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标题: gromacs怎么实现分子单一自由度的平动？ [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-8-27 16:07
标题: gromacs怎么实现分子单一自由度的平动？
各位老师、朋友，您好！
   有一个关于“gromacs怎么实现分子单一自由度的平动？”的问题。
   我想pull单层石墨烯，只给石墨烯沿Z轴方法的运动，且石墨烯被视为完全刚性分子(内部原子无相对运动)。我是这么做的，freeze所选组Y Y N，在itp里写入constraint  1 2 2 1.420e-01 等等(其中1 2 是原子id，2是constraint type，1.420e-01是石墨烯键长)。看过gromacs manual ，constraint 后面跟了5个参数，例子是
[ constraints ]
; ai aj funct length_A length_B
1 2 2 0.7 1.7
请问length_A length_B我应该怎么设置（看过手册了，我还是不懂）
   我自己的设置能跑，看是拉不动。
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-27 19:20
不加约束达不到效果？按说由于X,Y坐标都冻住了，本身石墨烯又有成键项，Z方向拉的话应该没有约束的时候整体也不会有明显变形

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-8-27 20:02

sobereva 发表于 2018-8-27 19:20
不加约束达不到效果？按说由于X,Y坐标都冻住了，本身石墨烯又有成键项，Z方向拉的话应该没有约束的时候整体 ...

是的，sob老师，freeze xy方向后，石墨烯的确没明显变形，而且我做出来效果还行。但是文献中所述把石墨烯看作刚性分子，我的理解是石墨烯只存在z方向的平动。因此，我想尝试实现这样的过程，不过都失败了，我的constraint代码应该存在问题。

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-8-27 20:03

sobereva 发表于 2018-8-27 19:20
不加约束达不到效果？按说由于X,Y坐标都冻住了，本身石墨烯又有成键项，Z方向拉的话应该没有约束的时候整体 ...

感谢sob老师的回答

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