计算化学公社

标题: 有人用Amber扫过反应的path吗 [打印本页]

作者
Author: lph 时间: 2018-9-1 15:30
标题: 有人用Amber扫过反应的path吗
采用Gaussian或者Charmm扫描某个反应的势能面或者path非常简单。只需要定义一些反应坐标，定义一下步长delta=0.1埃之类，然后它们就能自动进行扫描优化输出能量用于分析了。

但是Amber扫啊起来太复杂了（qm/mm方法下），貌似它没法定义delta，每一个点的结构都需要单独设置输入文件，比如我要扫1000个点就需要1000个控制文件。

有没有前辈用Amber做过类似工作呢？有没有简便一些的方法呢？

作者
Author: 万里云 时间: 2018-9-3 09:31
实在没办法，就用模板生成输入文件吧。

思路是这样的：http://bbs.keinsci.com/thread-3928-1-1.html。程序可以用系统自带的m4。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-4 02:56
这种工作一般都用shell脚本来实现
论坛里有大量讨论，可用首页google搜索框搜索，网上也有大量shell编程资料

作者
Author: therotyonth 时间: 2018-9-5 20:48
这个问题很好，看了大家的回答我也去学习学习。

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