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标题: 请问计算msd时间段如何选取 [打印本页]

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Author: 青青青 时间: 2018-6-10 10:41
标题: 请问计算msd时间段如何选取
本帖最后由青青青于 2019-3-8 11:24 编辑

首先十分感谢您的回复！
msd在体系平衡时计算才有意义，因此我计算了体系的总能量如图。[attach]14284[/attach]能量很快就平衡了，是不是15ns之后到结束前一段时间都可以用来计算扩散系数呢？
我计算了整个模拟时间段的msd曲线如图：,要按斜率平稳的曲线看的话，选取的时间段在20-50ns处？请问计算msd的时间段怎么选取呢？
我图里的msd最后的时候数据上升的很快，是由于时间太长误差引起的吗？msd表示位移距初始时刻的变化，那体系平衡的时候，颗粒位置应该稳定了吧？为什么msd数值还会变大这么多呢？十分感谢！！
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作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-10 10:45
不好意思，图片发重了，删不了了

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Author: sobereva 时间: 2018-6-10 10:51
重新编辑帖子就能删，看置顶的新人必读贴

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Author: sobereva 时间: 2018-6-10 10:53
体系的属性有的收敛得快，有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的，不代表这个收敛了体系就已经充分平衡了

MSD曲线越靠后统计误差越大，因此不要取太靠后的。而且应当取比较平直的区域。论坛里有扩散系数、MSD的讨论，首页google框搜索就能搜到

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-10 16:04

sobereva 发表于 2018-6-10 10:53
体系的属性有的收敛得快，有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的，不代表这个收敛了体系就已经充 ...

非常谢谢您老师，那msd最后的时间段数据变大，就是由于误差引起的吧？我把论坛里的内容goole一下。

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-10 18:17

sobereva 发表于 2018-6-10 10:53
体系的属性有的收敛得快，有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的，不代表这个收敛了体系就已经充 ...

老师，那怎么看体系平衡了没有呢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-11 05:51

青青青发表于 2018-6-10 18:17
老师，那怎么看体系平衡了没有呢

先得明确是什么体系。不同的体系，恰当的判断平衡的方式各有不同，得结合体系特征来考虑

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-21 21:58

sobereva 发表于 2018-6-11 05:51
先得明确是什么体系。不同的体系，恰当的判断平衡的方式各有不同，得结合体系特征来考虑

好的，谢谢老师！
请问老师，我想算一个颗粒的MSD，用gromacs里的g_traj命令测出颗粒的质心坐标，再根据 MSD={|r ⃗(t)-r ⃗(0)|^2 } 的计算公式计算z轴方向位移变化，得出的MSD可取吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-22 12:39

青青青发表于 2018-6-21 21:58
好的，谢谢老师！
请问老师，我想算一个颗粒的MSD，用gromacs里的g_traj命令测出颗粒的质心坐标，再根据 ...

直接用gmx MSD计算不行？

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-26 20:43

sobereva 发表于 2018-6-22 12:39
直接用gmx MSD计算不行？

因为用公式计算的话，MSD会趋于一个定值，可以说明平衡之后颗粒的位置稳定了。而用gmx msd算的话，MSD曲线一直增大，是不是就说明颗粒没有平衡呢？谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-27 14:24

青青青发表于 2018-6-26 20:43
因为用公式计算的话，MSD会趋于一个定值，可以说明平衡之后颗粒的位置稳定了。而用gmx msd算的话，MSD曲 ...

可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率，倘若MSD到最后成了水平横线了，那扩散系数就成了0了，粒子都不动了

倘若你的目的不是研究扩散，而只是说明粒子最后位置稳定在某处，那直接把粒子坐标随时间变化的曲线画出来就完了，一看基本是在某个值上下波动就能说明了，牵扯不到MSD

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-28 12:52
本帖最后由青青青于 2018-7-3 21:34 编辑

sobereva 发表于 2018-6-27 14:24
可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率，倘若MSD到最后成了水平 ...

老师，那我做的磷脂分子的扩散系数为啥从开始到介绍一直不变呢，MSD曲线是一条直线，按说趋近稳定过程了，MSD增大的趋势应该会变小吧？（并不是说MSD会减小）

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-6-28 16:14

青青青发表于 2018-6-28 12:52
老师，那我做的磷脂分子的扩散系数为啥从开始到介绍一直不变呢，MSD曲线是一条直线，按说趋近稳定过程了 ...

