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标题: 反应路径模拟和位点预测的问题 [打印本页]

作者
Author: steven 时间: 2018-6-30 03:18
标题: 反应路径模拟和位点预测的问题
各位老师好，想请教几个问题：

一。这个过程涉及到 Pd(OAc)2 和 2-naphthyl urea一起构成的络合物。（在文件包里）
从它们构成的 π-络合物2a 到 σ-络合物3a 的过程中，应该算作谁对谁的哪种进攻？
比如Pd对C17的亲电进攻，还是亲核进攻？或是应该算作Pd甚至是O对H的进攻？

二。底物 2-naphthyl urea 不变，若我想预测一个类似上面的这种过程，是否可以直接计算优化好的 2-naphthyl urea 上各个碳原子的简缩福井函数呢？（因为这个过程并不是从底物开始的，而是从一个络合结构比如2a开始的，我不确定正确的做法是不是应当计算络合结构（比如2a）的简缩福井函数而不是2-naphthyl urea的。）

三。在多步反应路径的理论计算研究时先对底物做一个构象搜索，然后用玻尔兹曼分布计算一下，假设发现反应温度下构象A占70%，B占30%。这个操作对接下来的反应路径计算都有什么指导作用？
我觉得一个用处是在优化其他试剂和底物构成的复合结构时，可以把底物摆的比较接近优势构象A，这是否算一个正确的应用？
如果在路径计算时发现在第一个由其他试剂和底物构成的中间体结构中，底物的构象反而是比较接近B的怎么办？那么该路径是不是也仍然要以A为能量零点而不是B？

谢谢各位老师。问题可能比较蠢还有点多，见谅
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作者
Author: lei234 时间: 2018-11-15 08:33
请问，怎么用玻尔兹曼确定反应的构象的呢？我要给一个分子加几个水分子，可以用玻尔兹曼确定加的位置吗？能否提供玻尔兹曼确定反应位点的相关文献呢？谢谢！

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