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标题: 关于用optDFTw程序生成的三个gjf文件计算存在的一些问题 [打印本页]

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Author: qianbao 时间: 2018-6-5 21:14
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Author: 小范范1989 时间: 2018-6-5 21:41
使用optDFTw程序前首先要编辑一个Gaussian的长程校正泛函的单点任务文件作为模板，存到当前目录下template.gjf中

或者楼主是换了文件名称，改了f90里面：
open(10,file="template.gjf",status="old")
？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-6 03:47
一个字一个字阅读optDFTw的帖子

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-6-6 08:10
本帖最后由让你变成回忆于 2018-6-6 08:13 编辑

保存一个template.gjf的模板，从open(10,file="template.gjf",status="old")可以看出这个文件是必须存在的。

其次，从open(11,file="N.gjf",status="replace")可以看出，最终生成的计算N电子体系的文件名应该为N.gjf。（其余N+1, N-1电子体系以此类推）。而你这生成的明显不是，难道是你自己手动改的？否则按理说不会生成你这样的输入文件。

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-6 08:26

小范范1989 发表于 2018-6-5 21:41
使用optDFTw程序前首先要编辑一个Gaussian的长程校正泛函的单点任务文件作为模板，存到当前目录下template. ...

我确实是手动改了N.gjf的文件名。
open(10,file="template.gjf",status="old") 请问这一行是在哪看的呀？还是自己需要在哪里编写吗？

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-6 08:26

sobereva 发表于 2018-6-6 03:47
一个字一个字阅读optDFTw的帖子

好的老师

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-6 08:27
本帖最后由 qianbao 于 2018-6-6 08:33 编辑

让你变成回忆发表于 2018-6-6 08:10
保存一个template.gjf的模板，从open(10,file="template.gjf",status="old")可以看出这个文件是必须存在的 ...

open(11,file="N.gjf",status="replace")老师您好，这一处我没有找到在哪里显示

目前，我是这样操作的，请您帮忙看一下呗，谢谢：
1.编辑一个Gaussian的长程校正泛函的单点任务文件作为模板，存到当前目录下template.gjf：
2.双击点开optDFTw，就会基于这个文件产生对应不同电子数的N.gjf、N-1.gjf、N+1.gjf：
3.直接将这三个自动生成的gjf文件通入到服务器中，等待输出out文件
您看，我这样是否正确呢？
谢谢！

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-6-6 08:49
本帖最后由让你变成回忆于 2018-6-6 08:52 编辑

qianbao 发表于 2018-6-6 08:27
open(11,file="N.gjf",status="replace")老师您好，这一处我没有找到在哪里显示
目前，我是这样操 ...

明显不对。
这一处在optDFTw.f90这个源代码中。

优化w是一个迭代的过程，是需要根据当前的w的数值，计算出三个单点，然后算得sob老师博文中的J或者J^2的数值，如果收敛了，就输出当前的w数值，如果没收敛，则会继续迭代下去，直到J或者J^2的变化在给定的误差范围内。

我一般是在Linux下计算，Windows下应该也差不多。隐约记得在源代码中有个参数是可以控制计算平台的。因为在不同的平台下，有些命令不同（比如删除在linux下是rm，而在Windows下是del）。你需要准备template.gjf文件，然后和编译好的可执行文件optDFTw放在同一个目录下，然后直接运行optDFTw就行了。

如果你是在Linux下计算的话，先给optDFT可执行的权限（chmod +x optDFTw），然后把optDFTw和template.gjf放在同一个目录下，执行./optDFTw 如果你连脚本怎么执行都不清楚，那就需要去补点linux的基本知识了。

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-6 14:37

让你变成回忆发表于 2018-6-6 08:49
明显不对。
这一处在optDFTw.f90这个源代码中。

您能再细指出是哪里开始错误的吗？我准备了template.gjf文件，和这个程序是在同一个文件夹下面的；然后双击点开optDFTw.exe，它弹出一下就自动关掉了，同时生成3个gjf，用Gaussian09计算得到三个out文件。
write(*,*) "Running: g09 < N.gjf > N.out"
call system("g09 < N.gjf > N.out")
write(*,*) "Running: g09 < N-1.gjf > N-1.out"
call system("g09 < N-1.gjf > N-1.out")
write(*,*) "Running: g09 < N+1.gjf > N+1.out"
call system("g09 < N+1.gjf > N+1.out")

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-6-6 14:46
本帖最后由让你变成回忆于 2018-6-6 14:48 编辑

qianbao 发表于 2018-6-6 14:37
您能再细指出是哪里开始错误的吗？我准备了template.gjf文件，和这个程序是在同一个文件夹下面的；然后双 ...

如果你在windows下计算，看看环境变量是否包含有Gaussian？如果没有包含g09，那么在call system("g09 < N.gjf > N.out")这里明显是不能够计算的。所以瞬间完成三个分子的计算，然后程序体系找不到某些值，然后自动关掉。难道你没发现，你给出的这段代码前面还有个if的判断吗？这明显是linux下的计算方式，windows下显然不是这样。这个程序不是仅仅生成输入文件，然后让你自己去计算，而是会自动调用Gaussian来进行计算（就如你给出的代码call system这句话）。至于如何设置环境变量，网上一搜一大堆方法。

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-6 15:41

让你变成回忆发表于 2018-6-6 14:46
如果你在windows下计算，看看环境变量是否包含有Gaussian？如果没有包含g09，那么在call system("g09 < ...

