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标题: 势能面扫描法最后一行的字母写什么？ [打印本页]

作者
Author: qianbao 时间: 2018-7-7 21:38
标题: 势能面扫描法最后一行的字母写什么？
老师您好，我在搭建界面时，想做随着给受体间距离变化扫描势能面的能量，但最后一行的字母该写什么呢？
这是我的输入文件。
谢谢老师！

作者
Author: qianbao 时间: 2018-7-7 21:42
刚才我输入命令写错了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-8 04:07
上传错的文件直接在原帖上编辑，删除原附件，重新上传。

根本没有你这种写法。
实现你的目的，可以让联五苯先平行于XY平面，然后把它所有原子的z坐标用同一个变量表示，然后扫描这个变量。参考

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作者
Author: qianbao 时间: 2018-7-9 08:40

sobereva 发表于 2018-7-8 04:07
上传错的文件直接在原帖上编辑，删除原附件，重新上传。

根本没有你这种写法。

谢谢老师！
以后一定会注意这个问题的！
老师，1、这个命令行：#p CAM-B3LYP/6-31G(d) opt=modredundent EmpiricalDispersion=GD3BJ test，这样正确吗？还是只用scan，？因为之前做过二面角的扫描，需要加的关键词就是opt=modredundent。
2、我将pentacene固定在XY平面上。然后与受体搭建界面。这样给体pentacene的Z轴坐标都是0，但受体不是的，这样正确吗？
3、最后一行Z=2.0的代表意义是什么呀？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-9 09:30

qianbao 发表于 2018-7-9 08:40
谢谢老师！
以后一定会注意这个问题的！
老师，1、这个命令行：#p CAM-B3LYP/6-31G(d) opt=modredunden ...

1 scan

modredundant是柔性扫描。搞清楚刚性和柔性扫描的区别

2 正确

3 初始坐标

作者
Author: qianbao 时间: 2018-7-9 21:16

sobereva 发表于 2018-7-9 09:30
1 scan

modredundant是柔性扫描。搞清楚刚性和柔性扫描的区别

谢谢老师，这个初始坐标是自己定义的吗？还是在看的啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-10 04:41

qianbao 发表于 2018-7-9 21:16
谢谢老师，这个初始坐标是自己定义的吗？还是在看的啊？

显然是自己定义的，你总得设扫描的第一步距离

作者
Author: qianbao 时间: 2018-7-21 12:09
老师，您看看我这样写对吗？
没找到到底如何定义Z的方法

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-21 20:49

qianbao 发表于 2018-7-21 12:09
老师，您看看我这样写对吗？
没找到到底如何定义Z的方法

明显不对
仔细弄懂我3L贴的ppt里的例子

作者
Author: qianbao 时间: 2018-7-24 16:32
谢谢老师！感觉这次理解了，请您帮忙看一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-24 18:24

qianbao 发表于 2018-7-24 16:32
谢谢老师！感觉这次理解了，请您帮忙看一下，谢谢！

定义z变量前头只能空一行
初始坐标严重不合理，导致两个分子都叠到一起了
这种体系的计算，用CAM-B3LYP不加D3校正根本就是搞笑的

作者
Author: qianbao 时间: 2018-7-24 19:38

sobereva 发表于 2018-7-24 18:24
定义z变量前头只能空一行
初始坐标严重不合理，导致两个分子都叠到一起了
这种体系的计算，用CAM-B3LYP ...

谢谢老师，我在优化的过程中加入了D3，优化后保存为gjf文件，然后关键词只写了scan（scan与opt不能同时出现对吗？）在堆积界面模型时，给受体中心距离不知道应该从几开始，就自己先从2.5开始设置，但用gview打开后两个分子中间都连着键，直到2.8才分开，不会给自动加键，所以我才先设置2.8Å
现在改写成这样，距离为3.5Å，麻烦您再帮忙看一下，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-25 04:16

qianbao 发表于 2018-7-24 19:38
谢谢老师，我在优化的过程中加入了D3，优化后保存为gjf文件，然后关键词只写了scan（scan与opt不能同时出 ...

你直接用gview一打开，马上就会看到结构都堆到一起了，明显初始z坐标不合理

别写该死的test关键词

作者
Author: qianbao 时间: 2018-9-7 08:36
老师，您好！我按照PPT重复了一遍，但还是计算错误。我想按照图片上的计算处随着分子距离的变化能量的变化。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-7 09:44

qianbao 发表于 2018-9-7 08:36
老师，您好！我按照PPT重复了一遍，但还是计算错误。我想按照图片上的计算处随着分子距离的变化能量的变化 ...

