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标题: 关于linux系统的高斯和高斯-view [打印本页]

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-11 15:32
标题: 关于linux系统的高斯和高斯-view
谁可以提供关于高斯09和高斯-view在linux系统下的安装流程呀，还有这个软件，我有win系统的软件，没有linux系统，谁能提供一下呀，非常感谢！！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-11 18:40
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g09安装方法：
解压到/sob下
建立/sob/g09/scratch
在/root/.bashrc里加入
export g09root=/sob
export GAUSS_SCRDIR=/sob/g09/scratch
source /sob/g09/bsd/g09.profile
在g09/Default.Route里面设定默认参数，如
-M- 3000MB
-P- 4

如果运行时提示
files in the gaussian directory are world accessible. this must be fixed
则在Gaussian目录下运行chmod 750 -R *

gview配置方法：
export GV_DIR=/sob/gv
export LIBPATH=/sob/gv/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/gv/lib
PATH=$PATH:/sob/gv/

For 64bit system, you may need to install some 32bit package to provide dynamical link libraries.

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-11 22:03
你好，你说的在/root/.bashrc里加入export g09root=/sob，你指的sob应该是没有解压之前文件的名字，你是以sobereva缩写命名的是吧。
我想问的就是你说的/root/.bashrc我怎么找不到这几个字呢，有的说的是隐藏文件，我看的是没有隐藏呀，你能解释下吗，非常感谢。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-11 22:06
你好，我压缩之后显示的文件如下，可是找不到你说的root/.bashrc,为什么呢，非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-11 22:21
.bashrc是每个用户目录下都有的文件，开头的点表明此文件是隐藏文件。
我示例的时候是root用户，所以在/root目录下有那个文件

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-12 09:31
好的，谢谢，我在试试

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-12 09:36
你好在请教个问题，你说的root用户，和home用户，分别指的是什么呢，能解释下吗，非常感谢。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-15 13:36

sobereva 发表于 2015-5-11 18:40
在本版块的资源分享子板块就能下载
g09安装方法：
解压到/sob下

你好，很感谢你的帮助，安装你的办法我设置过了，可我不知道怎么运行高斯，新手，实在不懂；看到别人写的在win系统下先用高斯-view导出数据，然后复制到linux，可我怎么没办法运行呢，你能给我解释下吗，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-15 14:16
没有什么home用户，只有root用户和普通用户之分。
直接用g09 < 1.gjf > 1.out即可。gjf文件可以直接用gview保存出来，拷到Linux下即可。
感觉你的Linux基础不好，建议先在网上多找些linux的资料看，有基础的话很多问题不言自明，反之没有基础的话，解释半天也解释不清。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-15 18:31

sobereva 发表于 2015-5-15 14:16
没有什么home用户，只有root用户和普通用户之分。
直接用g09 < 1.gjf > 1.out即可。gjf文件可以直接用gvie ...

谢谢你的帮助，我的系统是linux的centos-6.4的，按照你的方法安装高斯的时候，系统上总是显示peimission dentied。为什么没有权限呢，不知道为啥，很感谢你的应助

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-15 18:46
你用root的话肯定畅通无阻。如果还显示这个，先用chmod 750 *把当前目录文件都变成可执行的

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-15 19:23

sobereva 发表于 2015-5-15 18:46
你用root的话肯定畅通无阻。如果还显示这个，先用chmod 750 *把当前目录文件都变成可执行的

你好，我用的就是root用户，我按照你说的。好像还是不可以呀，你能解释下吗

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-15 21:52
要注意空格，我怎么写的你就怎么写，别写
诸如别写750*

而且我前面写了，是g09.profile，别写g09.login

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-16 16:00
不好意思，又打扰你了。我按照你给我说的，可怎么会出现这样的呢，我用的是root用户。能在解释下吗，很感谢你的帮助。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-16 16:47
一定要注意空格。所有命令后面都有空格，我写的那些命令该有空格的地方都有空格。空格多了没害处，但不写空格绝对不行。
source后面加上空格

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-16 17:15
好的，非常感谢我在试试

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-16 18:33
不好意思打扰你了。设置完以后，我运行的时候出错了，我是从win下的gjf拷贝到linux系统下，有的说不用改格式，有的说改格式，可我输入dos2unix。提示的说找不到这样的命令
这为啥会显示构造和语法不合法呢，不太懂，非常感谢你的应助。

作者
Author: abdoman 时间: 2015-5-16 19:50
dos2unix 是一个命令，没有找到就是没有安装这个软件。
很小的一个软件，安装一下吧。
一般来说是需要的，这个命令的目的是把win下面的格式转成linux下的，具体来说就是最后的回车，换行符。

