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标题: DIRAC17在centos7上的安装（intel15 and openmpi2.02） [打印本页]
作者
Author: ggdh    时间: 2018-7-25 21:39
标题: DIRAC17在centos7上的安装（intel15 and openmpi2.02）
本帖最后由 ggdh 于 2018-7-25 23:01 编辑

DIRAC主要特色是相对论量化计算。
DIRAC官网：http://www.diracprogram.org
DIRAC17手册地址：http://www.diracprogram.org/doc/release-17/
DIRAC教学: PhD course - Introduction to Relativistic Quantum Chemistry
DIRAC手册写的还挺漂亮,reStructuredText确实不错。手册上的安装也写得比较详细，不过安装方法还是看这种流程式的步骤方便，同时参考手册。下面的命令可以直接复制，假设用户的初始位置是家目录下（/home/XXX)，注意把命令中的XXX替换为你自己的用户名。

系统准备
------------
linux下安装软件，通常最重要也是最麻烦的步骤就是这一步。
1.安装intel compilers （官方推荐版本是13.0-15.0.，这里使用的版本是15）
2.安装openmpi （官方推荐的版本是OpenMPI 1.6.2-1.8.5，或者IntelMPI 4.1-5.0，这里使用的是OpenMPI 2.0.2）
3.安装anaconda python2.7
4.安装cmake（官方推荐版本是2.8.10-3.5），boost (官方推荐版本是1.54.0-1.60.0），这里直接使用yum安装
  1. sudo yum install boost cmake zlib boost-devel
复制代码

5. 下载pcmsolver（也可在正式安装过程中下载，不过有可能特别慢，因此可以先下载好）
  1. git clone https://github.com/PCMSolver/
复制代码

这里默认在目录'/home/XXX'下运行上述命令，因此下载完成后会产生一个'/home/XXX/pcmsolver'的文件夹


正式安装
------------
1，解压, 并进入解压后目录
  1. tar -zxvf DIRAC-17.0-Source.tar.gz
  2. cd DIRAC-17.0-Source
复制代码

2，设置编译器，选择安装目录
  1. ./setup --fc=mpif90 --cc=mpicc --cxx=mpicxx --mpi --mkl=sequential --prefix=/home/XXX/DIRAC17
  2. mkdir /home/XXX/DIRAC17
复制代码

3，修改src/pcm/CMakeList.txt文件，将其中的
'GIT_REPOSITORY  https://github.com/PCMSolver/'
替换成
'GIT_REPOSITORY /home/XXX/pcmsolver/' (之前没有单独下载pcmsolver, 可以跳过这一步，不过下一步可能因为要下载pcmsovler变得可能特别慢）
  1. sed -i 's;https://github.com/PCMSolver;/home/XXX/pcmsolver;' src/pcm/CMakeList.txt
复制代码

4, 进入第二步生成的build目录，开始编译，这里可以采用make -j n 采用多核并行编译。
  1. cd build
  2. make
复制代码

5，测试安装
  1. export DIRAC_TMPDIR=/tmp                #测试时的临时文件目录
  2. export DIRAC_MPI_COMMAND="mpirun -np 8"        #测试时的并行核数
  3. make test
复制代码

6，完成安装，写入环境变量
  1. make install
  2. echo 'export PATH=/home/XXX/DIRAC17/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
  3. source ~/.bashrc
复制代码

7，运行
  1. pam-dirac -h
复制代码
查看dirac的运行办法
新手可以进入本文开头给的DIRAC教学链接进一步学习。









作者
Author: haikuotiankong    时间: 2018-7-26 09:27
请问老师，这个软件主要针对哪些具体的物理或化学问题比较有优势，能否举两个栗子，谢谢。
作者
Author: kkwang    时间: 2018-11-3 11:11
我在安装DIRAC17时出现如下错误，请问，这是什么原因，下面该如何操作呢？

[ticnn@ticnn DIRAC17]$ cd build
[ticnn@ticnn build]$ make
Scanning dependencies of target gen_fortran_interface_h
[  0%] Building C object CMakeFiles/gen_fortran_interface_h.dir/utils/gen_fortran_interface_h.c.o
[  0%] Linking C executable gen_fortran_interface_h
[  0%] Built target gen_fortran_interface_h
Scanning dependencies of target pcmsolver
[  0%] Creating directories for 'pcmsolver'
[  0%] Performing download step (git clone) for 'pcmsolver'
CMake Error at pcmsolver-stamp/pcmsolver-download-release.cmake:16 (message):
  Command failed: 1

   '/usr/local/bin/cmake' '-P' '/home/ticnn/wk/DIRAC17/build/external/pcmsolver/tmp/pcmsolver-gitclone.cmake'

  See also

    /home/ticnn/wk/DIRAC17/build/external/pcmsolver/src/pcmsolver-stamp/pcmsolver-download-*.log


make[2]: *** [external/pcmsolver/src/pcmsolver-stamp/pcmsolver-download] error 1
make[1]: *** [src/pcm/CMakeFiles/pcmsolver.dir/all] error 2
make: *** [all] error 2
[ticnn@ticnn build]$
作者
Author: sobereva    时间: 2018-11-3 19:57
kkwang 发表于 2018-11-3 11:11
我在安装DIRAC17时出现如下错误，请问，这是什么原因，下面该如何操作呢？

[ticnn@ticnn DIRAC17]$ cd b ...

