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标题: Gaussian 09w Revision-A.02 能不能安装NBO 5 进去？ [打印本页]

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-5-6 13:28
标题: Gaussian 09w Revision-A.02 能不能安装NBO 5 进去？
最近想用NBO5 计算，不知道能不能在windows系统的G09里面安装进NBO 5 或 6？请高手指教，感激不尽！！

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-5-6 13:45
可以先生成 .47 文件，然后用NBO5导入.47文件计算就好了，
生成.47文件的方法如下：
#p b3lyp/3-21g pop=nboread

Title Card Required

0 1
O                -0.06557377 -0.47540983 0.00000000
H                0.89442623 -0.47540983 0.00000000
H                -0.38602836 0.42952600 0.00000000

$NBO ARCHIVE FILE=H2ONBO47 $END

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-5-6 14:35

diaolanxinyu 发表于 2015-5-6 13:45
可以先生成 .47 文件，然后用NBO5导入.47文件计算就好了，
生成.47文件的方法如下：
#p b3lyp/3-21g pop= ...

谢谢你的回复，计算完47文件，然后GENNBO要怎么设置呢？直接导入计算就行吗？我是想看看分子的轨道，不知道能不能用GV看？

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-5-6 14:40
我添加了47文件出现下面错误呢，这个47，文件正常计算完也会得到log文件吗？怎么看结果呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-6 17:17

xiemin821 发表于 2015-5-6 14:35
谢谢你的回复，计算完47文件，然后GENNBO要怎么设置呢？直接导入计算就行吗？我是想看看分子的轨道，不知 ...

看分子轨道和NBO完全无关，gview载入chk文件后直接就能看，也可以用Multiwfn看，见《使用Multiwfn观看分子轨道》（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=462）

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-6 17:19

xiemin821 发表于 2015-5-6 14:40
我添加了47文件出现下面错误呢，这个47，文件正常计算完也会得到log文件吗？怎么看结果呢？

你的.47文件有毛病。
算完了会产生后缀为.nbo的文件，用文本编辑器打开即可。

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-5-7 09:31

sobereva 发表于 2015-5-6 17:19
你的.47文件有毛病。
算完了会产生后缀为.nbo的文件，用文本编辑器打开即可。

谢谢sob老师的回复，我计算的是己烷的离子，不知道怎么搞的老是有问题，sob老师能帮我看看吗？谢谢！！

%chk=l6_nbo.chk
%mem=200MW
%nprocshared=2
#p opt pop=nboread uPBE1PBE/6-31+g(d) Density=Current

THF1

1 2
C                -2.49520156 0.68138195 0.00000000
H                -2.13854713 -0.32742805 0.00000000
H                -2.13852872 1.18578014 0.87365150
H                -2.13852872 1.18578014 -0.87365150
C                -4.03520156 0.68140092 0.00000000
H                -4.39185548 1.69021109 0.00019557
H                -4.39187412 0.17717157 -0.87374908
C                -4.54854411 -0.04479925 1.25726399
H                -4.19189671 -1.05361172 1.25706409
H                -4.19186448 0.45942539 2.13101289
C                -6.08854411 -0.04476991 1.25726998
H                -6.44519123 0.96404260 1.25766488
H                -6.44522397 -0.54882497 0.38342332
C                -6.60188594 -0.77121393 2.51439338
H                -6.24516668 -0.26718644 3.38823985
H                -6.24527759 -1.78004014 2.51397430
C                -8.14188594 -0.77112498 2.51443381
H                -8.49860434 -1.27515087 1.64058606
H                -8.49855850 -1.27586337 3.38788893
H                -8.49849451 0.23770114 2.51485454

$NBO ARCHIVE FILE=l6 $END

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-7 10:32

xiemin821 发表于 2015-5-7 09:31
谢谢sob老师的回复，我计算的是己烷的离子，不知道怎么搞的老是有问题，sob老师能帮我看看吗？谢谢！！
...

