计算化学公社

标题: Dmol3中计算福井函数求助 [打印本页]

作者
Author: PinkP 时间: 2018-7-23 19:26
标题: Dmol3中计算福井函数求助
各位前辈、老师好，因为研究方向涉及交叉学科，现初步接触分子模拟以及量子化学，现在主要使用Dmol3，希望能够请教一些问题，问题或许有些琐碎，麻烦了，谢谢！
目前我在计算单分子的福井函数，在此之前我看过公社中许多帖子，但都是使用Gaussian计算的，针对Dmol3的我确实没怎么发现相关贴文。我具体求助的问题有以下几个：
1、单分子计算福井函数预测反应位点是否有意义？是否需要考察该分子与其他分子之间的活性问题？
2、我在Dmol3中几何优化计算了Fukui特性，得到如下结果，请问Mulliken和Hirshfeld下面的数据是两种方法下的原子电荷值，福井函数值还有待进一步计算？还是就是每个原子的福井函数值？应该选取Mulliken还是Hirshfeld？
(, 下载次数 Times of downloads: 75) (, 下载次数 Times of downloads: 81) (, 下载次数 Times of downloads: 65)
3、计算出的福井函数值怎么能知道哪些原子是反应位点呢？不然就要对分子中所有原子进行活性比较吗？我看很多帖子里面每个原子都有相应的值。
4、我通过Dmol3-Analysis将Fukui结果Import之后.xsd文件中没有直接生成等值图之类的，在教程中也没找到别的方法，请问要怎么操作，还是说需要用别的软件实现可视化？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-23 21:17
Dmol3对于分子体系计算来说是很烂而且又黑的程序，所以论坛里基本看不到Dmol3算福井函数的讨论

1 分子间对比用局部软度，即福井函数乘上分子的全局软度，讨论分子内各位点相对活性用福井函数即可。
相关信息看
《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》、《Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction》
幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
Multiwfn手册4.A.4节
概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384

2 对原子来说叫做简缩福井函数，看此文第6节
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
建议用Hirshfeld原子电荷计算简缩福井函数，原子电荷和福井函数是什么关系，上面的文章，包括Multiwfn手册4.7.3节都提到了

3 同上

4 建议尽早弃暗（Dmol3）投明（Gaussian、ORCA等）
离开Dmol3，你会发现世界是多么广阔，可用的辅助、分析、可视化等第三方程序是多么丰富

怎么用Multiwfn绘制Fukui函数等值面这里有明示
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113Multiwfn手册4.5.4节也写得非常清楚

作者
Author: PinkP 时间: 2018-7-24 09:11

sobereva 发表于 2018-7-23 21:17
Dmol3对于分子体系计算来说是很烂而且又黑的程序，所以论坛里基本看不到Dmol3算福井函数的讨论

1 分子间 ...

谢谢sob老师。我是看到有文献使用Dmol3做类似计算但不详细，在公社转了这些天其实我自己也隐约感觉做量化要换Gaussian，奈何有个执念，，总感觉Gaussian较深较难

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-24 14:10

PinkP 发表于 2018-7-24 09:11
谢谢sob老师。我是看到有文献使用Dmol3做类似计算但不详细，在公社转了这些天其实我自己也隐约感觉做量化 ...

你参加一次科音初级量子化学培训班就知道Gaussian用起来有多简单。
也不知道怎么会有人觉得Dmol3比Gaussian用起来更简单，明明Gaussian才是所有主流量化程序里真正用起来最简单的，gview图形界面完爆M$
用Dmol3只会长期被蒙在鼓里，又弱又难用，文章也不好发。

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-7-28 22:00
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-7-28 22:02 编辑

sobereva 发表于 2018-7-23 21:17
Dmol3对于分子体系计算来说是很烂而且又黑的程序，所以论坛里基本看不到Dmol3算福井函数的讨论

1 分子间 ...

老师，您好！您说比较不同分子的亲核活性是对比用局部软度，即福井函数乘上分子的全局软度，这个全局软度是指下图中红色标记出的软度吗？还有福井函数有正有负，在比较时是比较绝对值吗？比如a=-0.8和b=0.6，是a(绝对值)>b,还是b>a?

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-29 01:44

wangxiaofeng 发表于 2022-7-28 22:00
老师，您好！您说比较不同分子的亲核活性是对比用局部软度，即福井函数乘上分子的全局软度，这个全局软度 ...

是
Multiwfn直接给你了局部软度，没必要自己乘
比较数值相对正负而非绝对值

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-7-29 10:07

sobereva 发表于 2022-7-29 01:44
是
Multiwfn直接给你了局部软度，没必要自己乘
比较数值相对正负而非绝对值

好的，谢谢老师！

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-7-29 11:36

wangxiaofeng 发表于 2022-7-29 10:07
好的，谢谢老师！

老师，您好！对于两个氢转移过渡态，我想比较他们的亲核能力强弱，同一零点，是不是能量低的过渡态亲核能力会比较强，可是我做出的结果却是能量高的氢的亲核能力比较强，这是什么原因呢？还是说过渡态的能量高低跟亲核能力强弱并没有关系？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-30 01:35

wangxiaofeng 发表于 2022-7-29 11:36
老师，您好！对于两个氢转移过渡态，我想比较他们的亲核能力强弱，同一零点，是不是能量低的过渡态亲核能 ...

这反应和亲核能力没太大关系

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-7-30 10:09

sobereva 发表于 2022-7-30 01:35
这反应和亲核能力没太大关系

假如这是一个亲核反应，是不是能量低的过渡态亲核能力会比较强

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-31 03:48

wangxiaofeng 发表于 2022-7-30 10:09
假如这是一个亲核反应，是不是能量低的过渡态亲核能力会比较强

你所谓的“能量低的过渡态”意义不明，化学组成不等价的体系比较绝对能量没意义
如果你是指亲核反应的过渡态势垒，势垒低也不代表亲核物质的亲核能力就一定强。因为也可能另一个反应物的亲电能力更强，或者位阻效应更小，或者亲核物质更容易离去等等。势垒高低是多方面因素综合的结果。

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-8-1 09:38

sobereva 发表于 2022-7-31 03:48
你所谓的“能量低的过渡态”意义不明，化学组成不等价的体系比较绝对能量没意义
如果你是指亲核反应的过 ...

好的，明白，谢谢老师！如果要研究两个氢转移过渡态的区别，除了若相互作用分析，NBO等一些常见方法，还能通过什么方法分析？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-1 21:59

wangxiaofeng 发表于 2022-8-1 09:38
好的，明白，谢谢老师！如果要研究两个氢转移过渡态的区别，除了若相互作用分析，NBO等一些常见方法，还 ...

得拿具体体系来说事
Multiwfn里大量成键分析也可能有用
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）
另外还有Distortion-interaction分析，论坛里有许多次讨论。

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-8-2 20:46
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-8-2 20:49 编辑

sobereva 发表于 2022-8-1 21:59
得拿具体体系来说事
Multiwfn里大量成键分析也可能有用
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

好的，谢谢老师！请问Distortion-interaction分析论坛，可以分享一下网址吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-3 04:08

wangxiaofeng 发表于 2022-8-2 20:46
好的，谢谢老师！请问Distortion-interaction分析论坛，可以分享一下网址吗？

干嘛不自己搜？

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-8-3 10:01

sobereva 发表于 2022-8-3 04:08
干嘛不自己搜？

我有搜到，想跟您确认一下是不是这个论坛，http://bbs.keinsci.com/thread-23990-1-1.html 麻烦老师了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)