确保你机子连着网
作者
Author: yongzl    时间: 2019-12-19 12:04
请问我在安装DIRAC18的时候出现下面的提示，应该如何解决呢？谢谢
   This code is built using CMake

   CMake is not found
   get CMake at http://www.cmake.org/
   on many clusters CMake is installed
   but you have to load it first:
   $ module load cmake
作者
Author: sobereva    时间: 2019-12-19 18:43
yongzl 发表于 2019-12-19 12:04
请问我在安装DIRAC18的时候出现下面的提示，应该如何解决呢？谢谢
   This code is built using CMake

机子里没装cmake，装上就完了
作者
Author: yongzl    时间: 2019-12-19 19:32
sobereva 发表于 2019-12-19 18:43
机子里没装cmake，装上就完了

谢谢老师
作者
Author: TJCW    时间: 2021-10-8 20:24









[ 91%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/nucpot/test_contr_cgto_nucpot.F90.o
[ 92%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/nucpot/test_nucpot_hbra.F90.o
[ 93%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/nucpot/test_contr_sgto_nucpot.F90.o
[ 94%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/value/test_prim_hgto_value.F90.o
[ 95%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/f90mod/test_f90mod_sgto_sphmom.F90.o
[ 95%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/gaupot/test_gaupot_geom.F90.o
[ 96%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/odist/test_prim_hgto_odist.F90.o
[ 97%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/test_gen1int.F90.o
[ 98%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/f90mod/test_f90mod_sgto_kinene.F90.o
[ 99%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/f90mod/test_f90mod_sgto_carmom.F90.o
[100%] Linking Fortran executable test_gen1int
[100%] Built target test_gen1int
[ 21%] Performing install step for 'gen1int'
[ 53%] Built target gen1int
[100%] Built target test_gen1int
Install the project...
-- Install configuration: "release"
-- Installing: /home/ticnn3/DIRAC-soft/DIRAC-soft/DIRAC-21.0-Source/build/external/lib/libgen1int.a
[ 21%] Completed 'gen1int'
[ 21%] Built target gen1int
[ 21%] Building Fortran object src/interest/CMakeFiles/interest.dir/src/module_interest_eri.f90.o
[ 21%] Building Fortran object src/interest/CMakeFiles/interest.dir/src/module_interest_one.f90.o
[ 21%] Built target interest
[ 21%] Built target amfi
make: *** [all] Error 2

请问一下老师，我所有依赖的包都装好了，但是编译时候出现了上面的报错，是什么问题呢
作者
Author: zjxitcc    时间: 2021-10-8 20:29
TJCW 发表于 2021-10-8 20:24
[ 91%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/nucpot/test_co ...

显示信息不够，报错还在上面
作者
Author: TJCW    时间: 2021-10-9 18:59
@zjxitcc 老师，报错信息在这里，请问一下，是什么原因呢
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-12-21 06:24
TJCW 发表于 2021-10-9 18:59
@zjxitcc 老师，报错信息在这里，请问一下，是什么原因呢

就是没下载到pcmsolver，按照上面教你的手动下好改一下CmakeaList就好了

这程序现在出道21版了，用oneapi全家桶可以便已成功并且测试全部通过(omp并行)，但这玩意并行效率极其拉胯还有不少莫名其妙的bug，已知问题也有不少。

用icc编译的openmpi也可以编译成mpi版，但是由于有些功能不能mpi并行所以测试会有一些错误，而且mpi并行的效率也是极其拉胯，多数情况还不如单核
作者
Author: snljty    时间: 2022-3-3 16:17
目前版本（22）我看除了pcmsolver还需要ExaTensor库，虽然是从gitlab下载不用考虑某科学问题，但是内网服务器还是会麻烦。解决办法是类似上面钟老师的提示，编辑cmake/custom/exatensor.cmake，把https://gitlab.com/DmitryLyakh/ExaTensor.git改成自己用这个下载并传到服务器上的这个git仓库的路径。
另外boost可以尝试自己编译，不过稍麻烦。
感谢钟老师的提醒，我对CMake不熟，找了半天才知道怎么可以不自动联网下载。



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