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标题: Amber最小化能量出错 [打印本页]

作者
Author: superrice 时间: 2018-6-13 10:40
标题: Amber最小化能量出错
本帖最后由 superrice 于 2018-6-13 11:12 编辑

Amber新手做分子动力学，用的GAFF立场，拟合RESP电荷，然后packmol构建的盒子。
先最小化能量，提交马上就出错，请问是什么原因？如果还需要提供什么文件，请告知，非常感谢。

盒子里我只加了一个溶质，然后其他都是溶剂，不知道是不是这个原因，提示信息有：
***** System must be very inhomogeneous.

最后一步输出信息：

NSTEP    ENERGY       RMS          GMAX       NAME NUMBER
   80    1.1405E+12    4.5694E+11    3.3176E+13    N2    1991

BOND = 19190913.4962  ANGLE = 162429.9954  DIHED    = 18311.3546
VDWAALS = *************  EEL    =    1148.2117  HBOND    =       0.0000
1-4 VDW = 89637.9629  1-4 EEL =    -625.7281  RESTRAINT  =       0.0000

输入文件：
Minimize
&cntrl
  imin=1,
  ntx=1,
  maxcyc=10000,
  ntpr=10,
  ntwx=100,
  cut=10.0
/

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-13 19:10
可能性很多，较大可能是初始结构原因
建议先用同样的设定跑跑纯溶剂、纯溶质盒子看能否正常运行

作者
Author: superrice 时间: 2018-6-13 19:46

sobereva 发表于 2018-6-13 19:10
可能性很多，较大可能是初始结构原因
建议先用同样的设定跑跑纯溶剂、纯溶质盒子看能否正常运行

非常感谢回复。我试了一下纯溶剂和纯溶质，好像都不行，请问是什么原因呢？跟拟合电荷有关么？

作者
Author: agent99 时间: 2018-6-14 02:47
打开最后一步的结构，看一下1991号N2原子有什么问题

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-14 06:13

superrice 发表于 2018-6-13 19:46
非常感谢回复。我试了一下纯溶剂和纯溶质，好像都不行，请问是什么原因呢？跟拟合电荷有关么？

可能性很多，力场参数有问题，原子电荷有问题等等都可能，这只能耐心慢慢排查、反复尝试找原因

作者
Author: superrice 时间: 2018-6-14 09:17

agent99 发表于 2018-6-14 02:47
打开最后一步的结构，看一下1991号N2原子有什么问题

感谢回复，我去看下。

作者
Author: superrice 时间: 2018-6-14 09:18

sobereva 发表于 2018-6-14 06:13
可能性很多，力场参数有问题，原子电荷有问题等等都可能，这只能耐心慢慢排查、反复尝试找原因

谢谢老师指导，我仔细去看下

作者
Author: hyr95 时间: 2020-4-10 23:40
我也遇到同样问题，请问你最后如何解决的？

作者
Author: superrice 时间: 2020-4-12 22:49

hyr95 发表于 2020-4-10 23:40
我也遇到同样问题，请问你最后如何解决的？

时间比较久了，有点忘了，可能是初始结构的问题。

作者
Author: hyr95 时间: 2020-4-18 10:57
请问您resp电荷如何拟合的？

作者
Author: superrice 时间: 2020-4-18 11:16

hyr95 发表于 2020-4-18 10:57
请问您resp电荷如何拟合的？

Sob老师有教程，你找一下

作者
Author: hyr95 时间: 2020-4-18 20:24
我不知道把软件算出来的电荷该放到哪个文件里

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-19 02:03

hyr95 发表于 2020-4-18 20:24
我不知道把软件算出来的电荷该放到哪个文件里

完全取决于你具体怎么加载力场文件的
诸如你要改自带的力场库文件，就改dat/leap/lib里的.lib文件里的电荷；如果有小分子prep文件就改里面的电荷

作者
Author: hyr95 时间: 2020-4-19 18:41
我是先用高斯view把小分子保存成gjf文件，然后加关键词# opt b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) em=gd3bj进行优化，得出的.chk文件转化成fch文件，然后用Multiwfn算出resp电荷。我想做小分子的gaff力场文件，是怎么做？把小分子的pdb文件，用bcc电荷做prep文件，再把prep文件里的电荷信息改成resp的电荷信息吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-22 05:53

hyr95 发表于 2020-4-19 18:41
我是先用高斯view把小分子保存成gjf文件，然后加关键词# opt b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) e ...

antechamber建议用-c gas，然后再把prep里的Gasteiger电荷改成Multiwfn算的RESP电荷。注意prep里的原子顺序往往和输入文件里的顺序不同。所以建议你拿antechamber产生的NEWPDB.PDB文件转成gjf用于Gaussian计算，或者直接用于这个脚本当输入文件：《计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）》 http://sobereva.com/476

之所以建议用-c gas，是因为antechamber产生Gasteiger电荷耗时几乎为0。如果产生AM1-BCC电荷，antechamber会调用SQM程序在半经验下做优化，但由于SQM写得比较差，对于大一些的体系耗时挺高，还可能不收敛。

作者
Author: hyr95 时间: 2020-4-28 23:38
谢谢老师~

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