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标题: Dmol3简单分子结构优化后仍有虚频 [打印本页]

作者
Author: FreesiaCC 时间: 2018-7-30 17:46
标题: Dmol3简单分子结构优化后仍有虚频
尝试计算了一些简单分子，在结构优化之后仍存在一到两个虚频，这是为什么呢？是参数设置的问题吗？下面附上O2分子结构优化和频率计算的文件，麻烦各位前辈帮忙解答一下，万分感激

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-7-30 22:37
算分子不用放到格子里面，否则自找麻烦。

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Author: xylz6188 时间: 2018-7-31 07:14
调节一下结构的摆放位置，或许可以消除。是在不行，虚频小于40可以忽略

作者
Author: FreesiaCC 时间: 2018-8-1 16:39

卡开发发发表于 2018-7-30 22:37
算分子不用放到格子里面，否则自找麻烦。

谢谢老师的解答，不放在格子里确实没有虚频了，我在看文献时发现算分子在表面的吸附时大都将分子放在格子里进行结构优化，加格子与否对分子的频率计算为什么有如此大的影响呢？那通过放在格子中的其他非分子结构如催化剂表面等的频率计算结果推断结构的稳定性是否是准确的呢？

作者
Author: FreesiaCC 时间: 2018-8-1 16:42

xylz6188 发表于 2018-7-31 07:14
调节一下结构的摆放位置，或许可以消除。是在不行，虚频小于40可以忽略

谢谢回答~请问为什么结构的位置会对频率计算影响这么大呢，我改变了位置之后频率结果会有很大差别，但还是没有消除虚频，甚至是高于40的。明明是相同的结构计算结果却相差很多，如何判断哪个是可靠的结果呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-8-1 19:14

FreesiaCC 发表于 2018-8-1 16:39
谢谢老师的解答，不放在格子里确实没有虚频了，我在看文献时发现算分子在表面的吸附时大都将分子放在格子 ...

分子的整体转动和平动被划分为振动了，按照气体处理应当要把这些模式投影掉，但加上边界之后程序认定这个是固体就不做这件事了。同时要注意的是，因为这样，即便没有虚频，程序也不会对气体进行平动和转动相关的热力学量计算。按照道理说，盒子只要无穷大，有没有盒子结果应该一样，所以总体来说气体处理用这种做法是自找麻烦。固体本身整体运动本来就体现在声学支振动原则上不会出现这种情况。

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-8-1 20:39

FreesiaCC 发表于 2018-8-1 16:42
谢谢回答~请问为什么结构的位置会对频率计算影响这么大呢，我改变了位置之后频率结果会有很大差别，但还 ...

我做过类似的优化，最后却是把虚频消了。之所以放到盒子里会出现你说的情况，是因为这时已经形成一个cell，分子之间的相互作用加大了（你可以扩展晶胞看看就明白了），但当晶胞足够大时，这久可以忽略额。其实，FreesiaCC的回答已经很全面。

作者
Author: FreesiaCC 时间: 2018-8-1 21:34

卡开发发发表于 2018-8-1 19:14
分子的整体转动和平动被划分为振动了，按照气体处理应当要把这些模式投影掉，但加上边界之后程序认定这个 ...

谢谢老师的讲解，万分感激

作者
Author: FreesiaCC 时间: 2018-8-1 21:35

xylz6188 发表于 2018-8-1 20:39
我做过类似的优化，最后却是把虚频消了。之所以放到盒子里会出现你说的情况，是因为这时已经形成一个cell ...

我明白了，谢谢您的讲解

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-8-1 23:19

FreesiaCC 发表于 2018-8-1 21:35
我明白了，谢谢您的讲解

简单说起来就是cell破坏了盒子的内分子的孤立性和旋转不变性，但原则上处理的合理的情况还是可以避免的。

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-10-18 20:20
您好，我也遇到了这种情况。我盒子里面放的是固体，请问您最后是怎样解决的呢？

作者
Author: FreesiaCC 时间: 2019-4-26 15:06

CocuLiu 发表于 2018-10-18 20:20
您好，我也遇到了这种情况。我盒子里面放的是固体，请问您最后是怎样解决的呢？

去掉格子之后我这个分子计算就没有虚频存在了，如果一定要放在格子里我觉得你可以把格子加大一点试试

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