你的出错信息，貌似不是这个问题，你先试试默认g09里面的例子，算一个就知道程序有没有问题了，

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-16 20:17
g09 linux后期版本不再需要dos2unix，即便是windows/dos下创建的输入文件也能直接用。以前的Gaussian则需要用dos2unix先转换一下输入文件。

出错是因为输入文件不合理，查看输出文件找原因，也不排除你用的高斯和你的机子有兼容问题。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-16 20:49
好的，非常感谢

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-17 12:50
你好，你说高斯自带的例子是什么意思呀，我用的是高斯09d01，课我在linux系统解压之后，乜有看到你说的自带的例子呀，还是我没找到呀。很感谢你的应助。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-18 09:16
你好，我安装你的装的高斯-view。也是装在root/.bashrc，可是安装以后，为啥没办法运行呢，输入命令gv 。显示的是没有这样的文件，这是为什么呢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-18 15:11

chw985550192 发表于 2015-5-18 09:16
你好，我安装你的装的高斯-view。也是装在root/.bashrc，可是安装以后，为啥没办法运行呢，输入命令gv 。显 ...

先多看看文章搞懂PATH环境变量的意义。直接输入文件名运行时，除非其所在路径已经加到了这个环境变量里，否则肯定提示找不到文件。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-18 18:52
今天我用的正版的高斯，里面的自带离子有的可以算，有的不可以算。我从win拷贝到linux，竟然还是出现illegal instruction，illegal copode 这是为什么呢，为什么高斯自带的例子有时候也不能计算呢，很郁闷。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-18 20:59
我很奇怪呀，都是高斯自带的例子，为啥有的可以计算，有的不可以呢，我从win拷贝过来的也不可以计算，你能解释下吗，非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-18 21:59
如果g09版本较新，你用个老版本的g09试试。
怀疑是当前版本指令集和你的CPU不兼容。
但前提还是把输入文件仔细反复检查，最好弄清楚不能运行的规律。

高斯官网有中文客服地址，也可以直接问他们。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-18 22:04
谢谢

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-20 14:03
你好，linux系统那个系统比较稳定，例如centos 小红帽呀，那个比较好呢，推荐一个吧，非常感谢

作者
Author: kuyeshizui 时间: 2015-5-21 19:33
bashrc文件里有许多代码在最后添加你说的内容吗

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-22 21:31

sobereva 发表于 2015-5-15 14:16
没有什么home用户，只有root用户和普通用户之分。
直接用g09 < 1.gjf > 1.out即可。gjf文件可以直接用gvie ...

系统centos7

我在/home/chw/.bashrc里面的最下面加入了
export g09root=/sob
export GAUSS_SCRDIR=/sob/g09/scratch
source /sob/g09/bsd/g09.profile

这三句

然后输入source /etc/profile 发现配置生效了

但是，重起电脑后或者退出终端后，发现上面的三句代码没有生效，手动执行source /etc/profile又可以了

请问，哪里有问题？非常感谢你的回答

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-22 21:32
不好意思，输错了然后输入source /home/chw/.bashre

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-22 21:35

chw985550192 发表于 2015-5-22 21:31
系统centos7

我在/home/chw/.bashrc里面的最下面加入了

如果高斯放在了/home/chw/g09，你应该在/home/chw/.bashrc里写
export g09root=/home/chw
export GAUSS_SCRDIR=/home/chw/g09/scratch
source /home/chw/g09/bsd/g09.profile

不要管/etc/profile。

每当你打开新的命令行窗口，或者输入了bash，.bashrc文件里的东西就会自动执行一遍。

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-22 21:56
你好，请问我装高斯view的时候为啥打不开呢，我没和高斯装在一起，应该把高斯-view装在那个地方呢

作者
Author: chw985550192 时间: 2015-5-22 22:02
gv是装gaussian的脚本里alias出来的在网上搜到的，所谓高斯的脚本alias在哪呢

作者
Author: whtu 时间: 2016-6-23 20:45

sobereva 发表于 2015-5-11 18:40
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g09安装方法：
解压到/sob下

sob老师，如果把 export GAUSS_SCRDIR=/sob/g09/scratch 这个语句去掉，高斯在计算的过程中是不是就不会产生临时文件？还是会产生临时文件并将文件放在某个默认的路径里？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-24 03:48

whtu 发表于 2016-6-23 20:45
sob老师，如果把 export GAUSS_SCRDIR=/sob/g09/scratch 这个语句去掉，高斯在计算的过程中是不是就不会 ...

可能会报错吧。反正Gaussian一开始运行的时候会有类似这样的提示
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Initial command:
/home/g09/l1.exe "/home/sob/g09scr/Gau-7008.inp" -scrdir="/home/sob/g09scr/"
Entering Link 1 = /home/g09/l1.exe PID= 7009.
你看-scrdir显示的是哪就知道了。可以试试
临时文件是一定会产生的。

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