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标题: 氯仿参数问题 [打印本页]

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Author: 向日葵天涯 时间: 2018-6-12 11:04
标题: 氯仿参数问题
各位大神大家好，我用gromacs的charmm27力场，想用氯仿做溶剂，但是不知道氯仿是什么参数，不知道氯和碳分别采用什么类型，求指导

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-12 14:28
用CGenFF力场
怎么产生相应的拓扑文件看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-6-12 19:47

sobereva 发表于 2018-6-12 14:28
用CGenFF力场
怎么产生相应的拓扑文件看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

谢谢老师的回答，我之前试过CGenFF力场，但是不能产生氯仿的参数，SwissParam可以产生，但是我用的gromacs的charmm27力场，所以不知道是否适用

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-13 05:42

向日葵天涯发表于 2018-6-12 19:47
谢谢老师的回答，我之前试过CGenFF力场，但是不能产生氯仿的参数，SwissParam可以产生，但是我用的gromac ...

CGenFF是普适性很高的力场，不可能氯仿都描述不了
若真是CGenFF都描述不了的小分子，专用于生物体系的charmm更描述不了

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-6-13 11:06

sobereva 发表于 2018-6-13 05:42
CGenFF是普适性很高的力场，不可能氯仿都描述不了
若真是CGenFF都描述不了的小分子，专用于生物体系的 ...

好的，谢谢老师耐心解答，我l用CGenFF力场l上传氯仿mol2文件之后，没有生成输出文件。报错提示，haloform not supported

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-13 12:53
用别的程序产生拓扑文件，用别的力场
没必要非用charmm不可

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-6-13 20:53

sobereva 发表于 2018-6-13 12:53
用别的程序产生拓扑文件，用别的力场
没必要非用charmm不可

嗯嗯，谢谢老师

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-7-17 11:05

sobereva 发表于 2018-6-12 14:28
用CGenFF力场
怎么产生相应的拓扑文件看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

sob老师，您好，请问GAFF力场适用氯仿力场文件的产生吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-17 11:18

yangjunfang 发表于 2023-7-17 11:05
sob老师，您好，请问GAFF力场适用氯仿力场文件的产生吗？

极其适合

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-7-18 08:52

sobereva 发表于 2023-7-17 11:18
极其适合

好的，谢谢老师

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