老师您好，在您的耐心指导下，我终于有了一点点进展，非常感谢！添加环境变量后，倒是没有立即退出。然而，走到这，又出现错误了。isys=1 !=1: Windows =2: Linux关于程序的设置是在这里吧，无论isys=1还是2，都是一样的结果。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-6-6 16:00

qianbao 发表于 2018-6-6 15:41
老师您好，在您的耐心指导下，我终于有了一点点进展，非常感谢！添加环境变量后，倒是没有立即退出。然 ...

把计算的out文件截图。

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-6 16:04

让你变成回忆发表于 2018-6-6 16:00
把计算的out文件截图。

谢谢您！太谢谢了！

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-6-6 16:59
本帖最后由让你变成回忆于 2018-6-6 17:05 编辑

qianbao 发表于 2018-6-6 16:04
谢谢您！太谢谢了！

我不清楚你那儿出现这个问题是什么，你提供的com文件（发帖的时候提供的）在我这边是能够正常计算的，我用的版本是g16。这个问题就等sob老师来回答了。

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-6 18:39

让你变成回忆发表于 2018-6-6 16:59
我不清楚你那儿出现这个问题是什么，你提供的com文件（发帖的时候提供的）在我这边是能够正常计算的，我 ...

那再追问您一下，这个输出文件的内容（w的数值）是在这个optDFTw的程序中看到的吧，然而我现在出错了，对吗？
谢谢！

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-6-6 19:44

qianbao 发表于 2018-6-6 18:39
那再追问您一下，这个输出文件的内容（w的数值）是在这个optDFTw的程序中看到的吧，然而我现在出错了，对 ...

是的。
不过你可以在命令行下，输入命令。然后把输出结果重定向到某个文件。这个操作我没试过，不过我觉得应该没问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-7 03:26

qianbao 发表于 2018-6-6 15:41
老师您好，在您的耐心指导下，我终于有了一点点进展，非常感谢！添加环境变量后，倒是没有立即退出。然 ...

你直接用预编译版就完了，干嘛要打源代码的注意
我在编译的时候isys都已经根据要编译的平台设好了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-7 03:29

qianbao 发表于 2018-6-6 16:04
谢谢您！太谢谢了！

你当前用的win 32bit Gaussian，nproc最多只能设4，你设24显然跑不了
你用optDFTw之前应当先确保自己会用命令行方式调用Gaussian算一个最简单的任务

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-7 09:55

sobereva 发表于 2018-6-7 03:29
你当前用的win 32bit Gaussian，nproc最多只能设4，你设24显然跑不了
你用optDFTw之前应当先确保自己会 ...

老师，我改成4之后，用博文里的例子先试算一下，现在程序还是不允许我继续运行，您帮忙看一下，现在我应该怎么改正呢？
谢谢老师！

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-7 10:04

sobereva 发表于 2018-6-7 03:26
你直接用预编译版就完了，干嘛要打源代码的注意
我在编译的时候isys都已经根据要编译的平台设好了

老师，是这样子的，第一种运行该程序是：我将optDFTw程序下载到Windows7的计算机中，然后添加template.gjf，双击运行的optDFTw程序；第二种是Linux的24核服务器中添加了optDFTw的脚本，但是学长在写这个脚本时出现个问题，就是不能自动运行，长时间不用就会停止后台计算w。
所以，老师您看，我可以在自己的电脑上运行这个程序吗？不用服务器

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-8 03:55

qianbao 发表于 2018-6-7 09:55
老师，我改成4之后，用博文里的例子先试算一下，现在程序还是不允许我继续运行，您帮忙看一下，现在我应 ...

win 32bit Gaussian内存只能分配大约1400MB左右，4GB肯定跑不了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-8 03:56

qianbao 发表于 2018-6-7 10:04
老师，是这样子的，第一种运行该程序是：我将optDFTw程序下载到Windows7的计算机中，然后添加template.gj ...

你在自己机子上若算得动显然可以

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-8 19:42

sobereva 发表于 2018-6-8 03:56
你在自己机子上若算得动显然可以

好的，谢谢老师！
我改成1GB后，陆续出现这样的界面：图片1和2（最初用老师博文里面的例子，N.out和N-1.out显示502错误，N+1.out不计算）
现在计算机查出虚拟内存不够，给我自动安装一个增加内存的（没找到具体是什么）：我再计算，感觉是走上正轨了！好像对了！：图3和4
最后一张是我计算机的内存：图5
谢谢老师！

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-8 19:54

让你变成回忆发表于 2018-6-6 19:44
是的。
不过你可以在命令行下，输入命令。然后把输出结果重定向到某个文件。这个操作我没试过，不过我觉 ...

谢谢您！

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-8 20:22

sobereva 发表于 2018-6-7 03:29
你当前用的win 32bit Gaussian，nproc最多只能设4，你设24显然跑不了
你用optDFTw之前应当先确保自己会 ...

老师，怎么看它运行需要多少内存啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-9 03:21

qianbao 发表于 2018-6-8 20:22
老师，怎么看它运行需要多少内存啊？

DFT计算耗不了多少内存，对于32bit windows版一律设成%mem=1400MB就完了

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