把优化任务最后一个结构写成单点输入文件再生成.47文件。如果还不行，再把那个单点输入文件贴出来。
density=current是多余的。

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-5-7 12:01

sobereva 发表于 2015-5-7 10:32
把优化任务最后一个结构写成单点输入文件再生成.47文件。如果还不行，再把那个单点输入文件贴出来。
d ...

还是错误呢
Structure accepted: RESONANCE keyword permits strongly delocalized structure

         --- Apparent excited state configuration ---
The following "inverted" NBO labels reflect the actual hybrid overlap:

               NBO 135 has been relabelled BD

Unable to label the NBOs properly:  25 unstarred orbitals
                                 24 occupied orbitals
Error
Error termination via Lnk1e in /usr/local/intel/g03/l607.exe at Thu May  7 12:47:18 2015.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 47.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    28 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

输入文件

%mem=200MW
%nprocshared=2
#p pop=nboread ub3lyp/6-31+g(d)

THF1

1 2
C                -3.10195600 -0.24174000 -0.00011100
H                -3.19935100 -0.85926800 0.89571500
H                -3.19895400 -0.85951300 -0.89580900
H                -3.92259400 0.50083100 -0.00038900
C                -1.82703200 0.62327300 0.00005000
H                -1.75688200 1.24782400 -0.89260100
H                -1.75708100 1.24777200 0.89275300
C                -0.62455800 -0.45225000 0.00014200
H                -0.69420100 -1.07243300 0.89535000
H                -0.69423300 -1.07262500 -0.89493000
C                0.62455800 0.45225100 0.00002000
H                0.69414900 1.07249800 -0.89514600
H                0.69428500 1.07256000 0.89513400
C                1.82703200 -0.62327300 -0.00002000
H                1.75695400 -1.24780300 -0.89269100
H                1.75700800 -1.24779300 0.89266300
C                3.10195600 0.24174000 -0.00005700
H                3.19918700 0.85937400 0.89571200
H                3.92259400 -0.50083100 -0.00010100
H                3.19911700 0.85940600 -0.89581200

$NBO ARCHIVE FILE=L5NBO47 $END

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-7 17:20
已测试，NBO5也处理不了，但是NBO6能正常分析。NBO6地址：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=489

先用此输入文件产生.47文件。SKIPBO用来跳过NBO分析部分免得直接就报错了

#p pop=nboread ub3lyp/6-31+g(d)
THF1
1 2
C -3.10195600 -0.24174000 -0.00011100
H -3.19935100 -0.85926800 0.89571500
H -3.19895400 -0.85951300 -0.89580900
H -3.92259400 0.50083100 -0.00038900
C -1.82703200 0.62327300 0.00005000
H -1.75688200 1.24782400 -0.89260100
H -1.75708100 1.24777200 0.89275300
C -0.62455800 -0.45225000 0.00014200
H -0.69420100 -1.07243300 0.89535000
H -0.69423300 -1.07262500 -0.89493000
C 0.62455800 0.45225100 0.00002000
H 0.69414900 1.07249800 -0.89514600
H 0.69428500 1.07256000 0.89513400
C 1.82703200 -0.62327300 -0.00002000
H 1.75695400 -1.24780300 -0.89269100
H 1.75700800 -1.24779300 0.89266300
C 3.10195600 0.24174000 -0.00005700
H 3.19918700 0.85937400 0.89571200
H 3.92259400 -0.50083100 -0.00010100
H 3.19911700 0.85940600 -0.89581200
$NBO SKIPBO ARCHIVE FILE=c:\L5NBO47 $END

复制代码

这是结果

(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-5-7 18:25

sobereva 发表于 2015-5-7 17:20
已测试，NBO5也处理不了，但是NBO6能正常分析。NBO6地址：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthrea ...

