计算化学公社

标题: 关于QTAIM分析中结合能=势能密度/2的关系 [打印本页]

作者
Author: chunlinxxx 时间: 2018-9-1 04:35
标题: 关于QTAIM分析中结合能=势能密度/2的关系
Sob老师提及过，
In Chem. Phys. Lett., 285, 170, the authors stated that for the hydrogen bond [X-H----O
(X=C,N,O)], the relationship between bond energy EHB and potential energy density V(r) at
corresponding BCP can be approximately described as
EHB=V(rbcp)/2
对于 [X-H----O (X=C,N,O)] 可以通过拓扑分析得到 V(r) 再计算氢键能量
那么如果此类氢键受体O原子属于oxyanion亦即负离子体系，可否应用此关系呢。

另外，本人主客体复合物中存在P=O...H—O氢键，晶体结构中O...O的距离为2.569埃，接近LBHB作用类型，请问Sob大神，如何从量化的角度去研究这种强的相互作用呢，多谢了。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-1 05:54
应该不适合，至少你找一个简单体系测试一下，看看靠谱程度
AIM照样可以讨论。也可以用讨论化学键的方式，比如Mayer键级、ELF等，密度差图也可以用，这里有说
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

作者
Author: chunlinxxx 时间: 2018-9-2 05:54
多谢Sob老师的回复。
应用此经验公式，AIM分析结果是主体分子脲或者酰胺官能团N-H...O(anion)在5.6-8 kcal/mol范围。我的Guest是H2PO4-，负离子O-H与主体分子P=O之间为计算为18 kcal/mol, 也接近LBHB强度范畴。看来也没什么问题，我可以直接用吗？

Sob 老师一文中‘’通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程’ 详细介绍了动画的制作，请问如何使用Multiwfn去文献中报道的ELF+RDG等值面作静态图片用于发表，一起对比分析体系中较强的氢键和较弱的氢键呢，谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-2 07:46

chunlinxxx 发表于 2018-9-2 05:54
多谢Sob老师的回复。
应用此经验公式，AIM分析结果是主体分子脲或者酰胺官能团N-H...O(anion)在5.6-8 kcal ...

或许凑合能用，但做好被审稿人吐槽的心理准备

第二个问题有语病，看不懂

作者
Author: chunlinxxx 时间: 2018-9-2 11:00
嗯，谢谢老师。

第二个问题其实我想问的是通过Multiwfn计算把所得ELF and NCI cub文件用VMD一起显示出来呢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-2 18:20

chunlinxxx 发表于 2018-9-2 11:00
嗯，谢谢老师。

第二个问题其实我想问的是通过Multiwfn计算把所得ELF and NCI cub文件用VMD一起显示出来 ...

显示到一起很容易，先用绘制NCI图的脚本把NCI图显示出来，再把ELF的cube拖到VMD里，设置成等值面显示方式即可

作者
Author: chunlinxxx 时间: 2018-9-3 05:20
谢谢Sob

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)