计算化学公社

标题: 对于Au比较适合用什么算法/基组计算比较准确呢？ [打印本页]

作者
Author: 猴猴是个胖猴 时间: 2018-9-9 09:24
标题: 对于Au比较适合用什么算法/基组计算比较准确呢？
老师您好，我目前做的是探究Au与DNA的成键性质以及应用。我目前用的算法是The Becke 3-parameter-Lee-Yang-Parr (B3LYP) density functional method with the 6–31 + + G(d,p) basis set was chosen for nucleobases. The ECP10MDF, ECP28MDF, ECP60MDF relativistic effective core potential (RECP) developed by the Stuttgart-Cologne groups were chosen for Au 1s-4f (5spd6s)。由于我的第一低能异构体与第二低能异构体之间差别非常小，仅仅0.04ev。导师建议我用CCSD(T)方法进行计算，但是我的电脑和后台根本带不动这么大的计算量，经常死机。我看文献里有的用PBE/TZ2P，CAMY-B3LYP/TZ2P这些，想给问一下老师，对于Au比较适合用什么算法/基组计算比较准确呢？

作者
Author: indec 时间: 2018-9-9 10:28
TZ2P 是 ADF 的基组, 如果有 ADF 的话, 用PBE/TZ2P/ small frozen core/Scalar 相对论效应就可以了
10.1038/ncomms3223 这一篇里用了 ADF G09 和 MOLPRO 三个软件算金和碳碳三键的成键, 供您参考

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-9 14:34
认真阅读这三篇

谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272

CAM-B3LYP严重不适合当前问题。
理论方法是对于整体而言的，不是对于元素而言的。你当前算的具体结构我不清楚，你没描述十分充分，反正别随便盲目效仿文献，PBE极大可能是很不合适的选择。什么情况该用什么在我上面的博文都写明了，从体系特征、具体问题、能接受的计算量、要求的精度等多方面考虑。
超过20个原子，常规的CCSD(T)就别想了

TZ2P是ADF里的基于Slater函数的基组，在所有主流量化程序里都没法使用。如果你没有ADF，也千万别买ADF。Gaussian和免费的ORCA算这种问题都非常理想，根本轮不到用ADF

作者
Author: 猴猴是个胖猴 时间: 2018-9-12 09:48

sobereva 发表于 2018-9-9 14:34
认真阅读这三篇

谈谈量子化学中基组的选择

谢谢sob老师，我一定好好读

作者
Author: 猴猴是个胖猴 时间: 2018-9-12 09:49

indec 发表于 2018-9-9 10:28
TZ2P 是 ADF 的基组, 如果有 ADF 的话, 用PBE/TZ2P/ small frozen core/Scalar 相对论效应就可以了
10.103 ...

谢谢您的建议

作者
Author: 刘小英雄steven 时间: 2019-3-11 22:22
老师，The Becke 3-parameter-Lee-Yang-Parr (B3LYP) density functional method 怎么翻译成中文啊，审稿人要求写出来。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-12 05:23

刘小英雄steven 发表于 2019-3-11 22:22
老师，The Becke 3-parameter-Lee-Yang-Parr (B3LYP) density functional method 怎么翻译成中文啊，审稿 ...

翻译成中文毫无意义。写英文的时候就不应该去刻意写这种全称，是多余的。虽然内行也看得懂英文全称指代什么，但是翻译成了中文，反倒让所有中文量化研究者看着很别扭（非要硬翻译只能写Becke 3参数 Lee-Yang-Parr密度泛函方法）

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