该写浮点数的地方别写整数

作者
Author: qianbao 时间: 2018-10-23 08:41

sobereva 发表于 2018-9-7 09:44
该写浮点数的地方别写整数

谢谢老师，麻烦老师再帮忙看一下，我用例子计算就可以出来正确结果，换成自己的分子就出现错误，想请老师帮忙看一下导致计算错误的地方在哪。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-23 16:03

qianbao 发表于 2018-10-23 08:41
谢谢老师，麻烦老师再帮忙看一下，我用例子计算就可以出来正确结果，换成自己的分子就出现错误，想请老师 ...

Small interatomic distances encountered:
110 109 2.02D-01
Atoms too close.

提示得很明白，原子距离太近

作者
Author: qianbao 时间: 2018-10-23 16:26

sobereva 发表于 2018-10-23 16:03
Small interatomic distances encountered:
110 109 2.02D-01
Atoms too close.

因为用文本编辑器打开后，在最后一行设置初始距离值越小离得越远，我设置1.5也是太小
所以我是应该在最初搭建的时候，就加大距离吗？

作者
Author: qianbao 时间: 2018-11-27 19:03
请问老师，做scan的输出文件显示分子距离太小，可是我在搭建界面时，距离设置的比较远，请老师帮忙看一下，我的文件。
谢谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2018-11-27 19:22

qianbao 发表于 2018-11-27 19:03
请问老师，做scan的输出文件显示分子距离太小，可是我在搭建界面时，距离设置的比较远，请老师帮忙看一下 ...

这种问题就不要劳烦sob老师了，自己提交计算前都不看gjf文件里的结构长啥样的么，里面几个H都黏到一起去了，还算啥

作者
Author: qianbao 时间: 2018-11-27 20:52

zjxitcc 发表于 2018-11-27 19:22
这种问题就不要劳烦sob老师了，自己提交计算前都不看gjf文件里的结构长啥样的么，里面几个H都黏到一起去 ...

可是，PBDTTPD与C60算的时候，也遇到这个问题，而两分子，也有人算过的。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2018-11-27 21:37
本帖最后由 zjxitcc 于 2018-11-27 21:39 编辑

qianbao 发表于 2018-11-27 20:52
可是，PBDTTPD与C60算的时候，也遇到这个问题，而两分子，也有人算过的。

你回复的内容意思没表达清楚，不知道在说啥。前人算的时候是不可能有几个H堆叠到一起的。
还有，你还是没打开gjf认真检查结构？不是指两个分子间的距离太长、太短，而是指其中一个分子内，几个甲基的结构完全是错的，甲基H怎么可能位于同一平面，还那么近。

作者
Author: qianbao 时间: 2018-11-28 08:49

zjxitcc 发表于 2018-11-27 21:37
你回复的内容意思没表达清楚，不知道在说啥。前人算的时候是不可能有几个H堆叠到一起的。
还有，你还是 ...

首先，感谢您的指教
1、正如我在楼上截图中的例子，是做了两个分子间距离的刚性扫描，给体为聚-苯并二噻吩-噻吩并吡咯二酮（PBDTTPD），受体为C60
2、我明白您指出的错误，我也在想解决办法，是否可以尝试去H，因为分子中不可能完全没有甲基

作者
Author: qianbao 时间: 2018-11-28 09:13
1、按照楼上PPT例子，我操作成功；
2、由于需要将z轴坐标均用统一一个字母表示，可是我换成z的话，自然所有z轴的分子就会出现错误

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2018-12-10 10:34

sobereva 发表于 2018-9-7 09:44
该写浮点数的地方别写整数

老师，我对 scan 有点困惑，您ppt里面用的是计算单点，也有很多情况下用opt，请问这两种在scan里面的区别，您这个例子我理解的是计算了两个氮气分子在图中的初始构型下，间距为2个埃，步长0.2埃，总共走了15步

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2018-12-10 10:44

qianbao 发表于 2018-11-28 09:13
1、按照楼上PPT例子，我操作成功；
2、由于需要将z轴坐标均用统一一个字母表示，可是我换成z的话，自然所 ...

去掉 opt=modredundant 就行了

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