计算化学公社

标题: 关于gromacs使用GPU的问题？ [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-8-2 16:22
标题: 关于gromacs使用GPU的问题？
请问各位老师、朋友,"关于gromacs使用GPU的问题"。

请问在使用gmx_mpi mdrun -ntomp 20 -nb gpu -v -deffnm npt -gpu_id 01命令时，我想调用两块gpu（id为0和1），报错“gmx_mpi was started with 1 PP MPI process per node, but you provided 2 GPUs”我怎样提高 PP MPI？

作者
Author: beyond 时间: 2018-8-3 18:49
使用MPI

mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ......

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-8-3 19:13

beyond 发表于 2018-8-3 18:49
使用MPI

mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ......

非常感谢

作者
Author: quer 时间: 2019-3-7 15:47

beyond 发表于 2018-8-3 18:49
使用MPI

mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ......

抱歉我在使用gromacs5.0.7时遇到了同样的问题（超算上自带版本较老），最早也是觉得加 -np 2 就可以，但是加了以后仍然会有同样的错误，不知道是不是版本的问题
Using 1 MPI process
Using 12 OpenMP threads

2 GPUs detected on host gpu01.hpc.pku.edu.cn:
#0: NVIDIA Tesla P100-PCIE-16GB, compute cap.: 6.0, ECC: yes, stat: compatible
#1: NVIDIA Tesla P100-PCIE-16GB, compute cap.: 6.0, ECC: yes, stat: compatible

2 GPUs user-selected for this run.
Mapping of GPUs to the 1 PP rank in this node: #0, #1

-------------------------------------------------------
Program gmx_mpi, VERSION 5.0.7
Source code file: /gpfs/share/packages/gromacs/5.0.7-gpu/src/gromacs/gmxlib/gmx_detect_hardware.c, line: 357

Fatal error:
Incorrect launch configuration: mismatching number of PP MPI processes and GPUs per node.
gmx_mpi was started with 1 PP MPI process per node, but you provided 2 GPUs.
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

我也尝试了不去指定gpu，但是很尴尬的是两个进程都默认使用了gpu0（并且默认每个进程都用了所有的核）

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-3-6 00:25
这个问题现在也深深的困扰着我，一些计算机上的名词搞不懂什么意思，试了一堆不是报错就是各种提示

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-11 11:28

beyond 发表于 2018-8-3 18:49
使用MPI

mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ......

完整的命令应该是什么呢？

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