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标题: 添加离子时出错，atomtype na not found 求助 [打印本页]

作者
Author: 泰无聊了 时间: 2018-8-13 16:45
标题: 添加离子时出错，atomtype na not found 求助
大家好，本人最近在学习用GROMACS进行蛋白配体复合物的分子动力学模拟。
最终得到了转换好的小分子gro和top文件，蛋白是按照pdb2gmx来创建蛋白的top文件，并按照官网教程修改了蛋白top文件，修改后如下图所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 72) (, 下载次数 Times of downloads: 77)
接下来构建溶剂盒子（spc水）并添加溶剂，在添加离子的时候我使用gmx grompp -f minim.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 命令，出现如下报错：Atomtype na not found，我检查小分子itp文件发现atomtpye里已经包含这个原子类型，如下图所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 65)
请问出现这个问题的原因是我top文件的的顺序出了问题吗？想求教一下具体的原因，非常感谢~

作者
Author: material 时间: 2018-8-13 20:02
按照我们的做法是，先用grompp进行能量最小化，然后才加的离子，在修改top文件和mdp文件。我也是刚入门，如果找到原因，烦请告知一下，谢谢！

作者
Author: wbn 时间: 2018-8-14 01:20
必须在[ moleculetype ] 出现之前定义完所有的 [ atomtype ]

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-14 09:54
一定要记住这页幻灯片

(, 下载次数 Times of downloads: 85)

作者
Author: 泰无聊了 时间: 2018-8-15 15:37

sobereva 发表于 2018-8-14 09:54
一定要记住这页幻灯片

感谢sobereva的指导，已经发现问题并解决了问题。发现是没有正确include导致的报错。
解决方案是：在小分子中将[atomtypes]写入[moleculetype]之前，之后仍然会出现atometype not found的报错，这是因为小分子力场和amber力场大小写不同导致，接下来将[ atomtypes ]写入topol文件中，位于 (, 下载次数 Times of downloads: 58)
之间，如下图所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 80)
之后运行就不会出现报错。
非常感谢大家的指导~

作者
Author: 泰无聊了 时间: 2018-8-15 15:39

wbn 发表于 2018-8-14 01:20
必须在[ moleculetype ] 出现之前定义完所有的 [ atomtype ]

感觉wbn老师指教，已解决问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-15 16:14

泰无聊了发表于 2018-8-15 15:37
感谢sobereva的指导，已经发现问题并解决了问题。发现是没有正确include导致的报错。
解决方案是：在小 ...

这和大小写没关系。只要按照gmx的规则，先彻底定义完atomtypes（是否以include形式引入，是一个[atomtypes]还是多个，这都无所谓），之后定义各种moleculetypes，那么moleculetypes里用到的原子类型一定已经之前在atomtypes里定义过了，这就势必不会出错

作者
Author: 泰无聊了 时间: 2018-8-16 09:28

sobereva 发表于 2018-8-15 16:14
这和大小写没关系。只要按照gmx的规则，先彻底定义完atomtypes（是否以include形式引入，是一个[atomtype ...

明白了，感谢老师的指教！

作者
Author: lonemen 时间: 2018-8-18 11:30
谢谢！这张幻灯片竟然在讲义中没留意到。

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-24 19:04

泰无聊了发表于 2018-8-15 15:37
感谢sobereva的指导，已经发现问题并解决了问题。发现是没有正确include导致的报错。
解决方案是：在小 ...

请问atomtypes中各原子的sigma，epsilon这些参数怎么找到的？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-25 00:33

青青青发表于 2019-3-24 19:04
请问atomtypes中各原子的sigma，epsilon这些参数怎么找到的？

看力场原文

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-26 09:40

sobereva 发表于 2019-3-25 00:33
看力场原文

好的，谢谢老师

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-26 10:08

lonemen 发表于 2018-8-18 11:30
谢谢！这张幻灯片竟然在讲义中没留意到。

师兄，您一定参加过培训，请问您，怎样能保证一定抢的到名额呢？暑假的培训万分期盼！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-27 04:28

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-26 10:08
师兄，您一定参加过培训，请问您，怎样能保证一定抢的到名额呢？暑假的培训万分期盼！

时不时看北京科音官网或者本论坛首页，报名开始前至少一个礼拜会预告什么时候开始报名，报名开始后一刻钟内发报名表就能报上，没什么难的。
也可以关注北京科音微信公众号，培训前一天一般会发通知统一提醒一下，免得忘记

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-27 08:29

sobereva 发表于 2019-3-27 04:28
时不时看北京科音官网或者本论坛首页，报名开始前至少一个礼拜会预告什么时候开始报名，报名开始后一刻钟 ...

感谢老师！

作者
Author: furliujing 时间: 2019-10-13 10:45
我将itp下的原子结构复制到topol中也还是会出现这种错误，求大佬求解

作者
Author: furliujing 时间: 2019-10-13 17:54

wbn 发表于 2018-8-14 01:20
必须在[ moleculetype ] 出现之前定义完所有的 [ atomtype ]

是在什么文件里面必须这么做

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