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标题: 确定磷光材料在器件和溶液中的发射波长 [打印本页]

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-3 10:16
标题: 确定磷光材料在器件和溶液中的发射波长
本帖最后由柒月小鱼于 2018-8-3 10:22 编辑

现在有这样几个问题想和大家交流下
背景：一种Pt的金属配合物，在溶液中的实验测得磷光发射波长在450nm（我直接用高斯优化单个分子得到的发射波长在450附近），在薄膜中测得的发射波长为650nm，我很感兴趣
一：为此我用GMX来进行了两步操作：1是能量最小化，2是升温退火得到分子在器件中的相对空间构型
二：把得到的heat-npt.gro文件用VMD打开，另存为heat-npt.pdb文件，取中心分子5埃内（这个范围合适么）的所有分子得到test.pdb文件
三：在高斯中用oniom的方法，是用PM6D3计算低层更好对吧，很有可能是分子间弱相互作用造成的
#p ONIOM(b3lyp/genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ:UFF=QEq)=Embedcharge opt scf=(maxcyc=400,conver=8)
#p ONIOM(b3lyp/genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ:PM6D3) opt scf=(maxcyc=400,conver=8)
然后分别计算基态和激发态，得到高层中心分子的相对能量差
四：我还想对基态和激发态振动分析来得到振动分辨光谱，所以对外层做背景电荷处理#p pop=chelpg nosymm，然后做振动分析，希望能够同时得到不同掺杂量的发光体的发射光谱的情况
我以上的思路有问题么，还请各位多多指教

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-8-3 14:05
咨询一下：
一：为此我用GMX来进行了两步操作：1是能量最小化，2是升温退火得到分子在器件中的相对空间构型.
1.你这个无序的构型如何选取的，如何确定你最后这个薄膜构型？是去了最后一帧？
2.MD计算的时候，GAFF力场参数如何调节？
3.有了薄膜结构，如何搭建的QM/MM计算模型？选取哪一部分为QM？
三：在高斯中用oniom的方法，是用PM6D3计算低层更好对吧，很有可能是分子间弱相互作用造成的。
4. 你这个内层QM用色散。g16支持。但是，准确性用不用测试呢？我的意思是，你这个加的色散，是对QM加的吧。高斯16虽然能计算。但是靠谱吗？
我不太懂，咨询你一下。
四：我还想对基态和激发态振动分析来得到振动分辨光谱，所以对外层做背景电荷处理#p pop=chelpg nosymm，然后做振动分析，希望能够同时得到不同掺杂量的发光体的发射光谱的情况。
5. 这个不同掺杂量，是做盒子的时候塞入的分子数目不一样？然后MD之后，聚集的不一样。

以上是我的个人理解哈，不一定对。特来请教楼主。

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-3 16:01
本帖最后由柒月小鱼于 2018-8-3 17:30 编辑

小范范1989 发表于 2018-8-3 14:05
咨询一下：
一：为此我用GMX来进行了两步操作：1是能量最小化，2是升温退火得到分子在器件中的相对空间构 ...

一.1.我是直接把分子投进去，应该是有很大的随意性的，取跑完后稳定的最后一帧
3.选取一个客体分子为中心
我也是刚做，大概的流程是这样
三.4.G09不支持在内层加色散校正么，不晓得诶？
四.5.我是这样想的，不同的聚集情况，可能对实际的构型有一定的影响，光谱是与振动模式很相关的

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-8-3 20:17

柒月小鱼发表于 2018-8-3 16:01
一.1.我是直接把分子投进去，应该是有很大的随意性的，取跑完后稳定的最后一帧
3.选取一个客体分子为中 ...

偶，这样子。
.“选取一个客体分子为中心” 那你这里面不止一个客体分子吧，这样的选取，有什么意义吗？是不是有点随性？个人理解哈，不一定对。
“.G09不支持在内层加色散校正么，不晓得诶？”。应该不支持。即使16支持，但是，可靠性如何呢？
个人见解。

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-3 20:31

小范范1989 发表于 2018-8-3 20:17
偶，这样子。
.“选取一个客体分子为中心” 那你这里面不止一个客体分子吧，这样的选取，有什么意义吗 ...

