计算化学公社

标题: 如何用GaussView模拟出文献中的homo-lumo energies [打印本页]

作者
Author: 牛气冲天 时间: 2018-9-5 15:03
标题: 如何用GaussView模拟出文献中的homo-lumo energies
本人本科在读，正在学习使用Gaussian，导师的任务是要我用GaussView模拟出文献中homo-lumo energies根据下面的图表自己操作GV画图（原文见附件） (, 下载次数 Times of downloads: 82)

这是我在论文中看到有关作者讲到的和软件操作有关的信息
(, 下载次数 Times of downloads: 61)
我按照文献中所给的方法画第一个图，臭氧分子的homo-lumo能量的时候可以画跟文献里面一个样子，
(, 下载次数 Times of downloads: 64) (, 下载次数 Times of downloads: 53)
但是到了氢氧根的时候，lumo的图像怎么画也不像，
(, 下载次数 Times of downloads: 66) 真空状态下用B3LYP优化的
(, 下载次数 Times of downloads: 52) 真空状态下用DFT Lanl2zd优化的
(, 下载次数 Times of downloads: 66) 水环境下用B3LYP优化的
(, 下载次数 Times of downloads: 56) 水环境下用DFT Lanl2zd优化的
此外，文献中的（c）(d) (e)中，O3和OH-的homo-lumo能量图我也不清楚怎么画，因为我直接把两个分子放在一个画板上的时候，计算不出结果
(, 下载次数 Times of downloads: 56)
我身边的人没有人研究计算化学，问了谁谁都不清楚，发邮件给原作者也没有收到回复，培训班也已经招满了，现在心里很急，自己不知道该怎么办，希望大家能帮帮我这个忙，心里不胜感激！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-6 01:18
用Gaussian对结构优化，把所得chk转换成fch文件，然后按照下文画轨道，比gview用起来方便得多，结合VMD得到的图像效果更是完爆gview
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

诸如2070那种报错，看
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-9-6 03:44
本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-9-6 05:22 编辑

你说身边没有搞计算的，我猜你的导师可能也几乎不懂计算化学，给你的文献的作者估计也没什么计算化学知识，写出“6-311G^+^+(d,p)”、“base functions”这些非常初级的严重错误，其他表述比如“parameters of the solvation environment”、“in the frameworks of geometry optimization”等也非常奇怪，没这么说的，体现出这篇文章的作者根本没看过几篇计算文章/课本。作为初学者着实应当马上删掉，避免跟着这篇文献学习计算。

这些问题确实比较基础，有很多常见的初学者问题，基本每一行都有需要讲解的地方，体现出在理论基础与实际操作层面上确实都没什么基础。合起来估计得讲一两个小时，作为帖子回复着实不太现实。

个人建议在这个阶段先要至少了解一点点理论基础，知道那些常见的名词大概啥意思，“6-311++G(d,p)”每个字符大概是啥意思，“用LANL2DZ and 6-311++G(d,p)”又是什么意思；
从网上搜索相关软件的入门资料（关于Gaussian、GaussView的资料很多，充分阅读公社的网站 bbs.keinsci.com 和 sobereva.com，关注公社QQ群，加上用Google搜英文关键词，上Youtube看Tutorial，珍爱生命远离百度）；
读读手册、和软件的help；
在这个阶段尽量避免“不懂就问”，做到实在解决不了再问；
切勿“心里很急”，否则啥也学不到，真的还不如直接找个搞计算的合作，学个皮毛就火急火燎想拿来配在实验后面发文章多半会成为人生污点；
对于某些精于实验的老师类似于“简单算一下（就行）”的说法保持极度谨慎的态度，计算化学已经有了长足的发展，但尚未使得黑箱程度高到初学者拿鼠标点点就能较好的反映实验中的实际问题，需要对实验的本质及计算的原理和技术细节有一定的理解才能做出有意义的工作。经常发生的是，说“简单算一下就行”的人和说计算算的都不准、没啥用的人重合度相当高。嗯。
如果可能的话，与一个身边的、懂一些计算的人建立关系，这在初学阶段远比上网求助高效得多（能偶尔直接操作你电脑的，这在初学阶段很重要，否则远程答疑电脑问题急死人），作为搞化学的，多半在两三层人际关系之内就能找到搞计算的帮忙。关于培训班，觉得远不过是“心里很急”罢了，要是像现在这样学，有可能几个月之后回头看看发现这几个月还不如干点儿别的等着培训班。
如果你觉得上述要求太高，有客观上的问题要回帖，诸如时间不够、没有资源、找不到人、搜不到资料、导师催的急、不够聪明等等等等，先考虑一下我是在天然产物合成组自学计算的，个人认为上面的说法还是基本可以做到、且个人着实感觉有用、有好处的。

另外个人觉得不管什么领域，明知自己还没有入门，还是不要发信问文章作者了，不会得到有具体帮助的回复的→_→万一被人记住还留下个不好的印象。

作者
Author: 牛气冲天 时间: 2018-9-6 14:19

sobereva 发表于 2018-9-6 01:18
用Gaussian对结构优化，把所得chk转换成fch文件，然后按照下文画轨道，比gview用起来方便得多，结合VMD得到 ...

谢谢sobereva老师，我尽快试试

作者
Author: 牛气冲天 时间: 2018-9-6 14:55

liyuanhe211 发表于 2018-9-6 03:44
你说身边没有搞计算的，我猜你的导师可能也几乎不懂计算化学，给你的文献的作者估计也没什么计算化学知识， ...

