计算化学公社

标题: ABCluster 2.0 版发布 (新功能：施加电场，跨节点并行等) [打印本页]

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2018-7-31 12:44
标题: ABCluster 2.0 版发布 (新功能：施加电场，跨节点并行等)

ABCluster是一款强大方便高效的用于搜索团簇全局和局部极小点的软件，自推出以来已成功地应用于多个研究工作。现在（2018年8月1日）ABCluster推出大更新2.0版，这版有很多重大更新：

• 对于rigidmol-optimizer, ABCluster 可以为分子团簇施加外加电场。
• 对于isomer和lego，初始结构的产生算法有了大大改进，例如移除原子碰撞，粗略优化等。搜索效率有了质的提升！
• isomer和lego可以跨节点并行。
• 对于isomer和lego，提供了DMol3的接口。(感谢Mr. Kai Wang).
  

下载地址： http://www.zhjun-sci.com/software-abcluster-download.php

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作者
Author: ikea1984    时间: 2018-8-1 01:13
雪中送炭啊

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作者
Author: kyuu    时间: 2018-8-1 16:51
冷大姐威武

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作者
Author: 局部的人    时间: 2018-8-1 19:14
对于离子簇 给某个方向上加电场真的是复印！！！！！！！

给张老师鞠躬！

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作者
Author: laomalao    时间: 2018-8-2 23:49
谢谢！
要是有在服务器上如何安装使用的详细教程就好了。。
1.5.1的版本尝试用了，但花了两个星期没有在服务器上运行成功(原谅小白边学脚本边尝试调用服务器上的g09或g16计算。。。)

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2018-8-4 12:31

laomalao 发表于 2018-8-2 23:49
谢谢！
要是有在服务器上如何安装使用的详细教程就好了。。
1.5.1的版本尝试用了，但花了两个星期没有在 ...

什么样的服务器？

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作者
Author: laomalao    时间: 2018-8-6 06:33

coolrainbow 发表于 2018-8-4 12:31
什么样的服务器？

学校的计算平台，CentOS 7
上面装好了高斯G09,G16,orca等。

1. 我自己的地址是 /work/...
2.调用G09的脚本是：
#!/bin/tcsh
#$ -cwd
#$ -N NAMEofJOB
#$ -pe mp 2
#$ -j y
#$ -l h_rt=198:00:00
#$ -l mem_free=8G
#Gaussian
module load g16
setenv GAUSS_SCRDIR $TMPDIR
#
g16 < NAMEofJOB.gjf > NAMEofJOB.log
#

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2018-8-7 11:30

laomalao 发表于 2018-8-6 06:33
学校的计算平台，CentOS 7
上面装好了高斯G09,G16,orca等。

可以试试这个方法。脚本写成：

文件名：submit.pbs

#!/bin/tcsh
#$ -cwd
#$ -N NAMEofJOB
#$ -pe mp 2
#$ -j y
#$ -l h_rt=198:00:00
#$ -l mem_free=8G
#Gaussian
module load g16
setenv GAUSS_SCRDIR $TMPDIR
#
fn=filename
g16 < ${fn}.gjf > ${fn}.log
#

文件名:jobhold.sh

#!/bin/bash

# Submit and get job ID.
me=`whoami`
jobid=`qsub submit.pbs | tail -n 1`

# Detect if the job is finished.
sleep_time=10 # in second
jobstate="Q"
while [ -n "${jobstate}" ]
do
    sleep ${sleep_time}
    jobstate=`qstat -u ${me} | grep ${jobid}`
done

你的inp中的>>>>写为：

>>>>
xyz2gaussian optfile $inp$ > $xxx$.gjf
sed -i '12c fn=$xxx$' submit.pbs
./jobhold.sh
gaussian2xyz $xxx$.log > $out$
rm $xxx$.gjf $xxx$.log
>>>>

然后就可以通过PBS调用Gaussian了。不过具体脚本可能需要根据你的作业系统的表现来修改。以上脚本在我这里的作业系统通过。

具体解释可以参见：http://www.zhjun-sci.com/docs/abcluster/ABCluster-pbs-ZH.pdf

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作者
Author: smooth85    时间: 2018-8-8 17:17
很有意思的程序，能否简单介绍下外加电场的原理呢？Gaussian中的field关键词可以做类似的工作，但体系在加了电场优化以后，分子构型不会发生很大变化。
尝试寻找ABCluster 的原始文献未遂。谢谢~

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作者
Author: laomalao    时间: 2018-8-9 02:21

coolrainbow 发表于 2018-8-7 11:30
可以试试这个方法。脚本写成：

文件名：submit.pbs

非常感谢！这两天我又尝试了下使用，还是遇到了问题。

1.isomer mol.inp > mol.out出现了这个错误：
isomer: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by isomer)
2. isomer中所有的“GLIBCXX_3.4.21”替换为’GLIBCXX_3.4.19‘
3.运行isomer mol.inp > mol.out出现新的错误：VT102VT102
-bash: VT102VT102: command not found


请问还有救不

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作者
Author: sobereva    时间: 2018-8-9 06:51

smooth85 发表于 2018-8-8 17:17
很有意思的程序，能否简单介绍下外加电场的原理呢？Gaussian中的field关键词可以做类似的工作，但体系在加 ...

