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标题: 在G16中使用MN15-D3(BJ)、MN15L-D3(0)的方法 [打印本页]

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Author: sobereva 时间: 2018-8-17 20:11
标题: 在G16中使用MN15-D3(BJ)、MN15L-D3(0)的方法
从G16开始支持比较新的明尼苏达系列MN15和MN15L，但G16目前版本（B.01）还尚未纳入相应的D3参数，正好今天有人问怎么对MN15计算加D3校正，我遂对之前写的《DFT-D色散校正的使用》http://sobereva.com/210 进行了扩展，其中4.4节介绍了如何实现。

作者
Author: 暖空 时间: 2020-6-26 15:32
sob老师好！
我在做oniom计算时高层为dimer，想在高层使用MN15-D3(BJ)泛函。计算的关键词设置如下：
#p opt freq oniom(mn15/6-31g(d) em=gd3bj:uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity
并且在~/.bashrc中自定义了如下参数：
export GAUSS_DFTD3_S6=1000000
export GAUSS_DFTD3_S8=786200
export GAUSS_DFTD3_ABJ1=2097100
export GAUSS_DFTD3_ABJ2=7592300
但是计算时还是报错：
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 7252 IXCFnc= 73 ScaHFX= 0.440000 IDFTD=4
请问这是什么原因呢？谢谢老师。

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-6-27 00:43

暖空发表于 2020-6-26 15:32
sob老师好！
我在做oniom计算时高层为dimer，想在高层使用MN15-D3(BJ)泛函。计算的关键词设置如下：
#p o ...

source ~/.bashrc了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-27 01:05

暖空发表于 2020-6-26 15:32
sob老师好！
我在做oniom计算时高层为dimer，想在高层使用MN15-D3(BJ)泛函。计算的关键词设置如下：
#p o ...

运行一下bash命令，或者重新进入终端，才能令.bashrc里新加入的设置生效

作者
Author: 暖空 时间: 2020-6-27 10:55

thanhtam 发表于 2020-6-27 00:43
source ~/.bashrc了吗

source了哈

作者
Author: 暖空 时间: 2020-6-27 11:01

sobereva 发表于 2020-6-27 01:05
运行一下bash命令，或者重新进入终端，才能令.bashrc里新加入的设置生效

sob老师好~
我添加完环境变量以后source了，也重进了终端，并且echo $GAUSS_DFTD3_S6的时候有显示数值1000000，但是提交的时候还是相同的报错：
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 7252 IXCFnc= 73 ScaHFX= 0.440000 IDFTD=4
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g16-avx2/l301.exe at Sat Jun 27 10:54:22 2020.
请问还可能是哪里的设置出问题了呢？谢谢老师。

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-6-27 12:21

暖空发表于 2020-6-27 11:01
sob老师好~
我添加完环境变量以后source了，也重进了终端，并且echo $GAUSS_DFTD3_S6的时候有显示数值10 ...

报错的是S8，你echo S6干啥

作者
Author: 暖空 时间: 2020-6-27 15:58

thanhtam 发表于 2020-6-27 12:21
报错的是S8，你echo S6干啥

这只是测试环境变量有没有生效的一种方法，sob老师之前的帖子中有说过

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-27 18:09
远程说不清楚
我不知道你要算什么，MN15能派上用场的地方很少，还不如直接改成别的泛函，比如M06-2X、wB97XD，或者自带了D3参数的泛函

作者
Author: 暖空 时间: 2020-6-28 08:56

sobereva 发表于 2020-6-27 18:09
远程说不清楚
我不知道你要算什么，MN15能派上用场的地方很少，还不如直接改成别的泛函，比如M06-2X、wB97 ...