好的谢谢，但是我对于out文件有些问题，请指教，感激不尽
1. Population inversion found on atom  C  1
   Population inversion found on atom  C  5
   Population inversion found on atom  C  8
   Population inversion found on atom  C 11
   Population inversion found on atom  C 14
   Population inversion found on atom  C 17
这个是什么意思呢？

2. 为什么我计算的是一个分子，他分析给分成三段了呢？为啥分成这三段呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-7 18:54

xiemin821 发表于 2015-5-7 18:25
好的谢谢，但是我对于out文件有些问题，请指教，感激不尽
1. Population inversion found on atom C ...

1 并不代表结果错误。它说明占据数高低顺序与能量高低顺序不符。如果是低阶里德堡轨道占据数稍微大了一点点而导致的，那没关系，如果是里德堡轨道有较高占据数，说明此时的密度是激发态密度。
2 NBO根据BD划分unit，被BD相连的原子都当成同一个unit。NBO判断是否存在BD本来就有很大局限性，超过占据数阈值则有否则则没有。所以不要太把NBO当回事。很多人过高估计NBO的合理性和用处了。

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-5-8 08:32

sobereva 发表于 2015-5-7 18:54
1 并不代表结果错误。它说明占据数高低顺序与能量高低顺序不符。如果是低阶里德堡轨道占据数稍微大了一点 ...

懂了一点，多谢指点

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-5-27 15:16

sobereva 发表于 2015-5-7 17:20
已测试，NBO5也处理不了，但是NBO6能正常分析。NBO6地址：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthrea ...

Sob老师不好意思，我想问下NBO5.9能算我的这个吗？因为在国外，不好意思叫他们用盗版的

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-27 23:05
可以

作者
Author: xiemin821 时间: 2015-6-9 12:36

sobereva 发表于 2015-5-27 23:05
可以

sob老师，那NBO5.9计算的还是错误呀，不知道怎么办好，难道只能用NBO6？为啥会错误呢？请指教，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-9 15:26

xiemin821 发表于 2015-6-9 12:36
sob老师，那NBO5.9计算的还是错误呀，不知道怎么办好，难道只能用NBO6？为啥会错误呢？请指教，谢谢

去掉弥散函数再试。弥散函数对于此体系毫无意义

作者
Author: lt19930703 时间: 2016-10-14 21:31

diaolanxinyu 发表于 2015-5-6 13:45
可以先生成 .47 文件，然后用NBO5导入.47文件计算就好了，
生成.47文件的方法如下：
#p b3lyp/3-21g pop= ...

请问生成.47文件的方法中，其中的方法、基组得设成自己所用的方法还是直接就可以你上面写的b3lyp/3-21g?

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2016-10-15 15:59

lt19930703 发表于 2016-10-14 21:31
请问生成.47文件的方法中，其中的方法、基组得设成自己所用的方法还是直接就可以你上面写的b3lyp/3-21g?

你想用什么方法和基组就改成什么就好了，把我这个当成是个例子就行

作者
Author: lt19930703 时间: 2016-10-17 08:51

diaolanxinyu 发表于 2016-10-15 15:59
你想用什么方法和基组就改成什么就好了，把我这个当成是个例子就行

请问是不是将这些关键词写好后，用G09跑完，将输出的.out或者.log的后缀直接改成.47，然后再用GenNBO读取就可以得到想要的NBO？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-18 04:40

lt19930703 发表于 2016-10-17 08:51
请问是不是将这些关键词写好后，用G09跑完，将输出的.out或者.log的后缀直接改成.47，然后再用GenNBO读取 ...

否
.47文件是通过pop=nboread然后末尾空一行写诸如$NBO archive file=c:\ltwd $END产生的，file指定产生目录

作者
Author: lt19930703 时间: 2016-10-18 14:41
多谢Sob老师，这样的.47文件的产生必须是在哪个程序下吗？

作者
Author: lt19930703 时间: 2016-10-18 15:02
老师，我用G09跑完，在Scratch中找到了.47文件，应该是这样的吧？

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