计算化学公社

标题: 生成tpr文件错误 [打印本页]

作者
Author: wILlD 时间: 2018-8-6 21:58
标题: 生成tpr文件错误
利用amber软件生成了可以用于gromacs的拓扑文件，采用的GAFF力场。进行grompp时  提示
NOTE 1 System has non-zero total charge: 0.009990 Total charge should normally be an integer.
NOTE2  he group cutoff scheme is deprecated in Gromacs 5.0 and will be removed
in a future release when all interaction forms are supported for the
  verlet scheme. The verlet scheme already scales better, and it is
  compatible with GPUs and other accelerators.
NOTE3 The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5
  and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,
  for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing.
This run will generate roughly 0 Mb of data
最后说double free or corruption (!prev)
已放弃 (核心已转储)
请问怎么解决才能生成正确的tpr文件呢？

作者
Author: wbn 时间: 2018-8-7 01:38
我在PC上用gmx4.6.5可以grompp成功。你用的是哪个版本？你说的三个都是note,本身不会导致报错。系统有0.01的正电荷最好消掉。你随便找个原子把电荷减掉0.001就行了。另外你的mdp文件不完整，缺少很多重要参数。另外你的盒子很大，但里面只有五个分子，而且没有溶剂，是不是忘记加了？看你mdp的内容你还要做QM/MM吗？

作者
Author: wILlD 时间: 2018-8-7 15:10

wbn 发表于 2018-8-7 01:38
我在PC上用gmx4.6.5可以grompp成功。你用的是哪个版本？你说的三个都是note,本身不会导致报错。系统有0.01 ...

我用的是5.0.7，后来又试了18都不行，问题也不一样。18后来又出现了SAon,SAoff两个选项的值不对。可模拟应该不需要设置这两个才对，而且手册好像也没介绍怎么设置这两个参数。请问是减去0.001还是0.01呢。至于溶剂就是模拟真空下的。主要就是作QMMM的

作者
Author: wbn 时间: 2018-8-8 01:11

wILlD 发表于 2018-8-7 15:10
我用的是5.0.7，后来又试了18都不行，问题也不一样。18后来又出现了SAon,SAoff两个选项的值不对。可模拟 ...

问题就是出在QM/MM那几行，我把它注释掉就可以grompp成功了。我没用过gmx做QM/MM，所以这一点没法帮你。但是你的盒子很奇怪哎，你是说想模拟分子在气态的状况吗？那你放那么多分子在盒子里，最后肯定要聚集啊。再说你连溶剂都没有为什么需要做QM/MM，你准备QM哪几部分？

作者
Author: wILlD 时间: 2018-8-20 16:55

wbn 发表于 2018-8-8 01:11
问题就是出在QM/MM那几行，我把它注释掉就可以grompp成功了。我没用过gmx做QM/MM，所以这一点没法帮你。 ...

QMMM不需要溶剂的呀就一个分子QM 其他MM

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