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标题: lammps做拉伸动力学的问题 [打印本页]

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huanghuang    时间: 2018-9-3 14:32
标题: lammps做拉伸动力学的问题
本帖最后由 huanghuang 于 2018-9-3 14:33 编辑

求助一下  用lammps做恒速拉伸动力学的时候,拉力的值为负的比较多,这是什么原因呢?而且PMF的值一直不能达到一个稳定的状态,一直在增大

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fhh2626    时间: 2018-9-3 14:37
力为负就是那一段做负功啊,你把做功的曲线画出来就可以大致知道哪个结构更稳定了。不过你要想得到自由能曲线的话还是要多次模拟使用Jarzynski's equality来计算
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huanghuang    时间: 2018-9-3 15:14
我是做的蛋白和晶体的吸附体系的解吸,现在还在调参数,不求解自由能,主要是看蛋白的解吸的残基的一些细节情况,怎么样产能说明自己参数的合理性呢?我理解的是PMF值达到恒定,力的变化最终也趋于稳定?
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huanghuang    时间: 2018-9-3 15:15
fhh2626 发表于 2018-9-3 14:37
力为负就是那一段做负功啊,你把做功的曲线画出来就可以大致知道哪个结构更稳定了。不过你要想得到自由能曲 ...

我是做的蛋白和晶体的吸附体系的解吸,现在还在调参数,不求解自由能,主要是看蛋白的解吸的残基的一些细节情况,怎么样产能说明自己参数的合理性呢?我理解的是PMF值达到恒定,力的变化最终也趋于稳定?
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fhh2626    时间: 2018-9-3 15:58
huanghuang 发表于 2018-9-3 15:15
我是做的蛋白和晶体的吸附体系的解吸,现在还在调参数,不求解自由能,主要是看蛋白的解吸的残基的一些细 ...

用Jarzynski's equality计算出来的自由能在远端趋于恒定或者略微下降




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