感谢回复。
我是做发光的，常见的几种不同HF成分的泛函我都测试了，发现只有mn15的数据和实验值最符合（吸收和发射），所以就选择了mn15。现在想测试一下高层是dimer时发光性能有什么变化，所以需要在mn15的基础上加上色散校正。

作者
Author: 暖空 时间: 2020-6-28 09:25

sobereva 发表于 2020-6-27 18:09
远程说不清楚
我不知道你要算什么，MN15能派上用场的地方很少，还不如直接改成别的泛函，比如M06-2X、wB97 ...

sob老师好。
我还有一个问题，就是已经通过环境变量定义了MN15的DFT-D3参数，那我用其他加色散校正的泛函计算时是直接用其内置的参数还是我自定义的DFT-D3参数呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-29 01:03

暖空发表于 2020-6-28 09:25
sob老师好。
我还有一个问题，就是已经通过环境变量定义了MN15的DFT-D3参数，那我用其他加色散校正的泛 ...

试试便知

作者
Author: 暖空 时间: 2020-7-1 11:17

sobereva 发表于 2020-6-29 01:03
试试便知

sob老师好。
我给高斯的技术支持发邮件咨询了，是因为G16中改为了用IOP定义色散，我测试了一个MN15-D3(BJ)的计算任务，可以正常结束，以下是高斯技术的回复邮件：
欢迎来信咨询。环境变量定义色散的方法是用于G09的，而在G16中变为支持直接使用IOp定义色散，IOp(3/174=1000000,3/175=786200,3/177=2097100,3/178=7592300) 。
注意IOp是内部参数调试选项，因此多步计算中IOP只能适用于第一步，即例如"opt freq"中IOp只能用于Opt一步，对Freq步骤无效（见gaussian.com/iop/）。因此需要分成两个任务，各自使用同样的IOp。

希望可以帮助到有需要的小伙伴们。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-1 20:23
G16 <=B.01是支持环境变量方式设置D3参数的，<=B.01版手册里搜GAUSS_DFTD3_S8都能搜到，客服的说法有误导性。应当是现在的C.01才把这个给撤了而改为必须用IOp（我没测试）。

已在《DFT-D色散校正的使用》（http://sobereva.com/210）中增加以下补充
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2020-Jul-1补充：下文说的通过环境变量自定义DFT-D3参数的做法只适合Gaussian 16 B.01及之前，从G16 C.01开始需要通过IOp直接定义，具体来说，把以下IOp设为NNNNNNNN代表把相应参数设为NNNNNNNN/1000000
IOp(3/174)：S6
IOp(3/175)：S8
IOp(3/176)：SR6
IOp(3/177)：A1
IOp(3/178)：A2
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作者
Author: snljty 时间: 2020-12-11 23:32
给不爱看手册的小伙伴们一个提醒，用IOp的时候，如果某个参数是0，选项应该写成=-1而不是=0。
顺便，我的A.03 Linux avx2版也只能用IOp，环境变量读不到

作者
Author: wang7344412 时间: 2021-8-17 10:16

snljty 发表于 2020-12-11 23:32
给不爱看手册的小伙伴们一个提醒，用IOp的时候，如果某个参数是0，选项应该写成=-1而不是=0。
顺便，我的A ...

谢谢大佬！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-17 10:47

snljty 发表于 2020-12-11 23:32
给不爱看手册的小伙伴们一个提醒，用IOp的时候，如果某个参数是0，选项应该写成=-1而不是=0。
顺便，我的A ...

IOp不能继承两个任务
这个鬼问题我答了不下三四次，然而回去看手册的人基本=没有

作者
Author: happiness 时间: 2023-3-21 14:56

暖空发表于 2020-7-1 11:17
sob老师好。
我给高斯的技术支持发邮件咨询了，是因为G16中改为了用IOP定义色散，我测试了一个MN15-D3(B ...

你好呀，想问下关键词这样设置#P OPT oniom(MN15/CC-PVDZ:uff=qeq)=Embedcharge int(finegrid) NOSYMM IOp(3/174=1000000,3/175=786200,3/177=2097100,3/178=7592300 是对high层加的色散吗

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