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标题: RISM-SCF理论计算自由能分布图的反应坐标的问题 [打印本页]

作者
Author: Jack 时间: 2018-6-19 16:31
标题: RISM-SCF理论计算自由能分布图的反应坐标的问题
本帖最后由 Jack 于 2018-6-19 16:43 编辑

大家好！最近在重复一篇关于用RISM-SCF理论处理溶剂化效应来计算自由能分布图，但是对这个理论所采用的反应坐标（横坐标）没有看懂，还请指点下。

文献中处理的是一个电子转移反应（electron transfer），反应如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 48)

然后他们计算了这个反应在乙腈和甲醇中的自由能分布图，如图：

(, 下载次数 Times of downloads: 50)

反应坐标的定义式为等式11、12，如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 42)

我对反应坐标的问题如下：

1、文中前面提到，

(, 下载次数 Times of downloads: 46)

这里的坐标为反应物和溶剂的坐标怎么去理解（在我理解是反应物和产物的）？还是说只是定义问题。如果是反应物和溶剂的坐标，那等式13中反应物和溶剂的平衡电荷怎么确定？通过量子化学计算得到的吗？

2、由等式13知，不同的反应坐标对应一个不同假设电荷。文中采用的方法需要这个假设电荷。但是如果我用量子化学计算的连续介质模型来重复上图的话，反应坐标也采用他这样的处理，那么怎么对分子处理来考虑这个假设电荷？

还请大家指点！

谢谢！

附上原文 (, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: Frank 时间: 2018-6-19 18:38
1. 个人认为应是笔误，solvent应该是产物；
2. 只需要确定反应物态和产物态的电荷定域态就可以

作者
Author: Jack 时间: 2018-6-19 19:17

Frank 发表于 2018-6-19 18:38
1. 个人认为应是笔误，solvent应该是产物；
2. 只需要确定反应物态和产物态的电荷定域态就可以

对于第1个问题，这是我刚开始的想法，也是还搞不懂的地方。看了参考文献14，我觉得他这样处理可能有别的还没理解的地方，总之越看越糊涂。
对于第二个问题，是不是可以这样理解，在Gaussian中，我们设定好总的电荷（可能是小数，Gaussian支持吗？），然后对计算反应物和产物态的定域电荷就可以了吗

作者
Author: Frank 时间: 2018-6-20 16:41

Jack 发表于 2018-6-19 19:17
对于第1个问题，这是我刚开始的想法，也是还搞不懂的地方。看了参考文献14，我觉得他这样处理可能有别的 ...

就是分子内的一个电子转移反应，可以用CDFT

作者
Author: Jack 时间: 2018-6-20 17:40

Frank 发表于 2018-6-20 16:41
就是分子内的一个电子转移反应，可以用CDFT

谢谢回复！CDFT是什么？Classical DFT?

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-20 18:18

Jack 发表于 2018-6-20 17:40
谢谢回复！CDFT是什么？Classical DFT?

谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271

作者
Author: Jack 时间: 2018-6-20 19:33

sobereva 发表于 2018-6-20 18:18
谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271

谢谢sob老师！

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