电场影响的是势能面形状。由于优化只会优化到初猜结构附近的极小点，电场不太大的话，对极小点结构影响往往也不大。如果你加电场做个动力学，由于热运动能够跨越势垒，往往就会明显看到电场对团簇结构的影响。

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2018-8-14 21:34

laomalao 发表于 2018-8-9 02:21
非常感谢！这两天我又尝试了下使用，还是遇到了问题。

1.isomer mol.inp > mol.out出现了这个错误：

你是怎么“替换的”？把isomer二进制文件里的字符串改了？这可不行。你需要安装最新版本的GCC，这样新版本的libstdc++.so.6就包含GLIBCXX_3.4.21了

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2018-8-14 21:39

smooth85 发表于 2018-8-8 17:17
很有意思的程序，能否简单介绍下外加电场的原理呢？Gaussian中的field关键词可以做类似的工作，但体系在加 ...

这个功能是2018年7月底加的， 原始文献里面没有。具体来是就是势能面里加了一个能量项。以下公式来自手册2.0：
(, 下载次数 Times of downloads: 55)

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点击下载
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作者
Author: 局部的人    时间: 2018-10-10 16:38


张老师 有几个问题咨询一下：
1. 在abcluster2.0-ppt.pdf P48中强调了 如果使用外加电场作构型搜索，体系中不可以存在带电成分，即便总体系电荷为0也不可以 请问这个原因是什么？
2. emmmmm之前咨询其他老师的时候提到 如果根据这个势能面的添加项看，阴离子并不会影响外加电场，所以我跑来再问一下张老师 是不是阴离子也不能使用这个功能。。。
3. 张老师准备继续开发2.1版本。。。允许对带电体系的优化么

谢谢！！！

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2018-10-11 01:31

局部的人 发表于 2018-10-10 16:38
张老师 有几个问题咨询一下：
1. 在abcluster2.0-ppt.pdf P48中强调了 如果使用外加电场作构型搜索，体系 ...

对于量子化学计算，只要整体电荷为0，电场下的优化就能稳定，因为电荷可以在不同的片段间分布。

对于分子力学计算，比如rigidmol-optimizer，因为电荷不能在分子片间分布，所以存在电场时，单独带电荷的东西会跑到无穷远降低能量，所以会被拆散。

“阴离子并不会影响外加电场”这个话我没有明白是什么意思。

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作者
Author: 局部的人    时间: 2018-10-11 15:04

coolrainbow 发表于 2018-10-11 01:31
对于量子化学计算，只要整体电荷为0，电场下的优化就能稳定，因为电荷可以在不同的片段间分布。

对于 ...

我懂老师的意思了

“阴离子并不会影响外加电场”的意思 大概是看到了ppt里的P31 讲述硫酸根在分子力场下的构型优化 于是我们提出猜测 是不是硫酸根这样的阴离子在有电场作用下 再作力场的构型搜索（就是能不能不让硫酸根离子感受到外电场，而只让水分子感受到） ，或者是这样的过程能不能再之前的程序里实现呢？

那我多问一下张老师 那能否用再运用rigidmol-opt 这个力场优化好一个尺寸在150-200个原子的大团簇结构后 能否把外电场作为动力学考虑标准（包括结构影响 运动性质分析）如果可以的话 这个动力学怎么设计比较合适呢？

谢谢

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作者
Author: zhongyuabc    时间: 2018-10-30 10:55
您好！用ABCluster搜索到金属团簇的全局最小和局域最小构型，是不是只用全局最小构型进行更高精度的优化就可？还是说全局最小和局域最小都要优化，然后根据优化后的结构来判断选取某一个进行更深入的研究？谢谢解答

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作者
Author: hpq    时间: 2019-3-8 21:36
请问下  我下载Windows下的ABCluster后， 双击打开其中任意模块都会闪退，这是什么原因啊？

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作者
Author: qq8942128    时间: 2019-3-20 15:12
老师，您好，请问一下，使用lego做分子团簇的时候，单个分子的原子数量是否有限制？

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