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标题: Gaussian与xtb程序联用脚本更新 [打印本页]

作者
Author: FETEYA 时间: 2018-8-18 09:37
标题: Gaussian与xtb程序联用脚本更新
在sob老师的文章《将Gaussian于Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC》中，sob老师已经提到Gaussian和xtb程序接口代码可能会不兼容之后的版本。
我在测试后发现接口程序已经不能兼容现在版本的xtb程序了。
于是我修改了接口代码使其适应现在版本的xtb程序。

先说不兼容的原因。1.xtb输出文件中保存梯度的文件名由grad变为gradient。2.保存梯度的文件内容也有一些变化。
我的修改：
1.xtb.sh脚本的第19行和25行的grad改为gradient
2.extderi程序的第24行的grad改为gradient
3.extderi程序24~31行做以下改动

open(10,file="grad",status="old")
do iatm=1,natm
read(10,*) rnouse,fx
read(10,*) rnouse,fy
read(10,*) rnouse,fz
write(11,"(3D20.12)") fx,fy,fz
end do
close(10)

更改为

open(10,file="gradient",status="old")
do iline=1,(natm+2)
read(10,*)
end do
do iatm=1,natm
read(10,*) fx,fy,fz
write(11,"(3D20.12)") fx,fy,fz
end do
close(10)

3中的改动也包含了2中的改动，不过我觉得还是分开说比较好。

sob老师编写的脚本可以在其文章中下载。

修改后的接口程序亲测有效。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-18 10:52
我8月1号的时候更新过那个帖子http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html），里面的脚本和程序已经是可以支持目前xtb的版本了

作者
Author: FETEYA 时间: 2018-8-18 11:09
早知道sob老师修改过文章我就不用花时间自己做了。。。

作者
Author: plus 时间: 2018-8-20 09:58
这有个模板
https://github.com/andersx/goptimizer

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