标题: 关于gromacs多系综方法的问题？ [打印本页] 作者Author: 虔诚的人 时间: 2018-9-9 11:17 标题: 关于gromacs多系综方法的问题？ 各位老师、朋友：
大家好！
我想请教一下，gromacs可以在同一体系进行一部分NVT、一部分NVE吗？（问题1）
我试过，好像不行。
; Temperature coupling
tcoupl = no
tc-grps = group1 group2 group3 ; coupling groups
tau_t = 0.1 0.1 0.1 ; time constant, in ps
ref_t = 0 298.15 298.15 ; reference temperature, one for each group, in K
我用上述设置温度，遇见这样的问题。使用gmx traj 输出每个组的温度都小于298.15 K，但是用gmx energy 输出体系的温度确实 298.15 K左右，这很难理解？为什么啊？（问题2）
动能与温度和自由度有关，group1、group2、group3分别对应着自由度为0、0.5、43437.00，输出的平均温度为0 K ,40 K, 200 K。group2 是石墨烯freeze Y Y N + constraint all-bonds（写在itp文件中的），为什么group2 的自由度是0.5 ？（问题3）