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标题: 单个金属离子的优化问题 [打印本页]

作者
Author: renlangfen 时间: 2018-7-17 22:21
标题: 单个金属离子的优化问题
大家好，最近在研究物质对金属离子的吸附能，E（吸附能）=E(吸附产物)-E(底物)-E（金属离子），每次算出来的结果都很大，达到负的几百kcal/mol，金属离子是不是直接用高斯进行优化的，只要注意电荷和自旋就可以了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-17 23:39
单个原子不可能优化，能优化啥？
至少得有俩原子才能优化

作者
Author: renlangfen 时间: 2018-7-18 08:26
老师您好，那单个金属离子的能量怎么才能得到呢？问题有点傻，希望老师指点迷津。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-18 09:01

renlangfen 发表于 2018-7-18 08:26
老师您好，那单个金属离子的能量怎么才能得到呢？问题有点傻，希望老师指点迷津。

直接算单点就完了
如果要算热力学数据（此体系的平动运动会对热力学数据产生贡献），再加个freq

作者
Author: renlangfen 时间: 2018-7-18 12:40
感谢老师

作者
Author: Jaydu1996 时间: 2019-8-17 10:42

sobereva 发表于 2018-7-18 09:01
直接算单点就完了
如果要算热力学数据（此体系的平动运动会对热力学数据产生贡献），再加个freq

那老师我想问一下，采用高斯计算，li,Na,K这样金属的单点能，那么选择什么样的泛函和基组比较合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-17 15:28

Jaydu1996 发表于 2019-8-17 10:42
那老师我想问一下，采用高斯计算，li,Na,K这样金属的单点能，那么选择什么样的泛函和基组比较合适呢？

如果要求极高精度，甭用DFT，用CCSD(T)。基组cc-pVQZ（对于K此基组没定义，用cc-pVQZ-PP或def2-QZVP）或更高

作者
Author: Jaydu1996 时间: 2019-8-19 21:48

sobereva 发表于 2019-8-17 15:28
如果要求极高精度，甭用DFT，用CCSD(T)。基组cc-pVQZ（对于K此基组没定义，用cc-pVQZ-PP或def2-QZVP）或 ...

谢谢老师，目前我用的是b3lyp，要求倒也不是很高吧，就是想考察它的溶剂化能的时候算单点能看看什么比较合适

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-20 22:22

Jaydu1996 发表于 2019-8-19 21:48
谢谢老师，目前我用的是b3lyp，要求倒也不是很高吧，就是想考察它的溶剂化能的时候算单点能看看什么比较 ...

M06-2X就够了

作者
Author: csu-77 时间: 2022-10-31 22:54
看了上面sob老师说的，单个金属原子直接算单点能就好，下面是我的计算文件，想问下合理不？Co2+、Mn2+、Ni2+的自旋多重度计算为4、6、3

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-31 23:58

csu-77 发表于 2022-10-31 15:54
看了上面sob老师说的，单个金属原子直接算单点能就好，下面是我的计算文件，想问下合理不？Co2+、Mn2+、Ni2 ...

到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算过渡金属体系，参见http://sobereva.com/272

作者
Author: csu-77 时间: 2022-11-1 14:09
本帖最后由 csu-77 于 2022-11-1 14:26 编辑

wzkchem5 发表于 2022-10-31 23:58
到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算 ...

那麻烦再问下老师，对金属配合物（萃取二价金属离子得到的）进行几何优化时，需要将电荷改成2嘛？
%mem=64GB
%nproc=64
%chk=P204-Ni-P204.chk
# opt b3lyp/tzvp em=gd3 formcheck

P204-Ni-P204

0 3
P                -2.95349700 -0.11592200 -1.08893400
O                -1.71817900 0.30700100 -1.91741200
O                -2.44197900 -0.21999500 0.37624500
Ni             -0.56617600 0.13017100 -0.26357900
。
。
。

参考的一篇文章https://doi.org/10.1016/j.seppur.2019.116325，用的是B3LYP，所以就直接用了，感谢老师提醒，我看下您推荐的文章

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-1 14:40

csu-77 发表于 2022-11-1 07:09
那麻烦再问下老师，对金属配合物（萃取二价金属离子得到的）进行几何优化时，需要将电荷改成2嘛？
%mem= ...

