计算化学公社

标题: Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-5 07:14
标题: Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

Installation method of Gaussian and issues related to running

文/Sobereva@北京科音

First release: 2018-Sep-5 Last update: 2023-Aug-29

Gaussian是目前最流行、用户最多的量化程序，从《2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计》（http://sobereva.com/420）的统计就可见一斑。很多初学者在安装Gaussian时总是遇到各种问题。网上有大量乌七八糟的关于安装Gaussian的中文资料，极少有完全正确的，严重毒害Gaussian初学者，导致他们绕了大量弯路。鉴于笔者答疑过程中关于安装Gaussian的问题出现频率很高，这里就说一下最正确的安装Gaussian的方法，以正视听，同时也说一些常见的相关问题。如果你在网上看到的安装步骤与本文不同，那么要么有多余的步骤，要么是错误的，导致配置完了之后Gaussian都没法完全正常运行！下文当中每一个空格都要看清楚，如果你视力太差看不清楚空格，可以从本文当中直接复制命令。

PS：如果你是几乎零基础想开始上手做量子化学计算的人，想最好、最快速、最系统、最正确地学怎么用Gaussian做量子化学计算，十分建议参加北京科音初级量子化学培训班，见http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html的介绍和《谈谈学量子化学如何正确地入门》（http://sobereva.com/355）。

1 在Linux下安装和运行Gaussian

1.1 几个Linux常识

考虑到一些Gaussian使用者是Linux初学者，为便于他们顺利安装Gaussian，这里先普及几个常识。

关于shell：Linux下有很多种shell，诸如bash、csh、ksh等，相当于不同的文本终端的界面。不同的shell下一些命令不同，比如设置环境变量，在bash里用export命令，而在csh里用set命令。其中Bash是最常见的shell，也是大多数Linux系统默认的shell。如果你不确定你当前用的是什么shell的话，可以在Linux终端里输入echo $SHELL看显示的是什么。本文假定大家用的是bash，如果用的不是bash，也可以在终端里输入bash切换成bash shell。

关于用户主目录：Linux下每个用户都有自己的主目录。默认情况下，你以命令行方式登录系统后，你当前所在的目录就是用户主目录，可以敲pwd命令显示当前的目录。如果你是普通用户的话，那么主目录将为/home/[用户名]/。如果你是root的话，那么主目录就是/root/。

关于文件权限：Linux下每个文件都有称为权限的属性，可以用chmod命令来修改。权限包括是否可执行、是否可读取、是否可修改。比如chmod +x ./niconiconi就会把当前目录下的niconiconi加上可执行权限，再比如chmod 750 /sob/yoshiko.exe命令就会把/sob/yoshiko.exe文件设为750权限。这里750的百位数、十位数、个位数分别对应这个文件对于当前用户的权限、对于与当前用户同组用户的权限、对于其它组用户的权限。7对应完整的权限，即可执行、可读取、可写入，5代表可读取、可执行，而0代表所有权限都没有。更多关于chmod的知识请自行google。

关于.bashrc文件：每个用户主目录下都会有.bashrc文件，这是个文本文件，里面记录了当你每次登录bash shell的终端的时候都会自动执行的命令。因此如果有些命令你希望每次登录终端时都能生效，那么把命令写入.bashrc文件即可。.bashrc文件里有一些自带的内容，那些都不用管，自己加新的命令往此文件末尾添加即可。Linux下所有开头为.的文件都是隐藏文件，直接用ls命令看不到，而得用诸如ls -a才能看到。如果你是在系统自带的图形界面的文件浏览器下，得按一次Ctrl+H才能看到隐藏文件。显然，.bashrc文件也是个隐藏文件。

1.2 Gaussian的安装

假设当前用户名是sob，要把Gaussian安装到自己的主目录下，且用的是bash，那么安装过程为：

把Gaussian压缩包解压到/home/sob/目录下

建立一个文件夹用于储存Gaussian运行过程中产生的临时文件，位置随意。比如此例我们建立/home/sob/g09/scratch。

用vi或者gedit等文本编辑器打开/home/sob/.bashrc，在里面加入以下语句然后保存文件。
export g09root=/home/sob
export GAUSS_SCRDIR=/home/sob/g09/scratch
source /home/sob/g09/bsd/g09.profile
其中，g09root环境变量用来说明Gaussian目录被放在了哪个目录下。GAUSS_SCRDIR环境变量用来说明哪个文件夹作为临时文件夹。source命令用来执行Gaussian自带的脚本文件，其中包含了各种配置Gaussian运行环境的命令。

重新进入终端使以上内容生效（如果你是用Linux图形环境，就关闭终端窗口，然后重新打开。如果你是通过ssh方式登录服务器，就断开连接，然后重新连接服务器）

Gaussian目录下的Default.Route用来设定默认用的计算资源（如果没有此文件就新建一个），-M-设置默认用的最大内存量（一般用MB或GB为单位，也可以用MW和GW，1MW=8MB、1GW=8GB），-P-设置默认用多少CPU核数来并行计算。比如我们想默认用36个核心、最大60GB内存做计算，就在/home/sob/g09/Default.Route里面写入以下内容
-M- 60GB
-P- 36
此文件中的设置优先级低于输入文件里的%mem和%nproc设置。因此，输入文件里没写%mem的时候才会用这里的-M-设置，输入文件里没写%nproc的时候才会使用这里的-P-设置。如果你既没在这里设-P-也没写%nproc，那么程序只用单核计算。如果你既没在这里设-M-也没写%mem，那么G09最多用256MB内存，G16最多用800MB内存（注：值得一提的是G16 C.01有bug，Default.Route里的-M-不生效，必须自己靠%mem方式定义内存。其它版本Gaussian没这个问题）。

最后，切换到/home/sob/g09/目录，运行chmod 750 -R *命令，之后Gaussian就可以使用了。这里-R *代表对当前目录下所有文件和所有子目录下的文件都设置权限。

如果你用的是Gaussian 16，只需把上面过程中所有g09改成g16即可，其它没有任何差别。

友情提示：默认情况下，当Gaussian任务运行中途中断，在GAUSS_SCRDIR环境变量设的临时文件夹里就会残留当前运行时生成的临时文件，文件名是任务的pid号。日积月累，可能此目录下的残留的临时文件体积会巨大，把硬盘占满，导致之后的各种Gaussian任务运行一开始就失败。因此，建议定期把临时文件夹里的内容清空，但不要在有任务运行的时候清理（或者，至少清理的时候别清掉当前任务对应的临时文件。用top或ps命令可以查看pid号）。

