计算化学公社

标题: 关于pKa的计算问题 [打印本页]

作者
Author: flowerstudy 时间: 2018-8-6 10:35
标题: 关于pKa的计算问题
大家好，我用gaussain计算分子的pKa。
计算步骤严格按照量子化学培训班讲义上的实例（腈乙酸）进行，试计算了甲酸和甲醇两个小体系，计算结果和实验值差别比较大的。
纠结了两三天，实在找不到问题所在，还请各位高人老师帮我看看问题出在了哪里。
附件是我的原始输入代码和最后的计算结果，exel表格是对讲义上腈乙酸和自算甲醇，甲酸计算结果的汇总。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-7 05:17
(, 下载次数 Times of downloads: 1114)

最近太忙没时间仔细看你的文件，我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了，结果为3.47，和实验仅相差0.3，对于当前计算级别已经算不错了。你可以对照下。
注意甲酸阴离子的点群是C2v

作者
Author: crazy46917 时间: 2018-8-14 19:27

sobereva 发表于 2018-8-7 05:17
最近太忙没时间仔细看你的文件，我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了，结果为3.47，和实 ...

S大您好，学生看了你的数据想问一下大大你的Ggas(AH，A-）那边的数字是从哪里求得的，我看了大大你的输出档从SCF那边也找不到，所以想询问一下，謝謝

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-15 08:11

crazy46917 发表于 2018-8-14 19:27
S大您好，学生看了你的数据想问一下大大你的Ggas(AH，A-）那边的数字是从哪里求得的，我看了大大你的输出 ...

做CBS-QB3从输出文件末尾读的自由能

作者
Author: crazy46917 时间: 2018-8-19 17:32
謝謝老師

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-8-29 09:05

sobereva 发表于 2018-8-7 05:17
最近太忙没时间仔细看你的文件，我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了，结果为3.47，和实 ...

Sob老师，请问：计算pKa时，您的输入文件中涉及到的cbs-qb3以及M052X是如何选择的？还是说该计算级别对于所有分子体系计算pKa都有普适性？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-29 18:50

Theor_Comp 发表于 2018-8-29 09:05
Sob老师，请问：计算pKa时，您的输入文件中涉及到的cbs-qb3以及M052X是如何选择的？还是说该计算级别对于 ...

气相自由能用CBS-QB3。用M05-2X是为了结合SMD溶剂模型得到比较好的溶解自由能，这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-8-29 19:21

sobereva 发表于 2018-8-29 18:50
气相自由能用CBS-QB3。用M05-2X是为了结合SMD溶剂模型得到比较好的溶解自由能，这里说了
谈谈隐式溶剂模 ...

Sob老师，使用CBS-QB3时产生的rwf太大了，硬盘空间不够怎么办呀？
可以用%rwf将rwf分成多个之后实时手动删除前面的rwf吗？会不会影响正在进行的任务

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-29 21:44

Theor_Comp 发表于 2018-8-29 19:21
Sob老师，使用CBS-QB3时产生的rwf太大了，硬盘空间不够怎么办呀？
可以用%rwf将rwf分成多个之后实时手动 ...

用更便宜的热力学组合方法
rwf可以分割。运行过程中绝对不能删rwf

作者
Author: crazy46917 时间: 2018-9-14 00:10

sobereva 发表于 2018-8-15 08:11
做CBS-QB3从输出文件末尾读的自由能

S老師您好，最近學生計算pka,拿了您的excel做了計算參考，想問一下最後面 deltaG 最後扣掉一個270.29 是因為是 delta(H+)的理想值嗎?

如果不使用CBS-QB3 使用 aug-cc-pvtz 做freq 所計算出的熱力學校正的自由能，會比較推薦嗎?

謝謝老師

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-14 05:38

crazy46917 发表于 2018-9-14 00:10
S老師您好，最近學生計算pka,拿了您的excel做了計算參考，想問一下最後面 deltaG 最後扣掉一個270.29 ...

那是合并常数项得到的
(, 下载次数 Times of downloads: 112)

热力学数据计算精度远不是光由基组决定的，还有诸多细节，特别是理论方法。建议你看看比如G4方法的原文，了解一下热力学组合方法的原理，就明白热力学组合方法的价值。

作者
Author: crazy46917 时间: 2018-9-14 10:04

sobereva 发表于 2018-9-14 05:38
那是合并常数项得到的

好的謝謝老師

作者
Author: chargerhunter 时间: 2018-9-23 20:40

sobereva 发表于 2018-9-14 05:38
那是合并常数项得到的

老师，我想问一下如果是计算碱性物质比如 CH3NH2 在水溶液中的Pka该如何计算呢

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-10-10 18:14
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b00606
用CBS-QB3算pka的文章

作者
Author: asymme 时间: 2019-12-6 16:13
来向大牛们学习，最近也是需要精确计算PKa

作者
Author: 蛋蛋 时间: 2022-1-4 19:36

sobereva 发表于 2018-8-29 18:50
气相自由能用CBS-QB3。用M05-2X是为了结合SMD溶剂模型得到比较好的溶解自由能，这里说了
谈谈隐式溶剂模 ...

老师您好，我看了您的输入文件，气相没有优化频率关键词；溶解自由能只是写了smd，我看到没有加溶剂呀，请问这样算的合理嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-5 00:52

蛋蛋发表于 2022-1-4 19:36
老师您好，我看了您的输入文件，气相没有优化频率关键词；溶解自由能只是写了smd，我看到没有加溶剂呀， ...

搞清楚热力学组合方法是怎么回事，CBS-QB3本身自动就做优化和振动分析

把此文一个字一个字仔细看了
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337（http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html）

作者
Author: Qing 时间: 2022-4-14 18:58
sob老师，我想请问一下，如果我想计算有机物如苯甲酸在正十二烷溶剂中的pKa，计算过程是否和您帖子中甲酸在水中pKa的过程一致，只需把计算过程中所有的溶剂替换成正十二烷就可以了？谢谢老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-14 19:18

Qing 发表于 2022-4-14 11:58
sob老师，我想请问一下，如果我想计算有机物如苯甲酸在正十二烷溶剂中的pKa，计算过程是否和您帖子中甲酸在 ...

这种非极性溶剂里的pKa没有明确定义，因为不存在稳定的溶剂化质子。得先确认你要算的量有明确定义，才能算

作者
Author: Qing 时间: 2022-4-14 19:25

wzkchem5 发表于 2022-4-14 19:18
这种非极性溶剂里的pKa没有明确定义，因为不存在稳定的溶剂化质子。得先确认你要算的量有明确定义，才能 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: csu-77 时间: 2023-10-18 18:08
请教sob老师一个问题，按照综述——“Theoretical Calculations of AcidDissociation Constants: A Review Article”中的公式去计算pKa时（下图1），Gsol(HA)的数值代表的是HA在溶剂下的溶解自由能吧？按照HA的溶解自由能去算的时候，得到的值为29.64，而P204在煤油中的实际pKa通常在3至5之间，本人的计算结果如图2所示，几何优化和振动分析采用的是B3LYP/6-311G*，计算单点能用的是B3LYP/6-311++G**，是因为泛函和基组选择的不当导致的嘛？

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