所以我在还在考虑
我的选取确实存在随机性，不过我是想着还要做oniom的计算，可能说的过去，不太懂，请指教

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-8-3 23:53

柒月小鱼发表于 2018-8-3 20:31
所以我在还在考虑
我的选取确实存在随机性，不过我是想着还要做oniom的计算，可能说的过去，不太懂，请 ...

之前我知道动力学结束之后，选择oniom 不能随便乱选。因为一帧里面很多客体。清华有一个文章，选取了很多来做qmmm ，你查查，一个动力学的，我手机没有

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-4 07:28

小范范1989 发表于 2018-8-3 20:17
偶，这样子。
.“选取一个客体分子为中心” 那你这里面不止一个客体分子吧，这样的选取，有什么意义吗 ...

G16在ONIOM中用色散校正没有问题

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-4 07:36
对于算激发能的目的，低级别方法应当用UFF=QEq结合电子嵌入。低级别若用半经验，是没法在高层计算激发态的时候体现低层的影响的。

默认就是conver=8，完全没必要写
强烈不建议写maxcyc=几百
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-8-4 09:09

sobereva 发表于 2018-8-4 07:28
G16在ONIOM中用色散校正没有问题

谢谢sob老师。

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-4 09:25

sobereva 发表于 2018-8-4 07:36
对于算激发能的目的，低级别方法应当用UFF=QEq结合电子嵌入。低级别若用半经验，是没法在高层计算激发态的 ...

好的老师，我是想得到两个电子态的绝热能，然后代入发射系数公式得到发射波长的
谢谢老师在关键词方面的提醒

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-4 09:42
本帖最后由柒月小鱼于 2018-8-4 09:56 编辑

小范范1989 发表于 2018-8-3 23:53
之前我知道动力学结束之后，选择oniom 不能随便乱选。因为一帧里面很多客体。清华有一个文章，选取了很多 ...

好的，非常谢谢
Electrostatic Interaction-Induced Room-Temperature Phosphorescence in Pure Organic Molecules from QM/MM Calculations （DOI: 10.1021/acs.jpclett.6b01156）
您说的这篇文章呢么，我看到他们是把分子摆好了计算的QM/MM，而不是升温退火，我不太懂哈，觉得这样得到的是一个均匀混合的状态
不过您说的这个问题太致命了，我@sobereva 老师，该怎么取这个来算oniom

谢谢您

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-8-8 15:27
本帖最后由让你变成回忆于 2018-8-8 15:30 编辑

柒月小鱼发表于 2018-8-4 09:42
好的，非常谢谢
Electrostatic Interaction-Induced Room-Temperature Phosphorescence in Pure Organic ...

两种分子混合时用MD模拟得到的薄膜，然后以guest为中心，选择一定半径范围的周围分子作为环境来考察，这样的做法是没有任何问题的。你取的5埃明显取得太小，5埃甚至连qm分子周围的第一层环境分子都无法完全包含。
而真正的问题在于：MD模拟中，不同guest分子周围的环境一定是不同的，这对guest分子本身的影响更大（比如对guest分子的结构、guest分子受到的极化等）。而你仅仅只取MD模拟的某一帧来分析，完全没有普适性，因为MD模拟薄膜，会出现所谓的动态、静态能量无序等问题，每一个guest位点的能量无序一定是不同的。比较稳妥的做法是要对不同的site，分别进行时间平均、系综平均，然后通过无序分布的标准差来分析问题。

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-9 12:45

让你变成回忆发表于 2018-8-8 15:27
两种分子混合时用MD模拟得到的薄膜，然后以guest为中心，选择一定半径范围的周围分子作为环境来考察，这 ...

非常谢谢您的回复，我仔细去了解您所告知的
谢谢您

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-8-23 10:08

小范范1989 发表于 2018-8-3 20:17
偶，这样子。
.“选取一个客体分子为中心” 那你这里面不止一个客体分子吧，这样的选取，有什么意义吗 ...

师兄我刚刚测试了
09e版本是支持在内层加色散作用的

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