PS 1：网上一些乌七八糟的介绍安装Gaussian的文章中还说要设定PATH、LD_LIBRARY_PATH、GAUSS_EXEDIR之类的环境变量，这是完全多余的。打开g09.profile看一眼就知道，这些环境变量在profile文件里都会自动设好，因此按照前文source一遍.profile文件就完事了，根本没有丝毫必要手动去设那些环境变量。本文介绍的绝对是步骤最少而且最正确的安装步骤。
PS 2：如果要在集群中给所有用户安装公用的Gaussian，可参考http://bbs.keinsci.com/thread-14301-1-1.html。

1.3 Gaussian在Linux下运行的命令

这里顺便提一下Gaussian在Linux下的运行方法。常见有以下几种，test.gjf是输入文件
g09 < test.gjf > test.out （信息都输出到test.out里。末尾可以再加上&令任务在后台运行）
g09 < test.gjf |tee test.out （信息输出到test.out的同时也同时输出到屏幕上）
g09 test.gjf （输出文件将默认为当前目录下的test.log）

以上面第1种或第3种方式运行时，如果你又想把输出信息在屏幕上不断同步显示了，那么可以运行tail -f test.out。

使用SSH远程登录服务器时，如果提交了Gaussian任务，则与服务器连接中断后任务也相应地中断。为了能让任务在断开连接后也能一直在服务器上继续跑完，提交任务时应当写
nohup g09 < test.gjf > test.out &
并且退出时要用exit命令先优雅地断开连接，而不要直接关终端。这样任务就会在服务器上继续跑直到完成。

从G16开始，如果在gjf里没定义%nprocs、%cpu、%mem，也可以在运行命令里方便地直接指定，比如
g16 -p=16 -m="40GB" < love.gjf > love.out
相对于定义了%nprocs=16和%mem=40GB。再比如
g16 -c="0-47" < live.gjf > live.out
相对于定义了%cpu=0-47只在第0~47号CPU核心上计算。命令行里直接指定参数的优先级高于Default.Route。

1.4 Gaussian运行的几个常见问题

(1)运行时提示files in the gaussian directory are world accessible. this must be fixed
这说明你没做chmod 750 -R *这一步。Gaussian如果发现其可执行文件对于所有用户都可以访问时就不干，这是Gaussian的一个莫名其妙、很固执的地方。

(2)运行时提示Error: illegal instruction , illegal opcode
这说明Gaussian和你的CPU不兼容，确切来说，是你的CPU太老，不支持Gaussian在开发者编译程序的时候使用的指令集。比如Gaussian 16有利用较新的AVX2指令集的版本，也有不利用AVX2指令集的版本，前者运行速度更快。如果你用的是前者，而你的CPU较老，比如是XEON v3及之前系列的服务器CPU，或者你用的是Intel的消费级的CPU而型号是3xxx及之前的，由于不支持AVX2指令集，运行就会报上面的错误。解决方法就是购买非AVX2版的Gaussian 16或者换机子。PS：什么CPU支持什么指令集，可以去看我的硬件资料库（http://sobereva.com/datasheet.rar），对于Intel的CPU也可以去查Intel ARK（https://ark.intel.com/）。

还有一种情况是你用的是较新的AMD的CPU，比如ZEN2架构的，虽然支持相应的指令集，但由于编译器与CPU架构之间的兼容问题导致以上报错。可尝试在运行Gaussian前通过这行命令定义环境变量：export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge。

(3)运行时该用多少CPU核心？

如果你的机子打算只跑一个Gaussian任务，那么一般建议CPU有多少物理核心就用多少核数来并行，这样通常最快。若有额外CPU核心闲着也是白白浪费。注意，对于采用了超线程(HT)技术的CPU而且管理机子的人没有把超线程关闭的话，逻辑核心数会是物理核心数的两倍。如果你搞不懂这一点，务必看《正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响》（http://sobereva.com/392）。比如，如果你的机子是双路2696v3 CPU，一共有36个物理核心，对应72个逻辑核心，而且你平时只跑一个Gaussian任务，那么Default.Route里的-P-或者输入文件里的%nprocs后面应该写36。

有一个特例是当你跑的任务特别小，比如就是10个原子左右的很小分子在很廉价的B3LYP/6-31G*下做柔性扫描，亦有可能分配诸如96核时反倒比分配16核时更慢。情况实测便知。

计算速度和使用的核数绝对不是理想的线性的正比关系。并行的核数越多，继续增加核数使速度提升的幅度就越低，对越是便宜的计算任务这点越明显。对于Gaussian 16，并行核数用到50核左右就接近速度的极限了，继续提升的余量看具体计算任务。即曰，虽然并行核数越多总耗时越低（不排除极个别例外），但并行效率越低。所以，如果CPU的核数很多，比如你用的是一个2*48=96个物理核心的双路服务器，同时用跑两个48核并行的任务远比跑一个96核的任务更能充分发挥CPU的性能。注意同时跑两个任务时建议把两个任务用%cpu分别绑定在两个不同CPU上以减少资源争抢拖慢速度，详见《淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈》（http://sobereva.com/653）第6节关于跑Gaussian部分的文字。如果机子核数特别多，比如是128核服务器，有大量任务要跑，那么还可以同时跑4个乃至8个任务，CPU利用程度会更充分。注意所有Gaussian任务调用的核数的总和不要超过机子的物理核心数，且分配给各个任务的可用内存量的总和不能超过空余物理内存量。还要注意有些任务，比如后高阶的HF，不仅特别耗内存，而且读写硬盘量往往非常大，这样的任务别一次跑好几个，要不然可能内存不够直接崩溃，或者在硬盘读写上严重争抢，导致哪个任务都巨慢。

当设定的并行核数超过64时，对于Gaussian 16 B.01及之前的版本来说，Gaussian可能一上来就会报错。解决办法是在~/.bashrc里添加比如export OMP_THREAD_LIMIT=256，这样就把并行核数上限提升到256了，因此就可以使用超过64核并行了。

(4)运行时该分配多少内存？
Gaussian里同一个任务可能有不同算法，有的速度快但是耗内存高，有的算法速度慢但是耗内存少，如果你的内存给得足够大，Gaussian往往会自动选择速度最快的算法。而且对于有的算法，当可用内存较大时，计算量就会较小。因此，一般建议是有多少空余物理内存，就分配多少内存给Gaussian。何况，有些任务本身就特别耗内存，内存分配小了则Gaussian根本没法完整执行完此任务，或者程序会自动降低并行线程数来降低内存消耗，使得任务在有限的内存量下得以算完，但显然会因此导致耗时增加。如果你的机子里打算只跑一个Gaussian任务，那么把实际物理内存量中扣除一部分分配给操作系统和后台任务的，其余部分都给Gaussian即可。为稳妥起见，我建议把90%左右的物理内存分配给Gaussian。如果内存分配量超过了空余物理内存，将导致程序运行一开始就会报错，或者程序可能会试图使用虚拟内存（即把相对来说速度很慢的硬盘虚拟成内存来用）而导致计算速度被严重拖慢。如果你要跑多个Gaussian任务，那么所有任务分配的内存量的总和不应当超过空余物理内存量。

