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标题: 求推荐计算RRKM的软件及使用KiSThelP遇到的问题 [打印本页]

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Author: 快乐如我 时间: 2018-8-1 03:26
标题: 求推荐计算RRKM的软件及使用KiSThelP遇到的问题
本帖最后由快乐如我于 2018-8-1 16:06 编辑

请教群里各位前辈如何通过RRKM计算反应速率。。。
我从网上搜了一下，也专门学习了一下sob老师的帖子，其中使用KiSThelP计算反应速率常数的，但里面没有涉及RRKM的讨论，我翻看了软件手册，还是不太懂：
1) 需要输入反应物的the depth of the Lennard-Jones potential well in kelvin和collision diameter。。。
但我计算的反应物只是一个反应中间体，其越过能垒生成另一个中间体的速率，该如何确定这些值呢？
2）另外从一个中间体解离成两个产物的速率，中间不需要过渡态，又该如何计算呢？

此外，MultiWell这个软件不知道有木有人尝试过呢？

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Author: sobereva 时间: 2018-8-1 05:44
1 自行获得参数。可通过势能面扫描拟合中间体与环境分子之间的质心距离曲线，用LJ势拟合，来确定这俩参数
2 看情况。可能变分RRKM理论会有用

如果你的目的不是计算压力依赖的k，没必要用RRKM。高压极限下RRKM和TST结果是相同的。

作者
Author: 快乐如我 时间: 2018-8-1 16:06

sobereva 发表于 2018-8-1 05:44
1 自行获得参数。可通过势能面扫描拟合中间体与环境分子之间的质心距离曲线，用LJ势拟合，来确定这俩参数
...

非常非常感谢老师的解答。
还有个问题想请教一下sob老师，如果我只是用您帖子里提到的VTST方法，在计算没有过渡态的产物解离情况，怎么做IRC计算得到输入文件呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-1 23:03

快乐如我发表于 2018-8-1 16:06
非常非常感谢老师的解答。
还有个问题想请教一下sob老师，如果我只是用您帖子里提到的VTST方法，在计算 ...

IRC和平时完全一样，只不过对于正则变分过渡态理论，需要手动对TS附近的IRC各个点做振动分析，看IRC上有没有自由能极大点

作者
Author: 快乐如我 时间: 2018-8-2 01:58

sobereva 发表于 2018-8-1 23:03
IRC和平时完全一样，只不过对于正则变分过渡态理论，需要手动对TS附近的IRC各个点做振动分析，看IRC上 ...

好的，我试一下，谢谢老师

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Author: 陈丢丢 时间: 2018-9-12 10:16
Sobereva老师，我用KiSThelP计算反应速率常数，昨天还能计算，但今天我一打开这个软件，打算构建用于TST计算的反应路径的.kinp文件的时候，就显示错误，但我的IRC文件是正常结束的，请问下老师，这个问题该如何解决呢？显示的错误如下图所示。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-12 10:47

陈丢丢发表于 2018-9-12 10:16
Sobereva老师，我用KiSThelP计算反应速率常数，昨天还能计算，但今天我一打开这个软件，打算构建用于TST计 ...

本来就不应该用IRC任务的输出文件

作者
Author: 陈丢丢 时间: 2018-9-12 11:06

sobereva 发表于 2018-9-12 10:47
本来就不应该用IRC任务的输出文件

谢谢sobereva老师。我一下子给看叉了

，应该是用OUT文件，我刚才又用了OUT文件尝试计算了，我计算两个反应，一个OUT文件在构建.kinp文件时会跳出来如下图所示的窗口，另外一个OUT文件就不会跳出，直接让我命名保存，请问下老师，这是因为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-12 11:09

陈丢丢发表于 2018-9-12 11:06
谢谢sobereva老师。我一下子给看叉了，应该是用OUT文件，我刚才又用了OUT文件尝试计算了，我计算两个 ...

因为这是多步任务
不用管那个提示

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Author: 陈丢丢 时间: 2018-9-12 11:15

sobereva 发表于 2018-9-12 11:09
因为这是多步任务
不用管那个提示

好的，好的，谢谢老师！

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Author: xuejunfei1987 时间: 2019-3-22 22:47

sobereva 发表于 2018-8-1 05:44
1 自行获得参数。可通过势能面扫描拟合中间体与环境分子之间的质心距离曲线，用LJ势拟合，来确定这俩参数
...

sob老师能不能稍微详细解释一下这个1 自行获得参数，我最近在做一个自由基的研究，要知道这个自由基单分子解离和异构化的速率常数，需要用RRKM，但是那俩参数，我完全不知道怎么获得，你的这个解释我还是不是很明白，麻烦解释的详细一些，找了半天也没找到，只有您能帮我了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-23 03:34

xuejunfei1987 发表于 2019-3-22 22:47
sob老师能不能稍微详细解释一下这个1 自行获得参数，我最近在做一个自由基的研究，要知道这个自由基单分 ...

用量化扫描二者间的距离，用Origin拟合势能曲线。善用本论坛首页google框
不可能每一步都详细说明，那就成写专题文章了

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Author: 最爱喵星人 时间: 2020-3-31 12:41

sobereva 发表于 2019-3-23 03:34
用量化扫描二者间的距离，用Origin拟合势能曲线。善用本论坛首页google框
不可能每一步都详细说明，那就 ...

请问一下，在用rrkm求速率时，软件中还提到dilute gas 的the depth of the Lennard-Jones potential well in kelvin和collision diameter。假如我不考虑与其它环境分子的作用，这里都写0吗？
如果是就会跳出警告说too many evaluations excption error. problem encounted while performing 3-parameters arrhenius fit during the optimization procedure. 然后得到的能量速率什么的都是NaN

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-1 03:19

最爱喵星人发表于 2020-3-31 12:41
请问一下，在用rrkm求速率时，软件中还提到dilute gas 的the depth of the Lennard-Jones potential well ...

有这个问题体现你完全没搞懂RRKM的基本原理，多看看相关知识再做计算

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