按配合物的总电荷判断

作者
Author: csu-77 时间: 2022-11-1 14:44

wzkchem5 发表于 2022-11-1 14:40
按配合物的总电荷判断

中性，那就是0了，多谢老师

作者
Author: csu-77 时间: 2022-11-9 10:40
本帖最后由 csu-77 于 2022-11-9 14:40 编辑

wzkchem5 发表于 2022-10-31 23:58
到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算 ...

麻烦再问下老师，我看了您推荐的基组选择文章和一些人的建议，PBE0更适合Gaussian中过渡金属体系的计算，由于首次用这个基组，提交任务时一直报错，提示是关键词写入错误，还望老师指正错误

%mem=64GB
%nproc=64
%chk=MAP-Co-MAP.chk
# opt freq pbe0/tpssh em=gd3 formcheck

MAP-Co-MAP

0 4
P                -2.14138700 -1.31109400 -0.10498100
O                -1.78178000 -0.02616000 -1.08496700
O                -0.77137700 -1.32809800 0.80099600
Co             -0.04905500 0.27198900 -0.14750000
O                0.68061700 1.87347000 -1.09254700
O                1.68676200 0.55379600 0.78321700
P                2.05913300 1.83398200 -0.19910100
O                2.45620500 3.23997200 0.64927600
O                3.41476000 1.66805600 -1.17248800
C                4.74381500 1.39737200 -0.70979700
C                4.99653500 0.41750200 0.26270100
C                6.33007400 0.15085700 0.60815200

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-9 14:40

csu-77 发表于 2022-11-9 03:40
麻烦再问下老师，我看了您推荐的基组选择文章，wb97x-v或wb97m-v更适合过渡金属体系的计算，由于首次用这 ...

你说的这些是泛函，不是基组。注意用词规范性。
你没写基组，当然报错。把基组也写上。而且wB97X-V、wB97M-V自带色散（那个V就是色散，但不叫色散校正），所以不用且不能加色散校正。
最后，下次问报错问题，一定要给出详细的报错信息。只说报错不给报错信息的，我们原则上拒绝回答

作者
Author: phyyyds 时间: 2024-5-13 12:15

wzkchem5 发表于 2022-10-31 23:58
到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算 ...

请教一下老师，我用中性分子吸附K离子，整体电荷为+1，但K离子应该是闭壳层，多重度为1，所以我设置的charge和多重度是 1 1，但软件提示总电子数是奇数个，应该是把K当成K原子计算了，该如何修改多重度呢?

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-5-13 16:26

phyyyds 发表于 2024-5-13 05:15
请教一下老师，我用中性分子吸附K离子，整体电荷为+1，但K离子应该是闭壳层，多重度为1，所以我设置的cha ...

检查你的中性分子是不是画错了，例如多画、漏画了氢，或者这个分子实际上不是中性的

作者
Author: phyyyds 时间: 2024-5-13 20:57

wzkchem5 发表于 2024-5-13 16:26
检查你的中性分子是不是画错了，例如多画、漏画了氢，或者这个分子实际上不是中性的

感谢老师！！！我用GaussView验证了一下，加H的石墨烯纳米片C原子数量不同的话，原来既可以是单重态又可以是双重态。那么：
（1）那我做离子吸附只要用 0 1的石墨烯纳米片加K原子，总体设为 1 1就可以吧？
（2）做N替位掺杂的话，我看站里解释是单N掺杂不改变charge，多重态是2吗？那么K离子吸附模型设为 1 2就行吗？
（3）如果是3个N掺杂，多重态是不是需要算一下2和6，取能量最低的值。
（4）计算吸附能时候，K离子能量可以继续用B3LYP D3 def2-TZVP def2/J 计算吗？
再次感谢老师的回复，看了其他帖子下您的解释，受益匪浅

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-5-14 14:38

phyyyds 发表于 2024-5-13 13:57
感谢老师！！！我用GaussView验证了一下，加H的石墨烯纳米片C原子数量不同的话，原来既可以是单重态又可 ...

只是石墨烯吸附K的话。已经有无数文献做过了，建议调研文献，这样除了知道怎么算，也好知道哪些问题已经被人算过了

作者
Author: phyyyds 时间: 2024-5-15 16:33

wzkchem5 发表于 2024-5-14 14:38
只是石墨烯吸附K的话。已经有无数文献做过了，建议调研文献，这样除了知道怎么算，也好知道哪些问题已经 ...

谢谢老师，在参考文献做了！

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