给Gaussian分配的内存量是Gaussian对内存使用量的上限，不是说分配多少就都会被占满。诸如普通泛函的DFT单点任务（假设以默认的direct SCF方式运行时），由于其算法原因，注定就占不了什么内存，所以你分配200GB可能实际也只会占用300MB。

PS：有兴趣的读者不妨看看《硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试》（http://sobereva.com/397），里面有一些关于内存分配量对计算速度影响的测试。

我老看到有初学者，不知道为什么，做Gaussian计算时分配的内存量超级吝啬！常看到有人比如用36核做计算，内存只分配少得可怜的10GB甚至6GB，非常莫名其妙！有36核的机子的内存总量怎么可能连64GB都没有？机子里那么多的空余内存不利用起来留着干嘛？明明把更多的内存给Gaussian不仅没害处，还往往能加快计算，干嘛偏偏就给一点点内存？到底在想什么？最最最最起码，用N核并行，也要给N GB内存，否则且不说速度，对很多耗内存略多的任务就连正常算完都做不到。

(5)如何在机子里令Gaussian 09和16并存？
比如你把g09和g16都放在了/home/sob下，为了能够令g09和g16都有可能被使用，你可以在.bashrc文件中加入比如以下内容
export g09root=/home/sob
source /home/sob/g09/bsd/g09.profile
#export g16root=/home/sob
#source /home/sob/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=/home/sob/g09/scratch
其中#用来注释，因此凡是前头带#的行，说明此行在当前情况下不生效。因此，当前情况只能用g09而不能用g16。如果你接下来想改用g16，那么就修改.bashrc文件，把g16对应的两行前头的#挪到g09对应的两行的开头，然后保存文件，重新进入终端，此时g09就没法用了，而g16则可以使用了。

由于g09和g16在一些运行环境的配置上是共通的，没有办法同时令g09和g16命令都可以正常使用。

PS：实际上，每次运行bash命令，也会把.bashrc文件里的信息执行一遍，但在前面的叙述中，都是通过重新进入终端来使.bashrc内的信息生效，因为这样做是最保险的。这是考虑到g09或g16.profile的某些命令可能是对环境变量里的内容进行追加，而不是重设。只有重新进入终端，那么当前的环境变量和只执行过一次profile里的配置命令才是相同的，才可以严格确保g09和g16不会在运行时候出现混乱。

(6)我运行formchk命令，怎么提示找不到命令？
这说明你没有严格按照前文的方法配置Gaussian（可能你被网上的一些文章坑了）。

(7)运行一开始提示此类报错怎么回事？
Entering Gaussian System, Link 0=g09
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /sob/g09/scratch/Gau-75009.inp
这说明GAUSS_SCRDIR环境变量所指向的路径（比如当前为/sob/g09/scratch）目前不存在，应当仔细检查路径。另外，如果GAUSS_SCRDIR环境变量指向的是一个虽然存在，但是你没有可读写权限的路径，Gaussian运行时由于没法创建临时文件，显然也会运行失败。

(8)运行一开始报错galloc: could not allocate memory
说明你设Gaussian内存使用量上限过大了，超过了实际可分配的内存量。虽然如前所述，不是你给Gaussian分配多少内存Gaussian就会实际用多少（计算过程中内存实际使用量可以在top命令里看），但是Gaussian会在计算一开始就向系统请求你设的内存量，如果发现没法分配那么多就直接报错。

(9)Gaussian任务没有报错，但是却莫名其妙停了怎么办？
有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达到类似目的的关键词再试。也可以尝试重启计算机
2 当前版本Gaussian的bug。尝试其它版本或其它操作系统的Gaussian
3 当前Gaussian版本和计算机的软件环境有兼容性问题。可尝试其它版本或其它操作系统的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版的Linux再试，对于Windows把各种安全防护程序都关掉乃至完全卸载再试（最坏的情况也可能需要重装操作系统）
4 任务被bad people杀了。重算，如果发现的确是有人恶意杀了你的任务，找管理员告状
5 任务被作业调度系统杀了（如超过了任务执行时间上限、内存最大使用量等原因），咨询计算机的管理员
6 给Gaussian用的内存分配得不够。增大%mem或配置文件里的默认的内存设置（-M-）。也可能虽然内存分配得够，但当前计算机的空余物理内存不够导致没法成功分配那么多内存。还可能一开始空余物理内存够，但运行中途有其它程序占了过多内存导致Gaussian没法再利用足够的内存
7 计算机硬件不稳定，检修或换成其它机子

2 在Windows下安装和运行Gaussian

Windows版Gaussian的安装很简单，启动安装程序，输入序列号，然后下一步下一步即可。注意绝对别把Gaussian装到带有中文的路径下，否则以后使用过程中可能会碰到一些莫名其妙的错误。比如把程序装到了D:\study\G09W下，那么安装后应当手动建立一个文本文件D:\study\G09W\scratch\Default.Rou，这个文件就是Windows下的默认的计算资源的配置文件，里面要填的内容和Linux下的Default.Route是完全相同的。

绝大多数人用的Windows版Gaussian都是32bit版的，主要是因为Win32版售价比Win64版便宜得多（这里不是指操作系统是多少位，而是Gaussian程序自身是多少位）。32bit版Gaussian在运行时对资源限制极大，并行核数最多只能设为4（实际上还有只支持串行运行的Windows版Gaussian，售价更便宜，但很少见），而且内存最多只能分配1500MB左右。我个人建议设成1400MB，因为设成1500MB的时候仍有可能在个别情况下因为内存分配问题而运行失败。如果想不受制于核数和内存的限制，那就得改用64bit版Gaussian了。除非是计算量较小的任务，否则运行的时候都应当用64bit版。
注：目前的Linux版Gaussian一律都是64bit的，32bit版也根本不卖了，很老版本的Gaussian才有32bit Linux版。

如果你的CPU核数不是很少的话，强烈不建议用Windows版Gaussian。十几核情况下，Windows 64bit Gaussian就已经远远远远慢于Linux版Gaussian，几乎没使用价值，极大地浪费CPU计算能力。如果真是需要同时用Windows环境，正确的做法是用VMware虚拟机装Linux系统跑Linux版Gaussian，这非常简单，见《在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示》（http://sobereva.com/454）。在虚拟机里跑Gaussian可以发挥CPU至少85%的实际运算能力，速度已经远远快于用Windows版了。Win10用户也可以用WSL跑。

Windows用户一般还会安装GaussView，这是Gaussian官方开发的Gaussian图形界面程序。记得一定要先安装Gaussian再安装GaussView，而且GaussView应当安装到与Gaussian相同的目录下，否则可能导致GaussView识别不到Gaussian可执行文件。此时不仅启动GaussView的时候会有警告，而且由于GaussView将没法调用Gaussian目录下的可执行程序，此时GaussView很多特性和功能将无法使用，比如无法载入chk文件、无法绘制分子轨道等值面、无法向Gaussian提交任务等。

