计算化学公社

标题: 一个分子中冻结部分原子的问题 [打印本页]

作者
Author: wbn 时间: 2018-6-5 09:40
标题: 一个分子中冻结部分原子的问题
在gromacs模拟中我需要冻结同一个分子中的部分原子。我尝试过使用position restraints, 但是发现不济事，即使加很大的势能仍然不能保持原子在原来的位置，所以我采取了constraint 的方法，就是在同一个molecule type里面定义两个residue，然后将需要freeze的residue加入freezegrps

附件是我做的一个MRE，原子C1是freeze的，原子H2可以自由活动

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我使用如下命令进行energy minimization,从输出文件看似乎没毛病
grompp -f enermin.mdp -c enermin.gro -p topol.top
mdrun

我的问题如下
1. 这种做法能不能确实达到我的目的？会不会产生artifect?

2. 我试图使用eq1.mdp 进行NVT模拟，但是在temperature coupling的时候如果我设置
tc-grps          =  BBB
会发生报错
1 atoms are not part of any of the T-Coupling groups

如果设置
tc-grps          =  system
会避免这个问题，但是这样会不会导致group BBB的实际温度不是我想要的？

作者
Author: lonemen 时间: 2018-6-5 18:42
冻结部分原子，会不会导致分子散架呢？

作者
Author: wbn 时间: 2018-6-6 00:41

lonemen 发表于 2018-6-5 18:42
冻结部分原子，会不会导致分子散架呢？

冻结的原子和未冻结的原子之间有化学键作用的。其实我想模拟的就是接在古体表面的有机物分子

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-6 04:24
tc-grps = BBB这样做有无意义，还是得看具体体系
单从模拟设置上说，这样没问题。1 atoms are not part of any of the T-Coupling groups那个只是个警告，不算真正意义上的报错，既然已经冻住了，控温已经没有意义了。

作者
Author: wbn 时间: 2018-6-6 04:48

sobereva 发表于 2018-6-6 04:24
tc-grps = BBB这样做有无意义，还是得看具体体系
单从模拟设置上说，这样没问题。1 atoms ar ...

谢谢SOB老师。我的体系是固体表面接枝了有机分子，再在上面覆盖一层液体薄膜。现在我的设置是tc-grps = system，这样我有点担心一个问题，就是说假如我设置温度为298K,那么冻结部分的实际温度是0K，那么程序会不会实际上取的是所有部分的平均值，导致free部分的温度远远大于298K呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-6 05:09

wbn 发表于 2018-6-6 04:48
谢谢SOB老师。我的体系是固体表面接枝了有机分子，再在上面覆盖一层液体薄膜。现在我的设置是tc-grps ...

有这个可能，但也许程序会自动扣除冻结的部分，之前没特意留意过。为了保险起见，还是把控温组当中去掉冻结的部分吧

作者
Author: lonemen 时间: 2018-6-6 11:35

wbn 发表于 2018-6-6 00:41
冻结的原子和未冻结的原子之间有化学键作用的。其实我想模拟的就是接在古体表面的有机物分子

好的，谢谢告知！

作者
Author: xinyanli 时间: 2023-2-26 11:07

wbn 发表于 2018-6-6 00:41
冻结的原子和未冻结的原子之间有化学键作用的。其实我想模拟的就是接在古体表面的有机物分子

请问这样冻结的话，grompp不会出现Segmentation fault吗？

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