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标题: 寻找反应过渡态的问题 [打印本页]

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Author: 大慧慧 时间: 2018-6-8 21:40
标题: 寻找反应过渡态的问题
寻找图中两个从1号H原子到达2号C原子反应的过渡态，（a和b是同一个结构的不同方向截取的图片，c和d也是同一个结构的不同方向）方法都试过了，但是找的过渡态能垒为40多Kcal/mol,反应根本过不去，想问问大神有么有背的办法可以找到比较合理的过渡态啊

作者
Author: h840473807 时间: 2018-6-8 22:41
这个反应是在什么条件下进行的？这两个位置距离太远，从活化能数据看也不太可能直接在这两个位置之间H转移。如果是在质子溶剂中，可以考虑溶剂传递质子。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-9 03:06
注意提问帖标题末尾要加上“问题”二字，给你改了

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-6-9 09:04

h840473807 发表于 2018-6-8 22:41
这个反应是在什么条件下进行的？这两个位置距离太远，从活化能数据看也不太可能直接在这两个位置之间H转移 ...

是在溶剂苯中进行的

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-6-9 09:04

sobereva 发表于 2018-6-9 03:06
注意提问帖标题末尾要加上“问题”二字，给你改了

好的老师

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-6-9 09:08

大慧慧发表于 2018-6-9 09:04
是在溶剂苯中进行的

老师，您看从图1 到图2 因该就是那个H原子跑到了C原子上了吧

作者
Author: h840473807 时间: 2018-6-9 10:50
可以考虑双分子对接传递质子，两个分子A、B碰头，A的1号C上H传递给B的2号C的同时，B的1号C上H传递给A的2号C

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-6-9 19:50

h840473807 发表于 2018-6-9 10:50
可以考虑双分子对接传递质子，两个分子A、B碰头，A的1号C上H传递给B的2号C的同时，B的1号C上H传递给A的2号C

老师，不太明白您说的，我要找的是H去到C原子上的过渡态呀

作者
Author: mutron 时间: 2018-6-20 16:03
很明显距离远就把两个环扭一下，把距离缩短就行了：

(, 下载次数 Times of downloads: 79) 在B3LYP/def2SVP下有个900多的虚频，PM6D3下是2500，IRC验证是对应的过渡态

M052X/6-31G*考虑溶解自由能变后的势垒：
B3LYP/def2TZVPP 11.9kcal/mol
PBE0-D3BJ/def2TZVPP 10.7kcal/mol
M062X-D3/def2TZVPP 14.1kcal/mol
wb97x-D3/def2TZVPP 14.5kcal/mol
PWPB95-D3BJ/def2QZVPP 11.5kcal/mol

作者
Author: mutron 时间: 2018-6-20 16:56
本帖最后由 mutron 于 2018-6-20 18:10 编辑

在做IRC的时候倒是碰到一个问题

这个TS是个自旋极化单重态（而且产物之一是闭壳层单重态，是IRC的forward方向），guess=mix（或者guess=read读取TS freq任务的chk文件）都会在算reverse方向的第一步得到自旋密度处处为0的单重态，从而导致IRC reverse方向第一点能量比TS还高，程序判断IRC结束：
(, 下载次数 Times of downloads: 68)
查看能量和<S**2>的变化（guess=mix）
IRC第一步TS：Initial guess <S**2>= 1.0000 E(UPM6D3) = -0.220605779214E-01 <S**2>= 0.8588
forward最后一步的产物：SCF Done: E(UPM6D3) = -0.756329881508E-01 <S**2>=-0.0000
reverse第一步：Initial guess <S**2>=-0.0000 E(UPM6D3) = 0.128860692620E-01 <S**2>= 0.0000
奇怪的是reverse第一步读取的guess怎么<S**2>是0而不是TS的0.8588？有没有什么方法让reverse第一步读取IRC第一步或者另外一个chk文件里的初猜（guess=input只会在IRC第一步读取外部chk）？

IRC分开forward和reverse可以得到正确的IRC产物（guess=mix或者read读取TS的chk），但是图形只能分开看不方便

用guess=(mix,always)这里倒是可以得到合并正确的IRC，但方法或者基组大一点耗时就高很多了。而且不总是能成功，有碰到其中一个点突然能量升高的情况（另一个分子）：

(, 下载次数 Times of downloads: 62) 有没有什么方法可以让IRC每一步计算的都是最稳定的波函数（stable=opt）?

有没有什么好的方法去解决这个问题？

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Author: sobereva 时间: 2018-6-20 17:23

mutron 发表于 2018-6-20 16:56
在做IRC的时候倒是碰到一个问题

这个TS是个自旋极化单重态（而且产物之一是闭壳层单重态，是IRC的forwar ...

IRC的forward和reverse分别做，都用guess=read读取TS的对称破缺波函数

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Author: mutron 时间: 2018-6-20 18:08

sobereva 发表于 2018-6-20 17:23
IRC的forward和reverse分别做，都用guess=read读取TS的对称破缺波函数

谢谢sober老师的建议。看来是没有比较完美的解决方法了

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