计算化学公社

标题: 将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态出错求助 [打印本页]

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Author: 风飞 时间: 2018-7-8 01:56
标题: 将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态出错求助
本帖最后由风飞于 2018-7-8 02:03 编辑

老师，您好！
我按照您得帖子（将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析：http://bbs.keinsci.com/thread-10141-1-1.html，）进行我得体系计算，我准备的TS.gjf、orca.sh、extorca情况如下，
1）TS.gif
(, 下载次数 Times of downloads: 65)
2)orca.sh
(, 下载次数 Times of downloads: 56)
(, 下载次数 Times of downloads: 64)
3)extorca 我是直接从您帖子中的压缩文件拷过来的，

(, 下载次数 Times of downloads: 56)

这三个文件放在了ORCA的目录下

(, 下载次数 Times of downloads: 77)

运行高斯出现的错误如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 62)
请问该怎样解决呢？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-8 04:03
我帖子里提供的脚本、自写的程序是对于linux而言的，Windows下显然没法直接用

发帖注意恰当选择板块，给你移动了

作者
Author: 风飞 时间: 2018-7-8 09:58
本帖最后由风飞于 2018-7-8 10:05 编辑

sobereva 发表于 2018-7-8 04:03
我帖子里提供的脚本、自写的程序是对于linux而言的，Windows下显然没法直接用

发帖注意恰当选择板块，给 ...

嗯，老师，那请问，对于windows版本的，我的脚本程序怎样写呢？或者是对linux下脚本程序怎样修改呢？谢谢！

我下载了手册，可以问一下，对于这个脚本程序书写，手册中有吗？有的话，想弱弱的问一句，大概在哪个位置呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2018-7-8 10:54
感觉你在高斯关键词里写ultrafine是没用的。。此时高斯用的是external，实际上并不做电子结构计算，DFT实际上在ORCA里算的，必须在ORCA里实现ultrafine，才是真正的ultrafine。另外，高斯或者ORCA的手册显然是不会讲这种东西的，你要在windows下用，这属于操作系统基础知识问题，与量子化学无关。如果任务不大，可以在win10自带linux子系统下运行；如果较大，还是用真正的linux系统或者虚拟机吧。sob老师的脚本是bash shell语言的，若你实在想在win下跑，就要自己把该脚本改为win下的脚本语言，比如DOS，power shell等等。

作者
Author: 风飞 时间: 2018-7-8 14:46

zjxitcc 发表于 2018-7-8 10:54
感觉你在高斯关键词里写ultrafine是没用的。。此时高斯用的是external，实际上并不做电子结构计算，DFT实际 ...

嗯，好的谢谢老师，我去试试

作者
Author: mettlyz 时间: 2020-7-16 19:18
我也是按照sobereva的方法和例子在linux下跑的，核数为1的时候没有问题，为2的时候就不可以了，出错openMPI没有问题，直接跑//orca,48核也没有问题
感觉是脚本产生的inp文件有问题

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-16 19:26

mettlyz 发表于 2020-7-16 19:18
我也是按照sobereva的方法和例子在linux下跑的，核数为1的时候没有问题，为2的时候就不可以了，出错openMPI ...

openmpi没弄对，或者还有别的mpi

作者
Author: mettlyz 时间: 2020-7-16 19:34

喵星大佬发表于 2020-7-16 19:26
openmpi没弄对，或者还有别的mpi

直接全路径/orca .inp没有任何问题，48核都可以，肯定不是mpi的问题

有人用2核跑过sobereva的例子吗？跑一下就知道了

作者
Author: plus 时间: 2020-7-17 09:38
试试git-bash，可以运行很多linux命令

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-20 02:55

mettlyz 发表于 2020-7-16 19:18
我也是按照sobereva的方法和例子在linux下跑的，核数为1的时候没有问题，为2的时候就不可以了，出错openMPI ...

脚本毫无问题
Gaussian必须单核，帖子里已经强调了。脚本产生的ORCA输入文件是多少核都能用

作者
Author: mettlyz 时间: 2020-7-22 21:04

sobereva 发表于 2020-7-20 02:55
脚本毫无问题
Gaussian必须单核，帖子里已经强调了。脚本产生的ORCA输入文件是多少核都能用

确实没有问题，多谢Sobereva老师指教！

作者
Author: mettlyz 时间: 2020-7-23 09:39
本帖最后由 mettlyz 于 2020-7-23 09:55 编辑

跑了不同的例子，发现时可以跑的，Orca多核跑的很顺利。

发现个现象。

跑11个原子131个pritimive gaussian的分子， Gaussian: B3LYP/Def2-SVP, gaussian+Orca.sh: 同样但是加RIJCOSX,1核，跑10轮
结构优化的时候，gaussian 1min多一点, gaussian+orca.sh花费不到1min, 稍快一点，期望分子大的时候加速会很明显。
ts和qst3的时候，gaussian 花费2min, gaussian+orca.sh花费将近6min

在服务器上又跑了一个大分子，48核，类似上述设置，大约1000个基组，20步，ts, gaussian跑了3小时, gaussian+orca.sh跑了超过8个小时还没有结束。

这说明orca的ts做得很烂吗? 还是orca的ts和qst3没有加速

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-27 07:21

mettlyz 发表于 2020-7-23 09:39
跑了不同的例子，发现时可以跑的，Orca多核跑的很顺利。

发现个现象。

搞清楚联用的时候ORCA起什么作用
ORCA根本就没有QST3，实现QST3的是Gaussian，而ORCA仅仅是作为计算能量和导数的程序

作者
Author: hhwang 时间: 2021-3-17 00:53
Sob老师，我按照您的帖子  将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析中的 example-TS.gjf，在超算上提交作业，出现了下面显示的错误，请问这种错误是什么原因引起的？

Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
External calculation of energy, first and second derivatives.
Running external command "./orca.sh R"
      input file    "/lustre/home/acct-mezzy/mezzy-1/scratch/Gau-20716.EIn"
      output file    "/lustre/home/acct-mezzy/mezzy-1/scratch/Gau-20716.EOu"
      message file    "/lustre/home/acct-mezzy/mezzy-1/scratch/Gau-20716.EMs"
      fchk file       "/lustre/home/acct-mezzy/mezzy-1/scratch/Gau-20716.EFC"
      mat. el file    "/lustre/home/acct-mezzy/mezzy-1/scratch/Gau-20716.EUF"
Failed to open output file from external program.
Error termination via Lnk1e in /lustre/home/acct-mezzy/mezzy-1/software/g09/g09/l402.exe at Wed Mar 17 00:42:40 2021.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-3-17 01:23

hhwang 发表于 2021-3-17 00:53
Sob老师，我按照您的帖子将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析中的 example-TS.gjf， ...

你给了联用的脚本和接口程序可执行权限么

作者
Author: hhwang 时间: 2021-3-17 11:33

喵星大佬发表于 2021-3-17 01:23
你给了联用的脚本和接口程序可执行权限么

感谢您的回复，我尝试检查和修改了可执行权限命令语句，现在已经可以正常使用啦

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