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标题: 限制性动力学问题 [打印本页]

作者
Author: 桂山人 时间: 2018-5-30 14:05
标题: 限制性动力学问题
下午好！请教各位老师两个疑惑。在学习GMX蛋白配体教程时，官网教程上是以能量极小化后的结构文件进行分组，这和先限制性动力学平衡后进行分组，那种分组方式更好一些？
GMX做NVT，NPT模拟时网站教程上写了两个文件分别执行，如果要把它们写入一个mdp文件，同时进行控压控温，模拟时间总体设为100ps，这样的结果可否认为体系先进行了NVT平衡100ps，后进行了NPT平衡100ps？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-30 17:42
GMX没有官方教程，不知道你说的哪个

你问的分组问题有点莫名其妙。如果教程里的分组是为了能够对指定区域加限制势，那显然得在限制性动力学之前就设定group，没有group就没法对指定的组做限制性动力学

NVT和NPT没法写入到一个mdp里，没法一步做。模拟蛋白质没必要先在NVT下做

作者
Author: 桂山人 时间: 2018-5-30 17:52
好的，谢谢老师！

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