计算化学公社

标题: 请教在计算NBO和WBI键级遇到输出文件中无法找到结果的问题。 [打印本页]

作者
Author: q_7997 时间: 2018-7-3 20:38
标题: 请教在计算NBO和WBI键级遇到输出文件中无法找到结果的问题。
请问各位老师，我在得到物质单晶结构后对物质进行了几何优化，使用的版本是Gaussian 03，优化时用的关键词是# opt freq b3lyp/gen pseudo=read，所得到的结果在GaussView上看结构有一些键没连上或者键型不对。我在得到优化结果后用优化的结果进行了NBO计算，计算的关键词是# b3lyp/gen pop=(full,nboread,savenbos) pseudo=read，得到的结果有一些键的NBO数值没有显示，请问这个结果可信吗？在之后想得到WBI键级，在输入文件关键词# b3lyp/gen pop=nbo pseudo=read，并在输入文件最后加入了$nbo bndidx $end，在输出文件中没有找到Wiberg bond index matrix in the NAO basis: ，请问是在计算过程中有什么错误我没有找到结果吗？所有的计算都得到了Normal termination of Gaussian 03。
谢谢各位老师解答与指正。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-4 02:19
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

你不写nboread就代表不会从末尾读取$NBO信息，显然不会输出Wiberg键级矩阵

建议用Multiwfn计算Mayer键级。如果是有机体系，同时推荐用Multiwfn计算我提出的拉普拉斯键级，看J. Phys. Chem. A, 117, 3100−3108 (2013)

作者
Author: q_7997 时间: 2018-7-4 17:39

sobereva 发表于 2018-7-4 02:19
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

Sob老师，我用fchk文件里的结构进行了计算，使用的# b3lyp/gen pop=(full,nboread,savenbo) pseudo=read，计算结尾加入了$nbo bndidx $end，在输出文件中出现了 NBStor is confused about NOcc. Error termination via Lnk1e in /home/luyq/g03/l607.exe我进行了几次更改是加入文件末尾的$nbo bndidx $end造成的，请问如过需要计算WBI，应该怎么调整，还有如果计算拉普拉斯键级在高斯计算中需要计算那些值？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-4 23:49

q_7997 发表于 2018-7-4 17:39
Sob老师，我用fchk文件里的结构进行了计算，使用的# b3lyp/gen pop=(full,nboread,savenbo) pseudo=read ...

Gaussian自带的NBO 3.1 bug很多，当前不成功就甭用NBO了

直接用fch就能用Multiwfn计算各种键级
详见
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167

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