计算化学公社

标题: 求助关于gromacs中的溶剂可及面积的计算 [打印本页]

作者
Author: zdwssg123 时间: 2018-8-23 10:21
标题: 求助关于gromacs中的溶剂可及面积的计算
各位大神好，我输入的命令是
gmx sasa -f md_nopbc.xtc -s md.tpr -o area.xvg -odg dgsolv.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg -surface -tv volume.xvg
这样的，为什么我的输出文件中只有两行数据，一行是时间，一行是总的可及面积，我想得到亲水的表面积和亲油的表面积，那我应该怎么计算呢，求大佬指导！感激不尽！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-24 18:59
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片：
(, 下载次数 Times of downloads: 41)

作者
Author: muxchong 时间: 2020-7-30 12:18
请教sob老师，为什么可以按照原子电荷区分疏水和亲水呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-9 05:49

muxchong 发表于 2020-7-30 12:18
请教sob老师，为什么可以按照原子电荷区分疏水和亲水呢

显然原子电荷较大的原子与水静电相互作用强，可以视为亲水区

作者
Author: weiyi8061225 时间: 2021-1-10 22:15

sobereva 发表于 2018-8-24 18:59

sob老师,我在用gmx sasa 算的时候直接选择溶质分子，计算的area只是溶质的表面积是吗？如果我的溶质在两相界面处，我想计算溶质和水的接触面积以及溶质和甲苯的接触面积，我应该怎么设置呢？非常感谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-11 02:44

weiyi8061225 发表于 2021-1-10 22:15
sob老师,我在用gmx sasa 算的时候直接选择溶质分子，计算的area只是溶质的表面积是吗？如果我的溶质在两 ...

gmx sasa算的是SASA，根据SAS的定义，没法说溶质与比如甲苯的接触面积。本来算SASA的计算就需要定义一个溶剂球半径（程序默认用1.4埃，对应水的）
如果随便瞎算一下的数的话，可以尝试：比如算溶质和甲苯的接触，用溶质+甲苯算一次作为1，单独用溶质算一次作为2，单独用甲苯算一次作为3，然后求(2+3-1)/2。不过这种做法意义不清楚
还一个可以尝试的是：算一次溶质+甲苯，并且用-restrict限制只计算溶质那部分原子的SAS，结果作为1。然后溶质算一次，作为2。用2减去1，就得到由于溶质与甲苯接触，其SASA减少的量。这种做法或许相对合理一些，不过我没试过。
以上SASA在计算，原理上应当设成很小的探针半径。

作者
Author: Jus 时间: 2023-2-2 23:37

sobereva 发表于 2020-8-9 05:49
显然原子电荷较大的原子与水静电相互作用强，可以视为亲水区

请问老师，用-0.2 to 0.2的依据是什么？是有这样的定义，还是得根据自己的体系选择合理的区间？
感谢老师指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-2 23:53

Jus 发表于 2023-2-2 23:37
请问老师，用-0.2 to 0.2的依据是什么？是有这样的定义，还是得根据自己的体系选择合理的区间？
感谢老 ...

基本理论化学直觉
对原子电荷有足够多的了解、算过各种体系的原子电荷，自然知道这是个合适的区间

作者
Author: Jus 时间: 2023-2-3 13:39

sobereva 发表于 2023-2-2 23:53
基本理论化学直觉
对原子电荷有足够多的了解、算过各种体系的原子电荷，自然知道这是个合适的区间

好的，谢谢老师

作者
Author: 肥力丝 时间: 2024-6-21 11:14

sobereva 发表于 2018-8-24 18:59

请问老师，在计算SASA时遇到这个警告，可以怎么解决，需要替换输入文件吗？
Command line:
  gmx sasa -f md.trr -s md.tpr -n sasa.ndx -o sasa.xvg -or resarea.xvg -tv timevol.xvg -b 140000 -e 200000 -probe 0.14

WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed
      based on residue and atom names, since they could not be
      definitively assigned from the information in your input
      files. These guessed numbers might deviate from the mass
      and radius of the atom type. Please check the output
      files if necessary.
诚盼老师的回复！谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-22 02:17

肥力丝发表于 2024-6-21 11:14
请问老师，在计算SASA时遇到这个警告，可以怎么解决，需要替换输入文件吗？
Command line:
gmx sasa ...

不用管，通常对结果没什么影响

作者
Author: 肥力丝 时间: 2024-6-22 20:26

sobereva 发表于 2024-6-22 02:17
不用管，通常对结果没什么影响

好的，十分感谢老师！

作者
Author: lele123 时间: 2025-6-7 09:57
请问SASA的生物学意义是什么，主要是为了评价什么？如果是在蛋白-小分子相互作用的背景下，有什么指导意义吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-8 02:06

lele123 发表于 2025-6-7 09:57
请问SASA的生物学意义是什么，主要是为了评价什么？如果是在蛋白-小分子相互作用的背景下，有什么指导意义 ...

没有直接的生物学的意义。结合具体问题才可能有实际意义

蛋白-小分子相互作用能经常用MMPBSA或MMGBSA算结合自由能，其中SA部分是指基于SASA计算溶剂的非极性部分对结合能产生的贡献

作者
Author: lele123 时间: 2025-6-10 09:06

sobereva 发表于 2025-6-8 02:06
没有直接的生物学的意义。结合具体问题才可能有实际意义

蛋白-小分子相互作用能经常用MMPBSA或MMGBSA ...

谢谢sob老师解答

作者
Author: 团团团子zzz 时间: 2025-7-14 20:44

sobereva 发表于 2025-6-8 02:06
没有直接的生物学的意义。结合具体问题才可能有实际意义

蛋白-小分子相互作用能经常用MMPBSA或MMGBSA ...

请问sob老师，MMPBSA可以计算多聚体中，其中两个分子间的结合能吗？从轨迹中分离出这两个分子结合的轨迹和他们单独的轨迹进行计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-15 04:23

团团团子zzz 发表于 2025-7-14 20:44
请问sob老师，MMPBSA可以计算多聚体中，其中两个分子间的结合能吗？从轨迹中分离出这两个分子结合的轨迹 ...

原理上可以

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