应当注意Gaussian和GaussView的版本兼容性。根据笔者经验，Gaussian 09建议搭配GaussView 5.0.9使用，Gaussian 16建议搭配GaussView 6.0.16（目前的最新版本）使用，这样兼容性是最好的，否则会有很多问题。比如GaussView 6.0.16打开G09的IRC任务的帧号顺序是错乱的，而GaussView 5.0.9无法正确载入Gaussian 16的振动分析输出文件等。

启动Gaussian的Windows版的图形界面后，在File - Preference里会看到一些配置选项，一般不用去改。Windows版默认的Gaussian临时文件夹是其目录下的scratch目录，如果你想把临时文件目录改为其它路径，可以修改里面的Scratch Path设置。ASCII Editor设的是在Gaussian图形界面里打开输出文件时调用的文本编辑器，默认是记事本，如果你机子里有Ultraedit、notepad++等更强大的文本编辑器，建议改成这些文本编辑器的路径。

有些人在运行Windows版Gaussian时明明输入文件正确，计算任务计算量也很小，却在中途莫名其妙地卡住、出现莫名其妙的报错，这往往是因为机子里的360等垃圾山寨安全程序捣的鬼。把这些垃圾程序删掉往往就能解决。另外，笔者发现XEON v3（对于v4等其它型号可能也有）系列的一些CPU运行win32版Gaussian09/16时会失败，这应当是CPU和程序兼容性的原因，目前没有发现好办法解决（不过这不是什么大问题，一般也不会有人用几十核的服务器去跑win32版Gaussian）。

作者
Author: Mikasa 时间: 2018-9-5 08:18
修改.bashrc之后也可以直接source ~/.bashrc使新设置生效，而不必重新进终端（当然重新登录可能更方便

）。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-5 08:57

Mikasa 发表于 2018-9-5 08:18
修改.bashrc之后也可以直接source ~/.bashrc使新设置生效，而不必重新进终端（当然重新登录可能更方便 ...

重新进终端的目的不仅仅是运行一遍.bashrc，运行bash命令也可以实现这一点，重新进终端的目的是完全避免一些语句对一些变量重复做增量操作（如export test=$test:/nico）导致最终效果和只运行一次时不符，致使出现最终效果不是预期的风险（尤其是.bashrc里还存在配置其它程序用的其它语句的时候，牵扯$PATH）

作者
Author: captain 时间: 2018-9-5 09:11
请问大神
经常看到.bashrc文件里有如下设置
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$g09root
export PATH=$PATH:$g09root
这还有必要加在里面吗？

作者
Author: hakuna 时间: 2018-9-5 09:18
拜读了
“
Gaussian目录下的Default.Route用来设定默认用的计算资源，-M-设置默认用的最大内存量（一般用MB或GB为单位），-P-设置默认用多少CPU核数来并行计算。比如我们想默认用36个核心、最大60GB内存做计算，就在/home/sob/g09/Default.Route里面写入以下内容
-M- 30GB
-P- 8
......
”笔误么？

“再比如chmod 750 /sob/yoshiko.exe命令就会把/sob/yoshiko.exe文件设为750权限....."
yoshiko是sob事务主管么

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-5 09:20

hakuna 发表于 2018-9-5 09:18
拜读了
“
Gaussian目录下的Default.Route用来设定默认用的计算资源，-M-设置默认用的最大内存量（一般用 ...

笔误，已改

作者
Author: hakuna 时间: 2018-9-5 09:21

captain 发表于 2018-9-5 09:11
请问大神
经常看到.bashrc文件里有如下设置
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$g09root

查看一下g16.profile/g09.profile文件

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-5 09:25

captain 发表于 2018-9-5 09:11
请问大神
经常看到.bashrc文件里有如下设置
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$g09root

这是完全多余的
典型的以讹传讹的设置
写本文的目的正是批这些网上流传的不正确或者存在多余步骤的安装Gaussian的方法

作者
Author: captain 时间: 2018-9-5 09:27

hakuna 发表于 2018-9-5 09:21
查看一下g16.profile/g09.profile文件

里面已经有了
看来不用写在.bashrc里面了
谢谢！

作者
Author: captain 时间: 2018-9-5 09:28

sobereva 发表于 2018-9-5 09:25
这是完全多余的
典型的以讹传讹的设置
写本文的目的正是批这些网上流传的不正确或者存在多余步骤的安装 ...

明白了
.profile文件里面已经设定好了

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2018-9-6 21:45
Linux版高斯在在WSL环境里的Ubuntu系统上自定义安装报错，想试试这样干行得通不，求大神解答

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-7 02:39

灰飞的旋律发表于 2018-9-6 21:45
Linux版高斯在在WSL环境里的Ubuntu系统上自定义安装报错，想试试这样干行得通不，求大神解答

我不爱用WSL（破事多），不清楚。我在windows下跑linux程序一律用vmware虚拟机，和实体linux下的操作完全一样

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2018-9-8 10:49

sobereva 发表于 2018-9-7 02:39
我不爱用WSL（破事多），不清楚。我在windows下跑linux程序一律用vmware虚拟机，和实体linux下的操作完全 ...

嗯嗯，我也用这虚拟机呢，想测试下WSL的兼容性和计算性能，好的话就不用虚拟机。
原因找到了：bashrc里面少了一行export GAUSS_EXEDIR=/home/apps/g09，没有它就会报gau-machine：command not found

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-9 01:59

灰飞的旋律发表于 2018-9-8 10:49
嗯嗯，我也用这虚拟机呢，想测试下WSL的兼容性和计算性能，好的话就不用虚拟机。
原因找到了：bashrc里 ...

设定GAUSS_EXEDIR的语句在g09.profile文件里本身已经有了，如下所示。如果严格按照文中对此文件做过source，绝对不需要手动设这个（网上一些乱七八糟文章设这个是完全多余的）。但我不排除在WSL下有特殊性的可能（跟实体Linux情况往往有较大出入，是我很不喜欢WSL的原因）

gr=$HOME
if [ "$g09root" ]
then gr=$g09root
fi
export GAUSS_EXEDIR="$gr/g09/bsd:$gr/g09/local:$gr/g09/extras:$gr/g09"
export GAUSS_LEXEDIR="$gr/g09/linda-exe"
export GAUSS_ARCHDIR="$gr/g09/arch"
export GAUSS_BSDDIR="$gr/g09/bsd"

作者
Author: dreamyeye 时间: 2018-9-11 21:12
sob老师，本来能正常使用G16，现在突然运行nohup g16 XX.gjf &时，在nohup.out文件中出现了如下内容，暂时不知该如何处理，您觉得是什么情况？

FIO/stdio: Bad file descriptor
FIO-F-/formatted write/unit=6/error code returned by host stdio - 9.
File name = stdout    formatted, sequential access record = 1
In source file ml0.f, at line number 165
  g16() [0x12e3277]
  g16() [0x129f5cf]
  g16() [0x127f0df]
  g16() [0x128616e]
  g16() [0x1285c9e]
  g16() [0x1285d29]
  g16() [0x40c64b]
  g16() [0x40bc34]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2ac189be3b15]
  g16() [0x4063a9]

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-12 05:26

dreamyeye 发表于 2018-9-11 21:12
sob老师，本来能正常使用G16，现在突然运行nohup g16 XX.gjf &时，在nohup.out文件中出现了如下内容，暂时 ...

