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标题: MSD有一定线性但又不是很好，该如何处理？ [打印本页]

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Author: agent99 时间: 2018-8-15 05:13
标题: MSD有一定线性但又不是很好，该如何处理？

用NVE MD做烷烃在多孔材料里的扩散，得到的MSD-dt图如下所示（两个图是不同的吸附量下做的），感觉整体上还算有线性，但拟合出来又感觉线性并不够好。请问如果要计算扩散系数的话该如何处理？谢谢！

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作者
Author: xylz6188 时间: 2018-8-15 07:43
在此基础上模拟一个300ps试一试

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Author: sobereva 时间: 2018-8-15 08:14
MSD曲线末端的统计误差比较大，往往因此趋势也和前面不同，统计前70%~80%左右就行了。当前这样也还可以了，如果觉得图像不理想，可以重新跑，直到跑出比较理想的曲线

作者
Author: winterzen 时间: 2018-8-15 14:29
从你的MSD曲线估测你的体系的扩散系数在1E-11 m^2/s的数量级上，是比较慢的扩散体系；另外你的多孔材料的孔结构中是不是有些大笼，笼之间通过一些狭小窗口连接？分子在其中扩散时可能大部分时间都处于稳定的大笼中的吸附位上，扩散的发生需要分子翻过自由能垒高的窗口跳跃到其他吸附位来进行，这种扩散方式也可能导致MSD不够平滑，不容易通过Einstein方程计算扩散系数。有一些基于TST处理rare event的方法可以处理这类慢扩散问题，可以参考
Phys. Rev. Lett., 93, 248301
Phys. Rev. Lett., 96, 044501
JCP, 122, 224712
JPCC, 120, pp 1110–1120

作者
Author: agent99 时间: 2018-8-16 01:09

xylz6188 发表于 2018-8-14 17:43
在此基础上模拟一个300ps试一试

300ps？我这已经100ns了，你是说300ns吧...

作者
Author: agent99 时间: 2018-8-16 01:11

sobereva 发表于 2018-8-14 18:14
MSD曲线末端的统计误差比较大，往往因此趋势也和前面不同，统计前70%~80%左右就行了。当前这样也还可以了， ...

我也觉得和统计误差有关，因为我发现吸附量高时线性很好，而吸附量极低（整个系统内只有几个烷烃分子）时几乎毫无线性可言，这种介于两者之间的情况不太好确定。谢谢sob

作者
Author: agent99 时间: 2018-8-16 01:16

winterzen 发表于 2018-8-15 00:29
从你的MSD曲线估测你的体系的扩散系数在1E-11 m^2/s的数量级上，是比较慢的扩散体系；另外你的多孔材料的孔 ...

你说的很正确。其实之前组里的人用基于TST的方法做过类似体系，我这里先试了最简单的MD是因为我的材料里笼之间的窗口并不小（和之前的工作相比），所以我认为可能能垒不那么高，可以先用MD试试。然而看来我还是低估了烷烃的吸附能力，正己烷这样大的分子（虽然非极性）还是会比较强地吸附在特定位点上。

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-8-16 16:59
本帖最后由 k64_cc 于 2018-8-16 17:01 编辑

等下你dt都100ns了……总数据量不得几倍于此，可怕。
MSD后段sample本来就少，不要也罢。前半段不是挺棒的嘛……

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-28 16:41
本帖最后由青青青于 2019-4-1 11:49 编辑

k64_cc 发表于 2018-8-16 16:59
等下你dt都100ns了……总数据量不得几倍于此，可怕。
MSD后段sample本来就少，不要也罢。前半段不是挺棒的 ...

您好，请问为什么MSD后段sample少呢？后段统计误差为啥会大呢？谢谢解答

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-3-29 15:05

青青青发表于 2019-3-28 16:41
您好，请问为什么MSD后段sampil少呢？后段统计误差为啥会大呢？谢谢解答

比如说你有100个frame，dt取80 frame，是不是就只有20个data让你average了……

作者
Author: get-it 时间: 2019-3-29 19:17
可以用速度自相关函数来算啊

作者
Author: 青青青 时间: 2019-6-26 13:51
本帖最后由青青青于 2019-6-26 14:01 编辑

终于看到有写MSD的单位的了

作者
Author: 青青青 时间: 2019-6-30 16:57

k64_cc 发表于 2019-3-29 15:05
比如说你有100个frame，dt取80 frame，是不是就只有20个data让你average了……

请问您说的dt是什么呢？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-7-1 08:37

青青青发表于 2019-6-30 16:57
请问您说的dt是什么呢？

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