计算化学公社

标题: 几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2014-10-26 18:40
标题: 几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集
这是几何优化、过渡态搜索、IRC的理论和算法相关的45篇综述与56篇原文合集
(, 下载次数 Times of downloads: 2348)
(, 下载次数 Times of downloads: 2030)
(, 下载次数 Times of downloads: 1999)
(, 下载次数 Times of downloads: 2005)
(, 下载次数 Times of downloads: 2580)

几何优化算法、过渡态搜索算法和IRC生成算法在很多文章里是一起讨论的。很多方法如RFO、GDIIS既能用于做几何优化也能搜索过渡态（因为它们都是势能面的驻点）。有点方法只适用或常用于某类计算（量子化学、第一性原理、分子力学），应根据自己的实际情况进行判断。

对于量子化学的初学者，建议先看“综述”文件夹里面的（按照推荐顺序）
Geometry optimization.pdf
Chem6440 Geom.ppt
Chapter 12-Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen).pdf
Geometry Optimization I(Encyclopedia of Computational Chemistry).pdf
Chapter 5-Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed).pdf
一些文档里面有一些批注，里面的说法可能有误，无视即可。

另外，过渡态搜索方法最全面的介绍可参见《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》（http://sobereva.com/44）。其中很多讨论完全适用于几何优化。

PS：几何优化不收敛是新人最最最常问的问题之一。我相信，当读者看完了上面推荐的综述，再看了笔者专门写过的帖子《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》（http://sobereva.com/164），就不会再因为这个问题犯难了。

作者
Author: 378024572 时间: 2014-11-11 19:39

好帖。。。。。。。。。。。

作者
Author: aqhuangry 时间: 2014-11-12 12:39
顶顶

作者
Author: ahehyh 时间: 2014-11-14 23:03
楼主可否搜集整理下关于各密度泛函的相关原文献呢，感觉国内这方面的资料比较少。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-15 01:11

ahehyh 发表于 2014-11-14 23:03
楼主可否搜集整理下关于各密度泛函的相关原文献呢，感觉国内这方面的资料比较少。

泛函实在太多了，而且太杂，虽然平时时不时也收了50多篇，但还远远不够全，就不发了

作者
Author: ximi1986 时间: 2014-12-27 11:10
好帖子，顶一个~

作者
Author: jyki 时间: 2015-1-8 12:54
谢谢整理并分享自己的劳动成果:lol

作者
Author: therotyonth 时间: 2015-1-15 17:18
谢谢整理!

作者
Author: 我爱吃鱼 时间: 2015-11-24 18:03
谢谢哦，正在研究这块~~~

作者
Author: renleibeth 时间: 2016-3-20 21:45
sobereva老师，为什么我下载不了呢？用迅雷下载的时候，一直显示任务失败。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-20 22:15

renleibeth 发表于 2016-3-20 21:45
sobereva老师，为什么我下载不了呢？用迅雷下载的时候，一直显示任务失败。

直接下载，或者用百度云管家，不要用第三方下载工具

作者
Author: xxy88888 时间: 2016-6-18 16:17
感谢感谢，辛苦！

作者
Author: 暮光边缘 时间: 2016-9-14 10:46
谢谢分享

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-15 11:55

itccnjuer 发表于 2016-9-15 11:46
百度网盘，帐号和密码是多少

没设密码

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-15 15:43

itccnjuer 发表于 2016-9-15 14:58
不能下载，要开通会员，才能下载

注册个百度账号就完了
注册是免费的

作者
Author: goudezhi 时间: 2017-9-21 09:16

谢谢分享，好东西

作者
Author: 从开始的echo 时间: 2018-7-1 23:32
感谢分享

作者
Author: xiongbaobao 时间: 2018-12-2 15:28
谢谢分享，一直在跟随学习

作者
Author: Kikyou 时间: 2019-12-12 09:30
感谢分享！

作者
Author: 过于喧嚣的孤独 时间: 2020-7-26 11:36
sobereva老师能补一下吗?百度网盘的链接挂了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-26 20:55

过于喧嚣的孤独发表于 2020-7-26 11:36
sobereva老师能补一下吗?百度网盘的链接挂了

我直接上传到这个帖子里了
百毒网盘太垃圾了，莫名其妙就被提示内容敏感

作者
Author: edcchens 时间: 2021-3-26 15:00
支持

作者
Author: 15029457177 时间: 2021-7-8 14:56
好帖顶一个

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2021-8-11 21:33
老师，我想问下这些综述里包括有二维柔性扫描的文献吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 01:57

嘤嘤嘤发表于 2021-8-11 21:33
老师，我想问下这些综述里包括有二维柔性扫描的文献吗？

根本不可能有什么文献专门说这个
就是个简单的设置而已

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2021-8-12 10:44

sobereva 发表于 2021-8-12 01:57
根本不可能有什么文献专门说这个
就是个简单的设置而已

我想看看文献中是如何描述分析这个三维立体图的，昨天老师在QQ群分享的那个博文我发现可以用二维柔性扫描找最优构像，其他没看到二维柔性扫描的应用和分析讨论

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-12 15:17

嘤嘤嘤发表于 2021-8-12 03:44
我想看看文献中是如何描述分析这个三维立体图的，昨天老师在QQ群分享的那个博文我发现可以用二维柔性扫描 ...

只要搞清楚局部极小值点、鞍点和反应路径的定义，就知道怎么分析二维柔性扫描的结果了。也正是因为这个原因，基本没人专门介绍如何理解和应用二维柔性扫描，因为不需要介绍

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2021-8-12 19:48

wzkchem5 发表于 2021-8-12 15:17
只要搞清楚局部极小值点、鞍点和反应路径的定义，就知道怎么分析二维柔性扫描的结果了。也正是因为这个原 ...

知道了，谢谢老师

作者
Author: 409407227 时间: 2021-8-12 20:17
谢谢整理

作者
Author: Yjc 时间: 2022-11-25 19:05
请问下这五个压缩包下载后是都能打开的嘛？我下载后只能打开part1，打开其他压缩包时都会显示“只能打开分卷第一部分文件”，请问这是什么原因？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-27 00:53

Yjc 发表于 2022-11-25 19:05
请问下这五个压缩包下载后是都能打开的嘛？我下载后只能打开part1，打开其他压缩包时都会显示“只能打开分 ...

google了解什么叫分卷压缩

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)