先别加nohup和&，看是什么情况。如果产生了log文件，看里面有什么信息

作者
Author: dreamyeye 时间: 2018-9-13 15:58

sobereva 发表于 2018-9-12 05:26
先别加nohup和&，看是什么情况。如果产生了log文件，看里面有什么信息

谢谢，已经搞定了，另外看到有的教程里说在解压完了以后有“./bsd/install”这一步，我发现我无论做不做这一步，都可以正常使用G16，请问sob老师，这一步有什么用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-14 05:20

dreamyeye 发表于 2018-9-13 15:58
谢谢，已经搞定了，另外看到有的教程里说在解压完了以后有“./bsd/install”这一步，我发现我无论做不做 ...

所以如文章一开始的红字所说，那些教程都是坑爹的，毒害无数人，这是我为什么要写这篇以正视听的原因
打开这文件一看就知道运行这步根本毫无意义

作者
Author: void 时间: 2018-9-14 09:32

dreamyeye 发表于 2018-9-13 15:58
谢谢，已经搞定了，另外看到有的教程里说在解压完了以后有“./bsd/install”这一步，我发现我无论做不做 ...

这个貌似是linda跨节点并行版才需要做的。没有linda就不需要。现在很少有买带linda的了。

作者
Author: dreamyeye 时间: 2018-9-14 12:54

void 发表于 2018-9-14 09:32
这个貌似是linda跨节点并行版才需要做的。没有linda就不需要。现在很少有买带linda的了。

谢谢，我在install这个文件里看到了“linda”的字样。

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2018-9-21 11:27
在一个user下将gaussian配置在了/data下，使用另一user访问时，提示-bash: /data/g16/bsd/g16.profile: 权限不够，请问应该如何处理这个问题？多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-21 12:11

Chenglong_li 发表于 2018-9-21 11:27
在一个user下将gaussian配置在了/data下，使用另一user访问时，提示-bash: /data/g16/bsd/g16.profile: 权 ...

把那个user设成和之前那个user相同的组，并且把gaussian目录下的文件设成同组成员都可以访问
要么就索性把Gaussian在那个user的组下面也装一份

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2018-9-22 13:18

sobereva 发表于 2018-9-21 12:11
把那个user设成和之前那个user相同的组，并且把gaussian目录下的文件设成同组成员都可以访问
要么就索性 ...

加入相同的组，将gaussian目录权限从750更改为770

作者
Author: 暴力摩托 时间: 2018-9-23 10:44
十分有用的教程，学习了

作者
Author: 月光夸克 时间: 2018-9-29 21:07
运行Gaussian16总是出现如图提示然后计算中断，相关输出文件见附件，请问这是什么原因造成的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-29 21:46

月光夸克发表于 2018-9-29 21:07
运行Gaussian16总是出现如图提示然后计算中断，相关输出文件见附件，请问这是什么原因造成的呢？

仔细看当前帖子，里面已经说明了

作者
Author: 月光夸克 时间: 2018-9-29 22:25

sobereva 发表于 2018-9-29 21:46
仔细看当前帖子，里面已经说明了

根据我读贴的理解，这可能是由于高斯版本和CPU架构不对应导致的，请问除了更换高斯版本还能有什么好的办法可以尝试吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-29 22:27

月光夸克发表于 2018-9-29 22:25
根据我读贴的理解，这可能是由于高斯版本和CPU架构不对应导致的，请问除了更换高斯版本还能有什么好的办 ...

怎么解决文中说了，要么在支持更新指令集的机子上运行，要么换成不是基于那么新指令集编译的Gaussian，别无它法

作者
Author: biogon 时间: 2018-11-7 10:51
本帖最后由 biogon 于 2018-11-7 11:25 编辑

@灰飞的旋律 WSL你遇到过zsh: command not found: g09的错误吗，我已经添加了你之前增加的那行代码

作者
Author: work.teng 时间: 2018-11-7 12:34
学习了，以前是在各个网上看了好多教程，都是抄来抄去，关键还不全。

作者
Author: hunterpyj 时间: 2018-11-14 10:39
好教程，早点看到就更好了

作者
Author: wang的女人 时间: 2019-1-3 21:12
您好，实在是打扰您了。拜读了您gaussian的安装方法及运行时的相关问题这篇文章，按照您的步骤一步步安装，也深刻理解每一步的含义，被您的学识震撼，但是在配置Gaussian的环境命令之后重新启动中断，显示Gau-machine:未找到命令，请问这是我的g09.profile文件有问题么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-4 07:54

wang的女人发表于 2019-1-3 21:12
您好，实在是打扰您了。拜读了您gaussian的安装方法及运行时的相关问题这篇文章，按照您的步骤一步步安装， ...

你先确认你的你的Gaussian安装包完整。gau-machine就应当在g09目录下。如果此文件存在，那再检查你的安装过程。

作者
Author: wang的女人 时间: 2019-1-4 13:34

sobereva 发表于 2019-1-4 07:54
你先确认你的你的Gaussian安装包完整。gau-machine就应当在g09目录下。如果此文件存在，那再检查你的安装 ...

太感激您了，经过检查发现是我安装过程出错了。连菜鸟都算不上的小白能从中收益很多，感恩

作者
Author: wineewen 时间: 2019-1-21 17:05
本帖最后由 wineewen 于 2019-1-21 17:06 编辑

sober老师您好，我在windows的gaussview上提交计算导出了输入com文件，然后提交到服务器上运算，但是计算根本无法开始跑，*.out文件是空白的，计算也秒从服务器上停止，我一个脚本是nohup g09 < *.com > *.out &，另一个脚本是注明节点的，之前ms提交计算都是这样的，是不是gaussian不能这样呢？麻烦帮忙解答一下~谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-21 18:40

wineewen 发表于 2019-1-21 17:05
sober老师您好，我在windows的gaussview上提交计算导出了输入com文件，然后提交到服务器上运算，但是计算根 ...

