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标题: fftk优化bond的参数问题 [打印本页]

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-7-24 00:02
标题: fftk优化bond的参数问题
大家好：
我在用vmd的fftk优化参数，其中bond optimization时，得到了hess.gau和hess.chk文件，其中hess.gau文件格式如下，我把gau和chk文件都拷贝到了安装高斯的目录下面，然后用高斯进行单机计算，但是总是报错：
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =    1 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    67072 FType=2 FMxFil=10000

Number          0
Base       20480
End       67072
End1       67072
Wr Pntr    20480
Rd Pntr    20480
Length    46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

hess.gau文件：
%chk=hess2.chk
%nprocshared=12
%mem=6GB
# MP2/6-31G* Geom=(AllCheck,ModRedundant) Freq NoSymm IOp(7/33=1) SCF=Tight Guess=Read

B * * K
A * * * K
L * * * K
D * * * * K
B 2 1 A
B 3 1 A
B 4 1 A
B 5 1 A
B 6 5 A
B 7 5 A
B 8 6 A
B 9 6 A
B 10 6 A
B 23 8 A
B 24 8 A
B 11 10 A
B 12 10 A
B 13 10 A
B 14 13 A
B 15 13 A
B 16 13 A
D 18 15 13 14 A
D 19 15 13 14 A
D 17 15 13 16 A
D 18 15 13 16 A
D 19 15 13 16 A

请问是什么原因，该怎么解决呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-24 00:29
我并未用过那东西，既然用了Geom=AllCheck和 Guess=Read，首先你得确保做这步之前已经有hess2.chk了。更具体原因，得看输出文件。

顺带一提，MP2/6-31G*是糟糕至极的级别，结果精度远不如便宜得多的B3LYP/6-31G*。很多搞力场参数化的人是分子模拟出身，不是很懂量化，用的量化计算级别是相当糟糕的。

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-7-24 06:34
有可能是存储空间不够大，之前我用FFTK的时候出现过类似情况。另外就是得检查你的FFTK流程是否完整，比如是否前面的步骤已经完成。另外，FFTK通常不需要把你的输入输出文件拷贝到高斯目录，只需要在FFTK预处理和后处理的时候制定好位置即可。所以很多步骤，尤其是后面优化二面角的时候，还可以直接放到集群或者是超算上面跑。不过我建议是把每个步骤单独放一个文件夹，以免弄混。

但是还是如社长所说，还不如换个量化级别来做，杂化泛函都要好很多，还很快。

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-7-24 09:42

sobereva 发表于 2018-7-24 00:29
我并未用过那东西，既然用了Geom=AllCheck和 Guess=Read，首先你得确保做这步之前已经有hess2.chk了。更具 ...

嗯，已经有hess2.chk文件存在, 非常感谢您关于机组的建议。

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-7-24 09:45

yjmaxpayne 发表于 2018-7-24 06:34
有可能是存储空间不够大，之前我用FFTK的时候出现过类似情况。另外就是得检查你的FFTK流程是否完整，比如是 ...

嗯嗯，非常感谢。

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-7-24 09:48

yjmaxpayne 发表于 2018-7-24 06:34
有可能是存储空间不够大，之前我用FFTK的时候出现过类似情况。另外就是得检查你的FFTK流程是否完整，比如是 ...

请问您是用什么机组做的fftk？

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-7-24 14:28

向日葵天涯发表于 2018-7-24 09:48
请问您是用什么机组做的fftk？

视情况而定，我一般用6-31G(d,p)。当然了，有些时候为了和原始力场参数匹配，我也要考虑使用做力场时候使用的量化级别，还得先测试了才知道。有些时候量化级别差别太大，会导致优化得到的参数大幅度变化。除非你是完全使用优化得到的参数，而不用考虑原生力场参数，那么可以忽略量化级别的差异而选择最合适的方法来做。

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-7-24 15:20

yjmaxpayne 发表于 2018-7-24 14:28
视情况而定，我一般用6-31G(d,p)。当然了，有些时候为了和原始力场参数匹配，我也要考虑使用做力场时候 ...

我是想得到氮甲基取代多肽的charmm27力场参数，和天然氨基酸不同，它是酰胺键的氮有甲基取代，我想用fftk得到相关参数，然后用charmm27力场跑模拟。请问您有什么建议吗？

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-7-24 15:57

向日葵天涯发表于 2018-7-24 15:20
我是想得到氮甲基取代多肽的charmm27力场参数，和天然氨基酸不同，它是酰胺键的氮有甲基取代，我想用fftk ...

如果是这样的话，那还是得尽量把量化级别选了靠近做charmm27的为好。在加载力场参数的时候直接用charmm27就好，然后通过fftk找出missing parameters。再一步步往下走。电荷估计得考虑水环境，或者用RESP也行。倒是优化键参数不会受到电荷太大的影响。

作者
Author: 向日葵天涯 时间: 2018-7-24 16:22

yjmaxpayne 发表于 2018-7-24 15:57
如果是这样的话，那还是得尽量把量化级别选了靠近做charmm27的为好。在加载力场参数的时候直接用charmm2 ...

好的，谢谢！

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2022-6-24 14:56

yjmaxpayne 发表于 2018-7-24 06:34
有可能是存储空间不够大，之前我用FFTK的时候出现过类似情况。另外就是得检查你的FFTK流程是否完整，比如是 ...

老师你好，我想问问fftk是否可以用 B3lyp/6-31G*级别来做力场？

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2022-7-1 14:19

Elden、Lord 发表于 2022-6-24 14:56
老师你好，我想问问fftk是否可以用 B3lyp/6-31G*级别来做力场？

可以，对量化级别没有限制。

作者
Author: 数据挖掘 时间: 2024-10-14 16:20
换一个版本的gaussian试试，比如g16

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