刚刚上完今天的课，没能及时回复，非常抱歉。

能够得到前辈这么详细的答复，我心里既欣喜又感激，对前辈相见恨晚。

我是通过大创项目加入到我导师的团队的，在团队里最终要扮演的角色是能够操作软件把项目中的一些数据计算模拟出来。
下一届的初级培训班在明年上旬，可是我明年5月就要结束大创项目了，国庆之后还有中期汇报，所以报班恐怕来不及了。我在看了YouTube上的教学视频和看了一遍高斯的红宝书“explore chemistry with electronic structure method”后，想拿一篇论文来照葫芦画瓢，但是一直卡在这里出不来，今天得到前辈指点，心里又重新燃起了希望。我这个学期可支配时间蛮多的，人脉的话我听闻导师提及过一个搞Gaussian的博士。前辈给的建议我一定认真思考，重新审视自己。
前辈提到的入门资料浩如烟海，有没有首先推荐看的两三本资料或帖子？我在和懂计算化学的人建立起关系时，和此人讨论以后，再用以前的方法（找一篇论文来照葫芦画瓢）还可行吗？
要想达到目标——承担团队的模拟计算的任务，鉴于目前的情况，前辈是否能给更多一些具体的建议？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-7 02:45

牛气冲天发表于 2018-9-6 14:55
刚刚上完今天的课，没能及时回复，非常抱歉。

能够得到前辈这么详细的答复，我心里既欣喜又感 ...

按我说的操作就完了，我已经回复得相当清楚了

理论方法的选择必看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272

基组的选择必看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

别去效仿一些低水平文章（比如你提到的这篇文章）里用的计算级别，否则只会坑了自己

作者
Author: 牛气冲天 时间: 2018-9-7 08:56

sobereva 发表于 2018-9-7 02:45
按我说的操作就完了，我已经回复得相当清楚了

理论方法的选择必看

谢谢，老师的建议我一定好好采纳。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-9-7 16:03

牛气冲天发表于 2018-9-6 14:55
刚刚上完今天的课，没能及时回复，非常抱歉。

能够得到前辈这么详细的答复，我心里既欣喜又感 ...

Exploring可以学学操作，但啥是基组、什么级别合适之类的问题没有讲，甚至还有些误导。Levine 的 Quantum Chemistry讲理论，但是不知道有没有时间/心思看。喜欢听人讲的话Youtube上有一些不错的课程，之前曾经大致看过 Sherrill Group 录的几个视频，很短，适于迅速搭个架子，不过没讲与实际计算相关的很多问题，其他有很多课程质量参差不齐，不过我大多没看多少，所以不宜推荐。Sobereva.com 至少把标题列表都看一遍 http://sobereva.com/list.html，挑出自己感觉相关的都看看，有例子的动手重复，比如如何选泛函、如何选基组之类的问题网上我还没有找到更好的总结。keinsci.com上简单量化问题答疑撸一遍、Gaussian FAQ http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html 看看目录留个印象，看看前面的一些常见的，知道可以来这里查。

我不了解“大创项目”是什么。我不知道“承担团队模拟计算任务”是什么性质的任务，是本科生做着玩玩、写个结题报告讲个PPT算完，还是真要往文章里放。以现在的状况，我确实觉得从现在到明年五月、没有人在身边手把手指导、指正的情况下，很难达到能发文章的水平，发文章不但要会操作、理论要有一定基础，还要使得分析有一定的深度、掌握分析方法、知道什么时候该用什么量体现问题，才能是有意义的理论分析。

确实有不少文章就知道个分子轨道，不管分析什么问题都糊一大片分子轨道上去，又其实不知道能分析个啥（单纯看分子轨道等值面图能分析的很有限），看都看不清，有的还和反应涉及的“位置”没啥关系，啥这儿更蓝那儿更红、这儿大了那儿小了，跟菜市场挑白菜似的，胡说八道说半天听着很有道理，结果仔细一看该讨论哪个轨道都错了（我还见过有文章都开始讨论里德堡轨道了...）。你导师给的这篇文献多半就是这水平，在分析问题的角度上（以及其实包括很多其他角度上）很可能应作为反例对待。要用计算工具分析实际问题，做“人民群众喜闻乐见”的分析且能对后人有指导作用的规律还得学波函数分析（Multiwfn），知道都有什么家伙事儿；得多看文献，知道话该怎么说，别写出“parameters of the solvation environment”这种听起来像“天空在我们头顶上的部分今天不错”这种知道啥意思、但一看就业余的话，还有看都有哪些套路，怎么讨论好等等的问题。不过这就都是另一大波事儿了。

作者
Author: 牛气冲天 时间: 2018-9-7 18:13
本帖最后由牛气冲天于 2018-9-7 18:29 编辑

liyuanhe211 发表于 2018-9-7 16:03
Exploring可以学学操作，但啥是基组、什么级别合适之类的问题没有讲，甚至还有些误导。Levine 的 Quantum ...

大创是大学生创新创业训练的简称，由国家拨款，本科生用一年的时间参与到各类科研或创业中。我所在的大创小组，为了这个问题停滞几个月了，要不是您指点迷津，我们恐怕还一直陷入其中，非常感谢前辈这么详实的留言，这对我们小组意义非凡。

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-9-7 19:56

liyuanhe211 发表于 2018-9-7 16:03
Exploring可以学学操作，但啥是基组、什么级别合适之类的问题没有讲，甚至还有些误导。Levine 的 Quantum ...

大创即大学生创新创业训练，大多数人的项目基本上就是本科生做着玩玩，写个结题报告讲个ppt，很少能做到文章的水平。很多人都是拿大创的经费去参加科研比赛。但也不排除有人能发若干篇文章，甚至办公司的，见过有结题报告时发了两三篇SCI的。但基本上背后都有一个强大的团队。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-8 04:01
我昨天在此文文末把量化初学者最需要阅读的博文做了个汇总

谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

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