没法用通配符
批量执行怎么实现看
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258（http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html）

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-1-30 17:14

Mikasa 发表于 2018-9-5 08:18
修改.bashrc之后也可以直接source ~/.bashrc使新设置生效，而不必重新进终端（当然重新登录可能更方便 ...

拜读了谢谢

作者
Author: LongfeiGao 时间: 2019-3-11 12:34
你好老师，安装gaussianview05 打开时候提示缺少gv5.key文件，该怎么处理

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-11 16:48

LongfeiGao 发表于 2019-3-11 12:34
你好老师，安装gaussianview05 打开时候提示缺少gv5.key文件，该怎么处理

不存在所谓的gaussianview05
GaussView不能写成gaussianview
GaussView也从来没有05版

作者
Author: mol 时间: 2019-5-4 11:34
sob老师可以介绍下g16Linda并行安装吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-4 12:45

mol 发表于 2019-5-4 11:34
sob老师可以介绍下g16Linda并行安装吗

看程序自带的说明文件
我没g16 linda版

作者
Author: mlzhao 时间: 2019-5-6 10:02
老师，我在服务器上重装高斯后发现不能正常运行，也是按照上面的操作来的，请问老师是哪里出错啦

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-7 08:23

mlzhao 发表于 2019-5-6 10:02
老师，我在服务器上重装高斯后发现不能正常运行，也是按照上面的操作来的，请问老师是哪里出错啦

g09root应为/home/g09/soft

作者
Author: 帅金1号 时间: 2019-7-29 21:15
本帖最后由帅金1号于 2019-7-29 21:16 编辑

sob老师您好，就是我安装你的步骤安装好以后，重新打开Linux系统，输入g09和ctrl+c后出现这样的情况，然后我用别的gif文件进行计算时也还有这个错误，想请问怎么样解决这个问题了D:\1.png

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-29 22:40

帅金1号发表于 2019-7-29 21:15
sob老师您好，就是我安装你的步骤安装好以后，重新打开Linux系统，输入g09和ctrl+c后出现这样的情况，然后 ...

你都没写输入文件，显然什么都不给你算。怎么运行在文中已经写明了。

作者
Author: 帅金1号 时间: 2019-7-30 09:03

sobereva 发表于 2019-7-29 22:40
你都没写输入文件，显然什么都不给你算。怎么运行在文中已经写明了。

嗯呐，谢谢sob老师，但是输入文件后也出现这样的错误

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-30 09:57

帅金1号发表于 2019-7-30 09:03
嗯呐，谢谢sob老师，但是输入文件后也出现这样的错误

显然路径输错了
分清楚gif和gjf

作者
Author: 帅金1号 时间: 2019-7-30 10:05

sobereva 发表于 2019-7-30 09:57
显然路径输错了
分清楚gif和gjf

那第一个com文件运行时的错误了，gif的文件他读不了，com文件运行时有错误

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-30 21:07

帅金1号发表于 2019-7-30 10:05
那第一个com文件运行时的错误了，gif的文件他读不了，com文件运行时有错误

看输出文件啊

作者
Author: q_7997 时间: 2019-8-13 23:28
Sob老师，请问我按这种方法安装好Gaussian 09 D01后，在安装完成后运行Gaussian自带的test0000.com文件没问题，在提交自己编写的gjf后，系统立即死机。请问这种问题应该如何解决？
系统是Cent OS 7.7
电脑配置：Intel Xeon Platinum 8171M CPU @ 2.30GHz x104
RAM 128 GiB
GPU GeForce RTX 2060

任务：
%chk=TATAopt.chk
%nprocshared=24
%mem=20GB
# opt=(calcfc,cartesian) 6-31g(d) m062x

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-13 23:58

q_7997 发表于 2019-8-13 23:28
Sob老师，请问我按这种方法安装好Gaussian 09 D01后，在安装完成后运行Gaussian自带的test0000.com文件没问 ...

死机这种事极其诡异。建议你再多试试其它的任务，弄清楚是机子有问题还是软件环境有问题
你的关键词本身没毛病

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-5 09:12
新补充内容

注意，当设定的并行核数超过64时，至少对于Gaussian 16 B.01及之前的版本来说，Gaussian一上来就会报错。解决办法是在~/.bashrc里添加比如export OMP_THREAD_LIMIT=300，这样就把并行核数上限提升到300了，因此就可以使用超过64核并行了。

作者
Author: hmlyz 时间: 2019-12-17 21:10
本帖最后由 hmlyz 于 2019-12-17 21:13 编辑

老师，我按照您文章里的步骤操作，最后打不开，请问是什么原因呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 114)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-19 18:07

hmlyz 发表于 2019-12-17 21:10
老师，我按照您文章里的步骤操作，最后打不开，请问是什么原因呢？

8成是g16放的目录和你设的不符，要不然不会提示找不到g16.profile

作者
Author: naonao5205 时间: 2019-12-20 11:17
sob老师您好，请问在安装gv后，出现了这个错误：
[naonao5205@localhost ~]$ gv
gview.exe: symbol lookup error: gview.exe: undefined symbol: _ZN5Qwt3D11SurfacePlot16staticMetaObjectE
这时候我的变量是这样设置的：
export GV_DIR=/home/naonao5205/tools_pkg/gv
export PATH=$PATH:/home/naonao5205/tools_pkg/gv
alias gv=gview.exe
在查阅了一些帖子后，仍然不知道_ZN5Qwt3D11SurfacePlot16staticMetaObjectE对应的含义，请问sob老师知道吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-20 12:56

naonao5205 发表于 2019-12-20 11:17
sob老师您好，请问在安装gv后，出现了这个错误：
[naonao5205@localhost ~]$ gv
gview.exe: symbol looku ...

应该是和机子里的某些库不兼容

作者
Author: naonao5205 时间: 2019-12-20 20:08

sobereva 发表于 2019-12-20 12:56
应该是和机子里的某些库不兼容

感谢sob老师回复
现在已近解决了，yum install mesa-libGL-devel即可（我是centos8)

作者
Author: a617788816 时间: 2020-1-30 19:53
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-30 20:10 编辑

sobereva 发表于 2019-12-20 12:56
应该是和机子里的某些库不兼容

sob老师您好。我按照您的教程安装后，环境变量设好，也给设置了权限chmod 750 -R *，但出现如下报错。觉得应该是权限问题，这如何解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-30 22:32

a617788816 发表于 2020-1-30 19:53
sob老师您好。我按照您的教程安装后，环境变量设好，也给设置了权限chmod 750 -R *，但出现 ...

仔细看看g16目录下到底有没有l1.exe，没有的话说明压缩包不完整

作者
Author: a617788816 时间: 2020-1-30 23:24
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-31 15:00 编辑

sobereva 发表于 2020-1-30 22:32
仔细看看g16目录下到底有没有l1.exe，没有的话说明压缩包不完整

我检查过是有的,如图CC右下角。我发现当我给l1.exe单独添加可执行权限，又出现了另外的报错如图DD，gaussian无法正常运行，应当如何解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-1 02:14

a617788816 发表于 2020-1-30 23:24
我检查过是有的,如图CC右下角。我发现当我给l1.exe单独添加可执行权限，又出现了另外的报错如图DD，gaus ...

