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标题: 关于gview的一些问题 [打印本页]

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-5-9 11:28
标题: 关于gview的一些问题
以前请教过sob大神一个关于固定原子的问题，答案是-1代表固定，0代表放开。每次都是打开.gjf文件，在里面手动输入-1和0，很是麻烦。刚才打开gview-edit-atomlist，里面可以增加column中的freeze，然后高亮需要固定的原子，在后面选择-1。最后保存一下，再打开.gjf文件就可以看到有些原子后面自动增加了-1，其它为0。
于是问题来了：
1. freeze里面除了-1还有-2 -3，请问后两个是啥意思？也是固定吗？
2. 能否在gview图像里把需要固定的原子全部选上，然后再一次性的都固定了呢？
3. freeze旁边有一个gaussian fragment，这个是固定链段的吗？请问怎么用？

谢谢大神的帮忙。
ps：这些问题对于sob大神来说可能很弱，希望别嫌弃哦~~~~~~~~~~~~~~

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-9 18:09
1 后两个应该没什么确切作用，至少手册里没提，不用管它
2 可以用Builder里的范围选择工具将要固定的原子圈成黄色，进入Edit-Atom Groups，把Atom Group Class切换为Freeze，然后把选定的原子加入到Freeze (Yes)的那个组当中。之后保存成Gaussian输入文件后，就会看到选定的这些原子后面都是-1，而其它都是0了。
3 有些任务涉及到定义片段，比如片段初猜波函数、Counterpoise等等，你可以用这个来定义原子属于哪个片段。如果任务不涉及到片段定义，定义了也没害处，但也没任何效果。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-5-9 18:43

sobereva 发表于 2015-5-9 18:09
1 后两个应该没什么确切作用，至少手册里没提，不用管它
2 可以用Builder里的范围选择工具将要固定的原子 ...

谢谢大神细心回答我试一试

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-5-9 18:52

sobereva 发表于 2015-5-9 18:09
1 后两个应该没什么确切作用，至少手册里没提，不用管它
2 可以用Builder里的范围选择工具将要固定的原子 ...

定义片段是不是可以更合理的优化？比如我最近在做基底表层接枝有机基团的结构优化，基团和基底都有几十个原子，如果把基团和基底的原子分为两个片段，是不是结构会更合理？基底原子结构的变化幅度会小一些？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-9 19:26
基底最下层的原子一般都是固定住的，但上层的别固定。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-5-9 20:35

sobereva 发表于 2015-5-9 19:26
基底最下层的原子一般都是固定住的，但上层的别固定。

我的意思是这种片段定义是否有助于这种结构的计算（修饰基团为片段1，基底为片段2）？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-10 01:26
光是定义片段没用，除非你的任务需要利用片段

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-5-10 01:30

sobereva 发表于 2015-5-10 01:26
光是定义片段没用，除非你的任务需要利用片段

谢谢大神解答这么晚还在忙？！

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