计算化学公社

标题: Dalton的并行计算效率如何呢？ [打印本页]
作者
Author: abin    时间: 2018-8-13 14:35
标题: Dalton的并行计算效率如何呢？
各位朋友，
在计算电子结构方面，Dalton的并行计算效率如何呢？

不考虑多节点并行情况，
在一台多CPU服务器上，
Dalton并行效率如何？

能开到很多评价Gaussian09/16在单节点内的并行效率的；但是很少看到评估dalton并行效率的。

作者
Author: sobereva    时间: 2018-8-13 15:45
发帖时应看清板块，给你移动了

Dalton属于小众向程序，自然也基本没人去做这个测试。
不管并行效率如何，若你打算用Dalton，那就只能接受。并行效率好坏实际一测便知，这和体系、具体任务有密切关系。
作者
Author: beefly    时间: 2018-8-13 17:49
dalton的DFT节点内并行效率还可以，没做过跨节点并行。
lsdalton不了解。
作者
Author: abin    时间: 2018-8-13 22:03
beefly 发表于 2018-8-13 17:49
dalton的DFT节点内并行效率还可以，没做过跨节点并行。
lsdalton不了解。

多谢回复。

我目前做了QR-TD-B3LYP下计算所谓的SOCME，
发现效率不怎么好。

我当前的编译配置如下：
Compilation information
-----------------------

Who compiled             | root
Host                     | node1
System                   | Linux-2.6.32-573.el6.x86_64
CMake generator          | Unix Makefiles
Processor                | x86_64
64-bit integers          | OFF
MPI                      | ON
Fortran compiler         | /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.046/linu
                          | x/mpi/intel64/bin/mpiifort
Fortran compiler version | unknown
C compiler               | /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.046/linu
                          | x/mpi/intel64/bin/mpiicc
C compiler version       | unknown
C++ compiler             | /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.046/linu
                          | x/mpi/intel64/bin/mpiicpc
C++ compiler version     | unknown
BLAS                     | /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.046/linu
                          | x/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so;/opt/intel/
                          | compilers_and_libraries_2019.0.046/linux/mkl/lib/i
                          | ntel64/libmkl_sequential.so;/opt/intel/compilers_a
                          | nd_libraries_2019.0.046/linux/mkl/lib/intel64/libm
                          | kl_core.so;/usr/lib64/libpthread.so;/usr/lib64/lib
                          | m.so
LAPACK                   | /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.046/linu
                          | x/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a;/opt/inte
                          | l/compilers_and_libraries_2019.0.046/linux/mkl/lib
                          | /intel64/libmkl_intel_lp64.so
Static linking           | OFF
Last Git revision        | 2d1d7ae9769172b7d94e970e995c6245d5051585
Git branch               | master
Configuration time       | 2018-08-11 20:24:50.299557
作者
Author: abin    时间: 2019-4-19 22:35
测试了一下。
PC-cluster, 千兆网络， E3-1245，5个节点，合计20cpu核心
双路服务器，E5-2690 v3，合计24cpu核心。

同样的计算， PC-cluster比双路E5-2690V3快大约10%。

计算期间，观测到，PC-cluster，网络流量很低，峰值20M/s。所以千兆网络不是问题。

成本方面考虑，能以低廉的价格，实现商用服务器的性能；不过占地方。
用紧凑型机箱可能会更好。

以上测试，仅仅针对dalton。其他情况不了解。  



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