尝试其它chmod设置，反正别所有组都有可执行权限

作者
Author: heiheihaha 时间: 2020-5-7 21:42
sob老师，请问我按您的方法在win10中linux子系统中安装了gaussian09，但是在运行 g09 XX.gjf &时出现如下内容，请问是什么原因造成的呢？谢谢~

PGFIO/stdio:Bad file descriptor
PGFIO-F-/formatted read/unit=5/error code returned by host stdio - 9.
File name = stdin    formatted, sequential access record = 1
In source file rdcard.f, at line number 13
  g09() [0x42ba08]
  g09() [0x424745]
  g09() [0x419f06]
  g09() [0x413d78]
  g09() [0x404257]
  g09() [0x40358d]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x7f1e9adf70b3]
  g09() [0x403489]

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-8 08:50

heiheihaha 发表于 2020-5-7 21:42
sob老师，请问我按您的方法在win10中linux子系统中安装了gaussian09，但是在运行 g09 XX.gjf &时出现如下内 ...

无法判断。本文的做法并不完全适用于WSL，只能作为参考

作者
Author: heiheihaha 时间: 2020-5-8 16:14

sobereva 发表于 2020-5-8 08:50
无法判断。本文的做法并不完全适用于WSL，只能作为参考

好的，谢谢老师~

作者
Author: abin 时间: 2020-5-8 17:59

heiheihaha 发表于 2020-5-7 21:42
sob老师，请问我按您的方法在win10中linux子系统中安装了gaussian09，但是在运行 g09 XX.gjf &时出现如下内 ...

你找到的版本，无法在你的系统平台下运行。

类似于，你不能让微软平板运行电脑上的Office一个道理。

换一个正经的Linux系统试试吧。
那种开玩笑耍猴一样的子系统，看看就行了，干活就算了吧。

作者
Author: heiheihaha 时间: 2020-5-8 19:39

abin 发表于 2020-5-8 17:59
你找到的版本，无法在你的系统平台下运行。

类似于，你不能让微软平板运行电脑上的Office一个道理。 ...

嗯嗯，谢谢，现在在安装虚拟了~

作者
Author: 高斯小闯哥 时间: 2020-5-16 22:55

wang的女人发表于 2019-1-4 13:34
太感激您了，经过检查发现是我安装过程出错了。连菜鸟都算不上的小白能从中收益很多，感恩

我也遇到了和您一样的情况，我没有发现我的安装过程哪里出错了，您当时是哪里出错了？

作者
Author: 风飞 时间: 2020-6-28 20:45
老师，您好，根据您的这个帖子在linux 下安装高斯16C01 ，高斯16C01 一共有5个压缩包（Gaussian_16_C.01_AVX_Linux_x64.part1， Gaussian_16_C.01_AVX_Linux_x64.part2， Gaussian_16_C.01_AVX_Linux_x64.part3 ，Gaussian_16_C.01_AVX_Linux_x64.part4， Gaussian_16_C.01_AVX_Linux_x64.part5 ，解压后变成合成一个名为G16-C01-AVX_Downloadly.ir.tbj的文件，这个文件怎么也打不开，运行g16 <test.gjf> test.out时，说是找不到g16命令，请问是怎么回事呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-29 00:58

风飞发表于 2020-6-28 20:45
老师，您好，根据您的这个帖子在linux 下安装高斯16C01 ，高斯16C01 一共有5个压缩包（Gaussian_16_C.01_AV ...

你都没装好怎么能用g16命令
先解压tbj文件包再安装

作者
Author: yinhang 时间: 2020-7-15 16:31

dreamyeye 发表于 2018-9-11 21:12
sob老师，本来能正常使用G16，现在突然运行nohup g16 XX.gjf &时，在nohup.out文件中出现了如下内容，暂时 ...

打搅您了我也遇到了这个问题请教您这个问题是如何解决的呢

作者
Author: dreamyeye 时间: 2020-7-17 23:20

yinhang 发表于 2020-7-15 16:31
打搅您了我也遇到了这个问题请教您这个问题是如何解决的呢

好像已经解决了，但是确实已经很久了，忘了怎么解决的了

作者
Author: fineren 时间: 2020-8-14 19:17
我加上tail -f test.out后就会出现“ addr2line: g16: 无此文件”，如果不加是可以正常计算的

作者
Author: 望月凝香 时间: 2020-10-11 07:51
最近因为其他原因重装整个Ubuntu系统，于是装了G16 C.01
按照sob老师说法添加"export GAUSS_SCRDIR=/home/han/Gaussian/scratch"后，依然出现临时文件在运行文件夹，而不是scratch文件夹的情况。
别的运行正常，包括g16, formchk, gv等命令。
请问如何解决？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-13 06:43

望月凝香发表于 2020-10-11 07:51
最近因为其他原因重装整个Ubuntu系统，于是装了G16 C.01
按照sob老师说法添加"export GAUSS_SCRDIR=/home/ ...

运行echo $GAUSS_SCRDIR看看到底环境变量生效没有

作者
Author: Zhangzhihe 时间: 2020-10-16 19:57

电脑重新做系统了，
这次我按照文章里说的安装，发现单独打开GaussView 不会出现这个警告窗口，而且先打开GaussView，再打开 gif文件也没警告对话窗，但是直接打开gif文件会跳这个警告窗口是咋回事啊
点了ok之后又还能用......

作者
Author: 望月凝香 时间: 2020-10-17 04:23

sobereva 发表于 2020-10-13 06:43
运行echo $GAUSS_SCRDIR看看到底环境变量生效没有

删文件夹，重新配置后解决了。可能我之前有跳步骤，导致环境变量没生效。
谢谢老师！

作者
Author: Zhangzhihe 时间: 2020-10-17 09:56
本帖最后由 Zhangzhihe 于 2020-10-17 16:53 编辑

Zhangzhihe 发表于 2020-10-16 19:57
电脑重新做系统了，
这次我按照文章里说的安装，发现单独打开GaussView 不会出现这个警告窗口，而且先打 ...

是先安装的gaussian 在安装的GW

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-17 14:34

Zhangzhihe 发表于 2020-10-16 19:57
电脑重新做系统了，
这次我按照文章里说的安装，发现单独打开GaussView 不会出现这个警告窗口，而且先打 ...

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

作者
Author: Zhangzhihe 时间: 2020-10-17 16:53

sobereva 发表于 2020-10-17 14:34
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还 ...

