机上算pysoc？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-11 19:47

stephenmessi 发表于 2019-1-11 17:10
各位老师好，请问可不可以在服务器上运行td的文件，然后拖出来到虚拟机上算pysoc？

可，但是最好确保Gaussian版本相同，否则本机上的rwfdump未必能载入服务器上产生的rwf

作者
Author: stephenmessi 时间: 2019-1-11 20:37
谢谢老师

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