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标题: Gaussian势能面扫描问题 [打印本页]
作者
Author: lijiaqi    时间: 2018-9-3 08:25
标题: Gaussian势能面扫描问题
本帖最后由 lijiaqi 于 2018-9-4 08:36 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 83) [url=]acs.jpcc.8b05105.pdf[/url]对于文献中势能面柔性扫描，我用关键词#p opt=modredundant m06/6-31g(d,p)   
末尾设置二面角变化 13 29 30 32 S 6 30.0
为什么在高斯view中 result 里scan是不可以打开的？请问这种图是怎样做出的，非常感谢
刚性扫描scan结果就可以。谢谢指导


作者
Author: xujian    时间: 2018-9-3 09:01
算出四种构象，然后找到对应构象之间转化的过渡态即可作出此图
作者
Author: 小范范1989    时间: 2018-9-3 09:47
这个图应该不是柔性扫描出来的。
和楼上所说，是先找出四个构型，然后找的过渡态好像是。
作者
Author: 三石草祭    时间: 2018-9-3 09:57
本帖最后由 三石草祭 于 2018-9-3 09:58 编辑
小范范1989 发表于 2018-9-3 09:47
这个图应该不是柔性扫描出来的。
和楼上所说，是先找出四个构型，然后找的过渡态好像是。
正如楼上两位师兄所说的，先找到这四个构象，然后寻找两个构象之间的过渡态，不过在寻找过渡态时，和楼主想的一致，进行了柔性扫描的方式，大概确定了过渡态的位置，然后通过TS的方式得到，寻找过渡态，初猜结构是关键，柔性扫描可以很好的帮助你找到这个结构
作者
Author: sobereva    时间: 2018-9-3 10:24
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了
作者
Author: lijiaqi    时间: 2018-9-3 11:08
xujian 发表于 2018-9-3 09:01
算出四种构象，然后找到对应构象之间转化的过渡态即可作出此图

好的，谢谢，请问最初四种构想怎么确定呢？自己固定的二面角吗？过渡态要怎么去找呢？非常感谢
作者
Author: lijiaqi    时间: 2018-9-3 11:11
小范范1989 发表于 2018-9-3 09:47
这个图应该不是柔性扫描出来的。
和楼上所说，是先找出四个构型，然后找的过渡态好像是。

谢谢，文章说是做了柔性扫描，我想再问下柔性扫描我的关键词没有问题，最终也正常结束，但是在高斯view看不到，这个是怎么出错了？谢谢师兄
作者
Author: lijiaqi    时间: 2018-9-3 11:12
三石草祭 发表于 2018-9-3 09:57
正如楼上两位师兄所说的，先找到这四个构象，然后寻找两个构象之间的过渡态，不过在寻找过渡态时，和楼主想 ...

请问TS是什么方式呢？非常感谢
作者
Author: lijiaqi    时间: 2018-9-3 11:12
sobereva 发表于 2018-9-3 10:24
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你 ...

好的，谢谢老师
作者
Author: 三石草祭    时间: 2018-9-3 12:07
lijiaqi 发表于 2018-9-3 11:12
请问TS是什么方式呢？非常感谢

四个构象需要手动调整二面角优化，给体和受体面面分布的有两个，垂直分布的有两个，关于你说的柔性扫描无法读取的问题，可以上传输出文件。关于过渡态的知识，可以参照sob老师的帖子http://sobereva.com/44
作者
Author: lijiaqi    时间: 2018-9-4 08:38
三石草祭 发表于 2018-9-3 12:07
四个构象需要手动调整二面角优化，给体和受体面面分布的有两个，垂直分布的有两个，关于你说的柔性扫描无 ...

好的，非常感谢，我去看下过渡态知识，麻烦你再帮忙看下柔性扫描，文件已上传。谢谢
作者
Author: Regina    时间: 2018-12-24 10:53
请问你们有做过激发态氢键键长的势能面扫描的吗，总是出现l502错误，是怎么回事呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2018-12-25 01:03
Regina 发表于 2018-12-24 10:53
请问你们有做过激发态氢键键长的势能面扫描的吗，总是出现l502错误，是怎么回事呢？

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
作者
Author: Regina    时间: 2018-12-27 09:59
sobereva 发表于 2018-12-25 01:03
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

好的，我试试
作者
Author: 秦宁    时间: 2020-12-18 21:48
您好，我看您之前咨询过做完柔性扫描后无法查看scan图，后面有解决吗，可以告诉我一下吗？
作者
Author: lijiaqi    时间: 2020-12-20 14:48
秦宁 发表于 2020-12-18 21:48
您好，我看您之前咨询过做完柔性扫描后无法查看scan图，后面有解决吗，可以告诉我一下吗？

我自己做扫描，关键词相同，使用笛卡尔坐标，正常结束且可以查看扫描结果



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