好的谢谢老师

作者
Author: gayboy 时间: 2020-11-18 16:49
sob老师您好，我在安装g09w时出现了C:\Users\烂俗笑话\Pictures这样的提示，安装后打开就会闪退，请问应该怎么办呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 21:19

gayboy 发表于 2020-11-18 16:49
sob老师您好，我在安装g09w时出现了这样的提示，安装后打开就会闪退，请问应该怎么办呢

图里的不是错误信息，是正常的，闪退肯定另有原因
你是怎么打开的？确定打开的是g09w.exe而不是其他的exe文件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-19 05:43

gayboy 发表于 2020-11-18 16:49
sob老师您好，我在安装g09w时出现了这样的提示，安装后打开就会闪退，请问应该怎么办呢

正常安装完后都会这样。
如果程序刚启动（点击了g09w.exe）立马闪退，是和运行环境有冲突，把乱七八糟安全程序关了再试。

作者
Author: Qing 时间: 2021-2-12 16:34
sob老师，我想问一下为什么Gaussian和orca为什么不用编译使用

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-12 16:37

Qing 发表于 2021-2-12 16:34
sob老师，我想问一下为什么Gaussian和orca为什么不用编译使用

ORCA本来就只提供预编译版，源代码只有开发者手里才有
Gaussian你可以买预编译的也可以买源代码，后者不向中国出售。本来也很少有人会买源代码，除非自己想在原来程序基础上进行修改实现特殊目的。

作者
Author: Qing 时间: 2021-2-12 16:42

sobereva 发表于 2021-2-12 16:37
ORCA本来就只提供预编译版，源代码只有开发者手里才有
Gaussian你可以买预编译的也可以买源代码，后者不 ...

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: heiheihaha 时间: 2021-7-2 10:13
sob老师好，我按您帖子的方法，在Ubuntu系统装gaussian09，但是出现了如下报错，请问是什么原因呢？谢谢~

作者
Author: snljty 时间: 2021-7-2 10:45

heiheihaha 发表于 2021-7-2 10:13
sob老师好，我按您帖子的方法，在Ubuntu系统装gaussian09，但是出现了如下报错，请问是什么原因呢？谢谢~

先把118行home的大小写统一了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-2 10:46
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-2 10:48 编辑

heiheihaha 发表于 2021-7-2 10:13
sob老师好，我按您帖子的方法，在Ubuntu系统装gaussian09，但是出现了如下报错，请问是什么原因呢？谢谢~

路径不对，自己检查一下。我举几个例子，
（1）第一张截图里的Home，对应的路径不一定就叫Home，实际上可能是$Home，也可能是某一个路径、不叫/Home，这样的话你的g09root写的就不正确了。
（2）g09.profile也不一定在你写的路径里，你可以执行
ls /home/wwj/g09/bsd/g09.profile
看看。/home/wwj/也未必对应Home。把每个路径都搞清楚了、写对了就行了。不要想当然随便写，写出的路径必须是存在的、能找到的。

作者
Author: heiheihaha 时间: 2021-7-2 11:39

zjxitcc 发表于 2021-7-2 10:46
路径不对，自己检查一下。我举几个例子，
（1）第一张截图里的Home，对应的路径不一定就叫Home，实际上 ...

谢谢您，按您的方法解决了，是路径设置错了

作者
Author: heiheihaha 时间: 2021-7-2 11:40

snljty 发表于 2021-7-2 10:45
先把118行home的大小写统一了

谢谢，已经解决了，是路径错误了

作者
Author: dingniu2 时间: 2021-10-2 21:59
请问老师gaussian正常运行对于高斯安装目录所有文件是否一定要求可写权限？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-4 01:39

dingniu2 发表于 2021-10-2 14:59
请问老师gaussian正常运行对于高斯安装目录所有文件是否一定要求可写权限？

我觉得不需要，只要安装的时候有足够的权限就行了，运行的时候高斯即使产生文件也是在scratch目录下，不会往安装目录里写任何东西。
其实这种问题都不需要问，自己试一下就知道了：先不设可写权限跑一下，如果没问题，就是不需要；如果有问题，设可写权限再跑一下，如果可以正常运行了，那就是需要；如果还是不能正常运行，那就是其他的哪个地方搞错了

作者
Author: hangmint 时间: 2021-11-3 00:23
安装gauss出现gau-machine：未找到命令，在bashrc里面加载跟直接source都是这个错误

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-3 00:51

hangmint 发表于 2021-11-3 00:23
安装gauss出现gau-machine：未找到命令，在bashrc里面加载跟直接source都是这个错误

去Gaussian目录下看看有没有gau-machine可执行文件，没有的话说明压缩包不完整

作者
Author: hangmint 时间: 2021-11-3 23:12

sobereva 发表于 2021-11-3 00:51
去Gaussian目录下看看有没有gau-machine可执行文件，没有的话说明压缩包不完整

已经解决了，这个是个可执行文件，但我在bsd下没有找到对应的，但我在bashrc中加入了PATH变量之后可以了。虽然profile中似乎声明了PATH，但这是我目前唯一的解决方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 14:26

hangmint 发表于 2021-11-3 23:12
已经解决了，这个是个可执行文件，但我在bsd下没有找到对应的，但我在bashrc中加入了PATH变量之后可以了 ...

本来就不在bsd下，明明就在Gaussian目录下

作者
Author: hangmint 时间: 2021-11-5 16:01

sobereva 发表于 2021-11-4 14:26
本来就不在bsd下，明明就在Gaussian目录下

谢谢，刚才查看了，gau-machine是位于Gaussian下面，所以我在bashrc里面加入PATH之后，可以使用了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-5 16:18

hangmint 发表于 2021-11-5 16:01
谢谢，刚才查看了，gau-machine是位于Gaussian下面，所以我在bashrc里面加入PATH之后，可以使用了。

根本就不需要你手动加入，严格按照本文的安装流程安装，什么额外的都根本不需要做

作者
Author: hangmint 时间: 2021-11-5 22:07
好的，我下午在另一台ubuntu上同样安装了g09，依旧是这个问题，最后在.bashrc中加入export PATH=/opt/gauss/g09/:$PATH
在.bashrc中没有加入之前PATH之前。我用echo $PATH 打印出我当前用户的PATH显示为/g09/bsd /g09/local /g09/extras /g09
加入PATH之后，出现了/opt/gauss/g09，我不知道是否与我将gauss安装在/opt目录下有关，十分感谢sob老师的解答，可能我这个问题算是个例吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-6 01:39

hangmint 发表于 2021-11-5 22:07
好的，我下午在另一台ubuntu上同样安装了g09，依旧是这个问题，最后在.bashrc中加入export PATH=/opt/gauss ...

跟装在哪无关
本来PATH环境变量就是g09.profile脚本里自动设的，根本不需要手动设，一看此文件内容便知

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我在不同用户下、装过无数次、不同版本的Gaussian，没有一次例外。

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