谁说的……
要不你先做个LJ particle的MSD感受一下，如果情况单纯的话MSD就应该是一条斜线。

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-28 16:17

k64_cc 发表于 2018-6-28 16:14
谁说的……
要不你先做个LJ particle的MSD感受一下，如果情况单纯的话MSD就应该是一条斜线。

做出来曲线是这样，可是就是不能解释MSD的值一直升高呢

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-6-28 16:19

青青青发表于 2018-6-28 16:17
做出来曲线是这样，可是就是不能解释MSD的值一直升高呢

体系稳定，扩散系数稳定，MSD斜率稳定，不就是一条斜线了…

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-28 16:25

k64_cc 发表于 2018-6-28 16:19
体系稳定，扩散系数稳定，MSD斜率稳定，不就是一条斜线了…

我模拟的150ns的时间，从几ns斜率就不变了，但体系在几ns没稳定啊，而且，根据MSD 的定义，趋于平衡的时候，离子不就基本稳定了吗，那位置变化就小了吧，那MSD不应该趋于平缓吗？

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-29 19:02

sobereva 发表于 2018-6-27 14:24
可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率，倘若MSD到最后成了水平 ...

老师，那我做的纳米颗粒跨磷脂膜的模拟，分析磷脂分子的MSD来看膜的流动性，从5ns开始到结束一条斜率稳定的直线，但是体系在50ns 左右才平衡啊，有点想不通。盒子中的磷脂分子属于自由扩散吗？
还有MSD一直增大这个问题，请问以您可以详细解释一下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-30 01:25

青青青发表于 2018-6-29 19:02
老师，那我做的纳米颗粒跨磷脂膜的模拟，分析磷脂分子的MSD来看膜的流动性，从5ns开始到结束一条斜率稳定 ...

我不知道你怎么衡量的什么时候到达了平衡，当前结果并没什么异常。
MSD肯定会一直增大，否则就没有扩散运动了

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-30 21:39

sobereva 发表于 2018-6-30 01:25
我不知道你怎么衡量的什么时候到达了平衡，当前结果并没什么异常。
MSD肯定会一直增大，否则就没有扩散 ...

老师我是根据序参数和单磷脂分子面积稳定状态看的体系平衡，50ns左右平衡，磷脂分子MSD从5ns左右开始到最终一直呈斜率稳定的直线。。我知道MSD会一直增大，但是体系稳定了的话增大的趋势会变小吧，MSD呈直线增大，您觉得这有问题吗？可以解释这种现象吗？
难道说颗粒对膜的MSD没有影响吗？
感谢老师一直的回复，真心感谢您！！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-1 05:08

青青青发表于 2018-6-30 21:39
老师我是根据序参数和单磷脂分子面积稳定状态看的体系平衡，50ns左右平衡，磷脂分子MSD从5ns左右开始到 ...

不管体系是否达到平衡，磷脂始终有扩散现象，不扩散的话就不处于流体状态了。不同模拟时段的扩散系数大小和体系是否达到平衡没必然关系。从当前情况看，无论是否达到根据你提到的标准定义的平衡，扩散特征并没表现出什么不同，这是正常的。

作者
Author: 青青青 时间: 2018-7-1 09:19
本帖最后由青青青于 2019-3-28 16:22 编辑

sobereva 发表于 2018-7-1 05:08
不管体系是否达到平衡，磷脂始终有扩散现象，不扩散的话就不处于流体状态了。不同模拟时段的扩散系数大 ...

嗯嗯

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Author: namd学者 时间: 2021-10-28 17:04

sobereva 发表于 2018-6-27 14:24
可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率，倘若MSD到最后成了水平 ...

社长，请问用VMD可以计算MSD吗？

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Author: zaqxs234 时间: 2021-10-28 17:28

namd学者发表于 2021-10-28 17:04
社长，请问用VMD可以计算MSD吗？

直接用gmx 自带的根据 gmx msd 就可以计算啊

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-29 06:50

namd学者发表于 2021-10-28 17:04
社长，请问用VMD可以计算MSD吗？

如果你用的是gromacs，用gmx msd是最佳选择，牵扯不到VMD

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Author: zhaoxiaollong 时间: 2023-10-19 22:09
您好，请问一下纵坐标值很大是什么原因？我看您的值很小

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